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Yorodumi- PDB-8pxv: Targeting extended blood antigens by Akkermansia muciniphila enzy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pxv | ||||||
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Title | Targeting extended blood antigens by Akkermansia muciniphila enzymes unveils a missing link for generating universal donor blood | ||||||
Components | Beta-N-acetylhexosaminidaseHexosaminidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Beta-hexosaminidase / Akkermansia muciniphila / GalNAc-B converting / CBM | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Akkermansia muciniphila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Weikum, J. / Jensen, M. / Abou Hachem, M. / Morth, J.P. | ||||||
Funding support | Denmark, 1items
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Citation | Journal: Nat Microbiol / Year: 2024 Title: Akkermansia muciniphila exoglycosidases target extended blood group antigens to generate ABO-universal blood. Authors: Jensen, M. / Stenfelt, L. / Ricci Hagman, J. / Pichler, M.J. / Weikum, J. / Nielsen, T.S. / Hult, A. / Morth, J.P. / Olsson, M.L. / Abou Hachem, M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. #2: Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2019 Title: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. Authors: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty ...Authors: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / Abstract: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pxv.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pxv.ent.gz | 912.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pxv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8pxv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8pvsC 8pxtC 8pxuC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 73309.008 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Akkermansia muciniphila (bacteria) / Gene: Amuc_0369 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B2UN02 #2: Polysaccharide | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.21 Å3/Da / Density % sol: 61.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 / Details: 11% PEG8000, 0.5 M NaCl, 0.1M NaCacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→54.32 Å / Num. obs: 93815 / % possible obs: 95.34 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.99 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 10.36 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.589 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 9509 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.658 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→54.32 Å / SU ML: 0.3221 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.1242 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→54.32 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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