PDB-8pzm: Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pzm

タイトル

Intracellular leucine aminopeptidase of Pseudomonas aeruginosa PA14 bound to bestatin inhibitor and manganese

要素

Probable cytosol aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / aminopeptidase / metalloenzyme / hexamer / bestatin / inhibitor / manganese

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial leucyl aminopeptidase / leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Simpson, M.C. / Czekster, C.M. / Harding, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Unveiling the Catalytic Mechanism of a Processive Metalloaminopeptidase.
著者: Simpson, M.C. / Harding, C.J. / Czekster, R.M. / Remmel, L. / Bode, B.E. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pzm.cif.gz	222.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pzm.ent.gz	174.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pzm_validation.pdf.gz	999 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pzm_full_validation.pdf.gz	999.1 KB	表示
XML形式データ	8pzm_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	8pzm_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/8pzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pz0C 8pzyC 8pzo C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
334 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	182.050, 182.050, 87.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1108- HOH
2	1	A-1184- HOH
3	1	A-1189- HOH
4	1	A-1198- HOH
5	1	A-1227- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Probable cytosol aminopeptidase 分子量: 55057.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 遺伝子: pepA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02RY8

-
非ポリマー , 5種, 536分子

#2: 化合物	ChemComp-BES / 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID / BESTATIN / ベスタチン分子量: 308.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.01 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 5 mM MnCl2, 20 % PEG 3350, 172 mM ammonium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→43.79 Å / Num. obs: 93600 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.3 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.272 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4607 / CC_1/2: 0.3 / R_rim(I) all: 5.652

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→43.78 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.189	4725	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1696	-	-	-
obs	0.1706	93542	99.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3703	0	36	530	4269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	5122
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.044	536
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3153	149	0.3139	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.322	162	0.3062	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.76	0.2833	150	0.2958	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.78	0.3023	161	0.3017	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.323	149	0.3186	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.83	0.296	156	0.2875	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.3162	140	0.2896	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.3113	150	0.2437	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.2501	161	0.2323	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.95	0.2101	164	0.2109	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-1.98	0.2261	154	0.1962	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2111	177	0.1873	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.2312	156	0.1845	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.1826	167	0.1784	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.14	0.1831	151	0.1747	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.1644	169	0.1684	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.25	0.1803	164	0.1637	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.31	0.1841	158	0.1668	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2025	137	0.1602	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.45	0.211	171	0.1625	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.54	0.183	156	0.1609	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.64	0.2129	148	0.1604	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.1831	148	0.1641	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.91	0.1958	162	0.1682	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.09	0.1751	144	0.1646	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.33	0.1666	159	0.1625	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.66	0.2038	165	0.16	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.19	0.1611	159	0.1437	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-5.28	0.1416	145	0.1313	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
5.28-43.78	0.1601	193	0.1561	3229	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 58.856 Å / Origin y: 50.5455 Å / Origin z: 36.8031 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2057 Å²	-0.0097 Å²	0.0258 Å²	-	0.2197 Å²	-0.017 Å²	-	-	0.1323 Å²
L	0.7855 °²	-0.4156 °²	0.1528 °²	-	0.5241 °²	-0.155 °²	-	-	0.2145 °²
S	-0.0239 Å °	-0.0684 Å °	-0.0236 Å °	0.0459 Å °	0.0112 Å °	0.0654 Å °	-0.001 Å °	-0.0769 Å °	0.0131 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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