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- PDB-8pz9: Crystal structure of VDR in complex with D-Bishomo-1a,25-dihydrox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pz9
タイトルCrystal structure of VDR in complex with D-Bishomo-1a,25-dihydroxyvitamin D3 Analog 55
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
  • Vitamin D3 receptor A
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / nuclear receptor (核内受容体) / VDR / agonist (アゴニスト)
機能・相同性
機能・相同性情報


heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / : / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / hematopoietic stem cell proliferation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / heart looping ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / : / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / hematopoietic stem cell proliferation / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / heart looping / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / calcium ion homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / 骨化 / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / 細胞分化 / transcription coactivator activity / nuclear body / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFK / 核内受容体コアクチベーター2 / Vitamin D3 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Rochel, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE17-0009-01 フランス
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Design, synthesis, and biological activity of D-bishomo-1 alpha ,25-dihydroxyvitamin D 3 analogs and their crystal structures with the vitamin D nuclear receptor.
著者: Fabisiak, A. / Brzeminski, P. / Sicinski, R.R. / Rochel, N. / Maj, E. / Filip-Psurska, B. / Wietrzyk, J. / Plum, L.A. / DeLuca, H.F.
履歴
登録2023年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0853
ポリマ－35,6412
非ポリマー4451
水45025
1
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1706
ポリマ－71,2814
非ポリマー8892
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area3970 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.790, 65.790, 263.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor A / VDR-A / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor A / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1-A


分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTN2
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-IFK / (1~{R},3~{R})-5-[(2~{E})-2-[(4~{a}~{R},5~{R},9~{a}~{S})-4~{a}-methyl-5-[(2~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-heptan-2-yl]-3,4,5,8,9,9~{a}-hexahydro-2~{H}-benzo[7]annulen-1-ylidene]ethylidene]-2-methylidene-cyclohexane-1,3-diol


分子量: 444.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H48O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NaAcetate 3M, Hepes 0.1M pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→24.78 Å / Num. obs: 9579 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.74→2.84 Å / Num. unique obs: 917 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→24.78 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 957 10.01 %
Rwork0.1982 --
obs0.2061 9557 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→24.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 32 26 2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.615807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.890.36651300.26411160X-RAY DIFFRACTION99
2.89-3.070.36171320.27211189X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.310.34591350.24351207X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.640.25851340.21341208X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.160.25781350.17231221X-RAY DIFFRACTION100
4.16-5.230.22971390.15761243X-RAY DIFFRACTION100
5.24-24.780.29191520.20491372X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3991-3.6476-3.24135.998-1.21493.4129-0.320.15811.41240.98890.40950.3605-0.40130.212-0.07040.7689-0.17790.11950.7499-0.17140.7865-38.17438.9626.902
25.72772.48340.54657.29993.43797.88560.39290.05750.59460.0385-0.55851.02020.225-1.09270.16520.4628-0.1342-0.02450.6381-0.08390.5536-35.9917.729-13.483
35.4392.3192-1.93737.77013.83737.6562-0.1114-0.19720.3036-0.0708-0.45891.24490.1607-0.45830.46960.5243-0.0417-0.01060.5529-0.00870.5081-30.23325.297-10.648
49.03610.7527-3.05468.88090.76834.28440.583-0.89940.7890.4183-0.3117-0.238-0.65160.8932-0.29520.7114-0.2077-0.01440.6906-0.08560.4253-24.89833.308-2.651
59.43940.2352-0.99236.11670.19134.6827-0.5073-0.514-1.05740.0618-0.41212.27592.6701-2.44910.80371.0844-0.31570.25340.9128-0.0751.0758-36.88111.621-3.608
68.2637-6.7572-0.59057.07582.46232.48150.2175-1.0088-1.15310.4473-0.4768-1.46572.14650.538-0.02371.34080.00560.22210.94640.0231.0458-24.8848.719-8.585
73.9811-1.4007-4.46475.18383.4358.5682-0.2791-0.6741-0.48421.15650.05440.02860.9804-0.06410.38050.8034-0.196-0.01510.78450.01870.5063-29.6321.0486.036
89.9083-5.5263-1.35864.02671.38261.98690.36990.92532.32361.6595-0.4832-0.9795-0.58032.2133-0.01221.331-0.2075-0.23490.9717-0.15580.7758-15.82136.2361.622
94.7225-1.4201-2.85294.05080.87976.88880.6325-1.4728-0.04911.4762-0.7039-0.0825-0.69471.3314-0.10860.7872-0.21590.02151.1917-0.20780.6918-28.92335.30514.248
104.9453-1.5202-4.9083.47193.59899.27950.0424-1.3397-0.13270.58630.1568-0.38640.7261.22960.14260.9184-0.0271-0.14250.9058-0.02470.5999-19.7121.2862.356
117.38432.1965-0.22425.24113.19133.0814-0.0294-0.36-0.2440.9854-0.0827-0.6090.66271.32630.18520.73490.0570.0480.74080.06660.5817-18.22322.211-17.07
121.1481.27652.65822.82372.28917.20210.25910.58232.3309-0.2471-0.3435-0.281-2.35662.64920.03920.8539-0.0905-0.08070.6035-0.09220.744-22.75238.141-15.024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 155:174 )A155 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 175:252 )A175 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 253:275 )A253 - 275
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 276:305 )A276 - 305
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 306:324 )A306 - 324
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 325:334 )A325 - 334
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 335:366 )A335 - 366
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 367:376 )A367 - 376
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 377:404 )A377 - 404
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 405:431 )A405 - 431
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 432:451 )A432 - 451
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 687:695 )B687 - 695

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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