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万見
- PDB-8pxw: Structure of the WW domain tandem of PRPF40A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pxw
タイトルStructure of the WW domain tandem of PRPF40A
要素Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
キーワードSPLICING / Dynamic WW domain tandem / Proline binding domain / Alternative Splicing Regulation / E complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / cell migration / regulation of cell shape ...mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear matrix / cell migration / regulation of cell shape / nuclear speck / cell division / RNA binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
PRPF40A-like, FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily ...PRPF40A-like, FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Martinez-Lumbreras, S. / Sattler, M.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission792692European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1035 - 201302640 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Intramolecular autoinhibition regulates the selectivity of PRPF40A tandem WW domains for proline-rich motifs.
著者: Martinez-Lumbreras, S. / Trager, L.K. / Mulorz, M.M. / Payr, M. / Dikaya, V. / Hipp, C. / Konig, J. / Sattler, M.
履歴
登録2023年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4511
ポリマ－11,4511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, not applicable, NMR relaxation study, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A / Fas ligand-associated factor 1 / Formin-binding protein 11 / Formin-binding protein 3 / Huntingtin ...Fas ligand-associated factor 1 / Formin-binding protein 11 / Formin-binding protein 3 / Huntingtin yeast partner A / Huntingtin-interacting protein 10 / HIP-10 / Huntingtin-interacting protein A / Renal carcinoma antigen NY-REN-6


分子量: 11450.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: PRPF40A, FBP11, FLAF1, FNBP3, HIP10, HYPA, HSPC225
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75400

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
192isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1102isotropic22D (HB)CB(CGCD)HD
1112isotropic22D (HB)CB(CGCDCE)HE
1122isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1390 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PRPF40A, 90% H2O/10% D2OWW12_H2O90% H2O/10% D2O
solution2390 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PRPF40A, 100% D2OWW12_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
390 uMPRPF40A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
390 uMPRPF40A[U-100% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 133 mM / Label: NMR-buffer / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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