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- PDB-8pzp: Model for influenza A virus helical ribonucleoprotein-like structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pzp
タイトルModel for influenza A virus helical ribonucleoprotein-like structure
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'P-(UC)6-FAM3')
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza virus / Nucleocapsid-like / RNA binding protein.
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Chenavier, F. / Estrozi, L.F. / Zarkadas, E. / Ruigrok, R.W.H. / Schoehn, G. / Ballandras-Colas, A. / Crepin, T.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of influenza helical nucleocapsid reveals NP-NP and NP-RNA interactions as a model for the genome encapsidation.
著者: Florian Chenavier / Leandro F Estrozi / Jean-Marie Teulon / Eleftherios Zarkadas / Lily-Lorette Freslon / Jean-Luc Pellequer / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn / Allison Ballandras-Colas / Thibaut Crépin /
要旨: Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. ...Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. Although low-resolution vRNP structures are available, it remains unclear how the viral RNA is encapsidated and how NPs assemble into the helical filament specific of influenza vRNPs. In this study, we established a biological tool, the RNP-like particles assembled from recombinant influenza A virus NP and synthetic RNA, and we present the first subnanometric cryo-electron microscopy structure of the helical NP-RNA complex (8.7 to 5.3 Å). The helical RNP-like structure reveals a parallel double-stranded conformation, allowing the visualization of NP-NP and NP-RNA interactions. The RNA, located at the interface of neighboring NP protomers, interacts with conserved residues previously described as essential for the NP-RNA interaction. The NP undergoes conformational changes to enable RNA binding and helix formation. Together, our findings provide relevant insights for understanding the mechanism for influenza genome encapsidation.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1492
ポリマ－61,1492
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')
x 51
A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

A: Nucleoprotein
B: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,647,331152
ポリマ－4,647,331152
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation73
identity operation1_555x,y,z3
対称性らせん対称: (回転対称性: 2 / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 15 / Rise per n subunits: 24.27 Å / Rotation per n subunits: 57.41 °)

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 57525.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/WSN/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1K9H2
#2: RNA鎖 RNA (5'P-(UC)6-FAM3')


分子量: 3623.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Influenza A NP-RNA complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2NucleoproteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3RNA (5'P-(UC)6-FAM3')COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Influenza A virus (A/WSN/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)382835
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol 2 mM methyl-PEG8-NHS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMNaClNaCl1
35 mMbeta-mercaptoethanol1
42 mMmethyl-PEG8-NHS1
54 uMRNA (5'P-(UC)6-FAM3')1
試料濃度: 0.23 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol Incubation overnight with 0.004 uM RNA (5'P-(UC)6-FAM3') Prior freezing, the sample was incubated 30 min on ice with 2 mM methyl-PEG8-NHS
試料支持詳細: 25 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.9 sec. / 電子線照射量: 40.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26515
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
3EPU画像取得
4cryoSPARC3.3.2masking
5cryoSPARC3.3.2CTF補正
6cryoSPARC3.3.2layerline indexing
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2分類
13cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 57.41 ° / 軸方向距離/サブユニット: 24.27 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225892 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5TJW

5tjw


PDB chain-ID: A / Accession code: 5TJW / Chain residue range: 21-490 / 詳細: Fitting of the NPcore by using ChimeraX / Pdb chain residue range: 21-490 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311786
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82415951
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.6581863
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471742
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052033

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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