PDB-8pxv: Targeting extended blood antigens by Akkermansia muciniphila enzy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pxv

タイトル

Targeting extended blood antigens by Akkermansia muciniphila enzymes unveils a missing link for generating universal donor blood

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Beta-hexosaminidase / Akkermansia muciniphila / GalNAc-B converting / CBM

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Akkermansia muciniphila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Weikum, J. / Jensen, M. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Akkermansia muciniphila exoglycosidases target extended blood group antigens to generate ABO-universal blood.
著者: Jensen, M. / Stenfelt, L. / Ricci Hagman, J. / Pichler, M.J. / Weikum, J. / Nielsen, T.S. / Hult, A. / Morth, J.P. / Olsson, M.L. / Abou Hachem, M.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2023年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.year
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pxv.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pxv.ent.gz	912.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pxv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pxv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8pxv_validation.xml.gz	65.8 KB	表示
CIF形式データ	8pxv_validation.cif.gz	93.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pvsC 8pxtC 8pxuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

221 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
73.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.260, 170.420, 171.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 4 through 376 or resid 389 through 647))
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 4 through 647)
d_3	ens_1	(chain "C" and resid 4 through 647)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLN	GLN	GLY	GLY	A	A	4 - 376	4 - 376
d_1	2	ALA	ALA	PRO	PRO	A	A	389 - 647	389 - 647
d_2	1	GLN	GLN	PRO	PRO	B	B	4 - 647	4 - 647
d_3	1	GLN	GLN	PRO	PRO	C	C	4 - 647	4 - 647

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.0703558484111, 0.0588012447892, 0.995787360939), (0.997521918654, 0.00442389617667, 0.0702171698863), (-0.000276402903946, 0.998259907416, -0.0589667774901)	33.1289555446, -51.7832582874, 20.0401290705
2	given	(0.0740885084786, 0.986249026426, -0.147728639018), (-0.0239837790495, 0.149855078905, 0.988417034287), (0.996963224625, -0.0696872527876, 0.0347565180215)	49.8998831735, -16.9325823896, -32.4147175307

#1: タンパク質

Beta-N-acetylhexosaminidase

分子量: 73309.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: Amuc_0369 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2UN02

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 化合物

ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン

分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 11% PEG8000, 0.5 M NaCl, 0.1M NaCacodylate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→54.32 Å / Num. obs: 93815 / % possible obs: 95.34 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 45.99 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 10.36
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 9509 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.658

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→54.32 Å / SU ML: 0.3221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.1242
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	4657	4.96 %
R_work	0.1782	89149	-
obs	0.1799	93806	95.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15081	0	53	456	15590

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	15514
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6693	21005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0529	2261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	2707
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.119	5711

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.14080583705
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.29609416411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.357	166	0.3181	3021	X-RAY DIFFRACTION	97.22
2.53-2.56	0.3071	150	0.2941	2996	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.56-2.59	0.2858	158	0.2696	3018	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.59-2.62	0.3053	157	0.263	3014	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.62-2.66	0.3174	158	0.2565	3021	X-RAY DIFFRACTION	97.94
2.66-2.69	0.2755	155	0.2514	2982	X-RAY DIFFRACTION	96.91
2.69-2.73	0.3123	166	0.2389	2993	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.73-2.77	0.3048	156	0.2323	3018	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.77-2.82	0.2749	146	0.2359	2972	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.82-2.86	0.2728	157	0.2332	2996	X-RAY DIFFRACTION	96.81
2.86-2.91	0.2974	130	0.2346	2997	X-RAY DIFFRACTION	96.45
2.91-2.96	0.273	166	0.2308	2990	X-RAY DIFFRACTION	96.87
2.96-3.02	0.271	143	0.2295	2990	X-RAY DIFFRACTION	96.16
3.02-3.08	0.26	161	0.2069	2986	X-RAY DIFFRACTION	96.95
3.08-3.15	0.2662	183	0.2121	2946	X-RAY DIFFRACTION	95.98
3.15-3.22	0.284	149	0.2213	2989	X-RAY DIFFRACTION	95.5
3.22-3.3	0.2388	164	0.2087	2951	X-RAY DIFFRACTION	96.02
3.3-3.39	0.2412	139	0.1995	2974	X-RAY DIFFRACTION	95.55
3.39-3.49	0.2179	164	0.1843	2933	X-RAY DIFFRACTION	94.8
3.49-3.61	0.2252	141	0.1775	2947	X-RAY DIFFRACTION	94.32
3.61-3.73	0.2056	126	0.167	2970	X-RAY DIFFRACTION	94.07
3.73-3.88	0.1864	180	0.1568	2927	X-RAY DIFFRACTION	94.99
3.88-4.06	0.1924	177	0.1428	2939	X-RAY DIFFRACTION	94.71
4.06-4.27	0.1643	147	0.129	2950	X-RAY DIFFRACTION	93.99
4.27-4.54	0.1518	182	0.1284	2903	X-RAY DIFFRACTION	93.63
4.54-4.89	0.1618	166	0.1221	2939	X-RAY DIFFRACTION	93.38
4.89-5.38	0.1408	167	0.1291	2904	X-RAY DIFFRACTION	92.39
5.38-6.16	0.1651	140	0.1452	2936	X-RAY DIFFRACTION	91.9
6.16-7.76	0.1936	120	0.1535	2951	X-RAY DIFFRACTION	90.94
7.76-54.32	0.1527	143	0.1546	2996	X-RAY DIFFRACTION	88.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.13712064638	-0.114232987298	0.263982073115	0.269853159233	-0.359296148923	0.485249395436	0.0110310453825	0.0393082181817	-0.0546405106117	-0.32704801591	-0.121206385124	-0.101278055392	0.137789920866	0.137414546481	-1.9141069904E-5	0.556476606411	0.0675701945439	-0.0578790712868	0.415914410697	-0.016466751947	0.445262054416	58.7797646473	-19.0396899428	18.2937342167
2	0.756766752734	-0.273246170516	0.116347764922	0.76558963302	0.386177751366	0.365543368514	-0.136994719204	-0.208045600136	-0.0535401118775	-0.039853518334	0.0396329339815	0.037148878087	-0.00282731938386	-0.0291570513291	-0.000617623285396	0.450628340814	-0.0572203244472	-0.0540780334833	0.55824385595	0.0270335410554	0.428064968203	67.081729631	0.656750704374	12.9614441108
3	0.765329168501	0.114551776972	0.0383342333963	0.549995193122	0.0366802757785	0.217936200053	0.0139369423123	0.0124404919696	-0.0738159556626	0.0508520321009	-0.073643637837	0.00260478599441	0.144922738472	-0.164262527545	1.36769775981E-5	0.467848793188	-0.0930845980833	0.0424737797109	0.529818716047	0.00314622192001	0.418830811197	31.4162819399	-6.2057391244	-18.3599502959
4	1.34135187416	0.638270925603	-0.393447027248	0.476989570417	-0.348155861999	0.593538595102	0.0596502596298	-0.0306671303133	0.0511811000302	0.00817960436732	-0.0235756875924	-0.0114989241498	-0.0278917734954	-0.0219759210559	-3.05620477602E-6	0.378637052823	-0.00237656688307	0.0144631127826	0.359622808083	0.00483033085736	0.344878769477	61.525614881	11.5670019332	-27.835139158
5	0.146142409113	-0.245848009607	-0.0606355326964	0.152132083568	0.225434160715	0.0556724275639	0.124218949358	-0.0594018862312	0.0974422703146	0.0767955825206	0.164987416081	-0.328881768891	0.0737206419712	-0.0152314447278	-4.04251888009E-5	0.457686097614	-0.104528819113	0.057095298465	0.623011553536	0.0351578596374	0.400838647306	48.6922451506	9.02650713684	-1.37326827693
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13	0.19111246546	-0.23157180953	0.106436743713	0.217059985915	0.0884706800235	0.0838842771814	-0.171860907437	-0.227951449892	-0.00841418993021	0.0969380077255	0.0809434255646	-0.0822042305132	-0.123900959624	-0.271743452705	-3.86810098183E-5	0.377682425323	-0.0225015957426	0.0304328765138	0.453027165229	-0.00793515375727	0.493986995288	30.7204645161	0.0216482499357	27.6625741833
14	0.658480839908	-0.0976857548358	0.0790005668331	0.249722941302	0.0508867658042	0.0731861276952	0.0194551710717	-0.094544097931	0.124863350887	0.075761552513	0.150165571571	-0.365739597205	-0.0186892458224	0.0685007477583	2.38694342183E-5	0.406776702294	0.0269480873684	-0.00361304564276	0.370750050441	-0.0433800097987	0.512625185137	49.706427644	-3.95521843456	39.8770725286
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19	0.546705281438	-0.441811340414	0.0728147885948	0.919886245883	-0.189702510029	1.12750563242	0.109848537131	0.0378290590849	-0.142747313375	-0.184097469849	-0.116478113372	0.0872077110516	0.0557409762449	-0.01064264728	-0.00631218748026	0.392391217983	0.00387746249192	-0.0343502196067	0.312463809637	-0.0347075865867	0.415526803409	59.5551580635	-45.2678428267	32.9021651085

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 499 through 542 )	B	C	499 - 542	486 - 529
2	2	chain 'B' and (resid 543 through 647 )	B	C	543 - 647	530 - 634
3	3	chain 'C' and (resid 4 through 144 )	C	E	4 - 144	1 - 141
4	4	chain 'C' and (resid 145 through 498 )	C	E	145 - 498	142 - 483
5	5	chain 'C' and (resid 499 through 542 )	C	E	499 - 542	484 - 527
6	6	chain 'C' and (resid 543 through 647 )	C	E	543 - 647	528 - 632
7	7	chain 'A' and (resid 2 through 34 )	A	A	2 - 34	1 - 33
8	8	chain 'A' and (resid 35 through 144 )	A	A	35 - 144	34 - 143
9	9	chain 'A' and (resid 145 through 185 )	A	A	145 - 185	144 - 184
10	10	chain 'A' and (resid 186 through 323 )	A	A	186 - 323	185 - 322
11	11	chain 'A' and (resid 324 through 375 )	A	A	324 - 375	323 - 374
12	12	chain 'A' and (resid 376 through 498 )	A	A	376 - 498	375 - 497
13	13	chain 'A' and (resid 499 through 542 )	A	A	499 - 542	498 - 541
14	14	chain 'A' and (resid 543 through 588 )	A	A	543 - 588	542 - 587
15	15	chain 'A' and (resid 589 through 647 )	A	A	589 - 647	588 - 646
16	16	chain 'B' and (resid 2 through 34 )	B	C	2 - 34	1 - 33
17	17	chain 'B' and (resid 35 through 82 )	B	C	35 - 82	34 - 81
18	18	chain 'B' and (resid 83 through 130 )	B	C	83 - 130	82 - 129
19	19	chain 'B' and (resid 131 through 498 )	B	C	131 - 498	130 - 485

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)