PDB-8px2: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,3-dimethyl-5-(1-((tet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8px2

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 1,3-dimethyl-5-(1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)pyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / histone reader activity / : / neural tube closure / nucleosome assembly / spermatogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.622 Å

データ登録者

Chung, C.W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Guided Design of a Domain-Selective Bromodomain and Extra Terminal N-Terminal Bromodomain Chemical Probe.
著者: Bradley, E. / Fusani, L. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Demont, E.H. / Humphreys, P.G. / Mitchell, D.J. / Phillipou, A. / Rioja, I. / Shah, R.R. / Wellaway, C.R. / Prinjha, R.K. / Palmer, D.S. ...

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8px2.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8px2.ent.gz	48.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8px2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8px8C 8pxaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.949, 52.631, 32.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-NUB / 1,3-dimethyl-5-[1-(oxan-4-ylmethyl)benzimidazol-2-yl]pyridin-2-one / 1,3-dimethyl-5-(1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)pyridin-2(1H)-one 分子量: 337.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→71.95 Å / Num. obs: 15520 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.62→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 1903 / % possible all: 83.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.622→27.442 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1769	765	4.958 %
R_work	0.1517	14664	-
all	0.153	-	-
obs	-	15429	95.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.053 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.002 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.622→27.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	931	0	37	255	1223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.044	1.661	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.4	1.626	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.972	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.47	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.468	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.908	10	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.012	1.767	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.978	1.766	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.653	3.948	586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.653	3.961	587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.708	2.169	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.71	2.166	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.809	4.662	795
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.807	4.666	796
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.7	37.379	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.7	37.377	1379

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.622-1.664	0.291	45	0.249	864	0.251	1169	0.872	0.937	77.7588	0.201
1.664-1.709	0.22	56	0.228	927	0.227	1108	0.955	0.96	88.7184	0.191
1.709-1.759	0.262	47	0.196	1007	0.198	1111	0.957	0.971	94.8695	0.159
1.759-1.812	0.184	63	0.175	984	0.175	1058	0.977	0.979	98.9603	0.143
1.812-1.872	0.191	46	0.16	991	0.161	1049	0.974	0.983	98.8561	0.13
1.872-1.937	0.204	54	0.162	956	0.165	1019	0.974	0.983	99.1168	0.133
1.937-2.01	0.167	44	0.137	930	0.138	981	0.985	0.988	99.2864	0.117
2.01-2.091	0.108	45	0.13	865	0.128	917	0.993	0.989	99.2366	0.111
2.091-2.184	0.146	36	0.132	886	0.133	926	0.986	0.989	99.568	0.113
2.184-2.29	0.169	60	0.13	812	0.133	875	0.983	0.988	99.6571	0.114
2.29-2.413	0.198	35	0.136	776	0.138	820	0.98	0.988	98.9024	0.119
2.413-2.558	0.183	48	0.145	727	0.148	784	0.982	0.986	98.852	0.127
2.558-2.733	0.19	36	0.141	686	0.143	737	0.981	0.988	97.9647	0.125
2.733-2.949	0.171	44	0.154	649	0.155	706	0.983	0.985	98.1586	0.14
2.949-3.227	0.184	25	0.144	602	0.146	640	0.977	0.986	97.9688	0.134
3.227-3.601	0.146	23	0.141	559	0.141	594	0.983	0.987	97.9798	0.14
3.601-4.147	0.125	17	0.129	495	0.129	525	0.991	0.989	97.5238	0.133
4.147-5.05	0.133	18	0.141	421	0.141	453	0.99	0.987	96.9095	0.139
5.05-7.024	0.252	15	0.184	328	0.187	370	0.966	0.977	92.7027	0.186
7.024-27.442	0.229	8	0.184	199	0.185	238	0.969	0.974	86.9748	0.201

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.7197 Å / Origin y: 10.3691 Å / Origin z: 0.6484 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0079 Å²	0.0049 Å²	0.0026 Å²	-	0.0032 Å²	0.001 Å²	-	-	0.0032 Å²
L	0.8851 °²	0.1477 °²	0.1319 °²	-	0.172 °²	0.0212 °²	-	-	0.1026 °²
S	0.014 Å °	0.013 Å °	-0.0085 Å °	0.0062 Å °	0.0025 Å °	-0.0062 Å °	-0.0173 Å °	-0.0077 Å °	-0.0166 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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