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- PDB-8pwz: Crystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadBD from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwz
タイトルCrystal Structure of (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase HadBD from Mycobacterium tuberculosis
要素
  • (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB
  • UPF0336 protein Rv0504c
キーワードLYASE / (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase / FAS-II system / Mycolic acid synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dehydratase subunit HadA-like / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB / UPF0336 protein Rv0504c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.00196723217 Å
データ登録者Rima, J. / Grimoire, Y. / Bories, P. / Bardou, F. / Quemard, A. / Bon, C. / Mourey, L. / Tranier, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: HadBD dehydratase from Mycobacterium tuberculosis fatty acid synthase type II: A singular structure for a unique function.
著者: Bories, P. / Rima, J. / Tranier, S. / Marcoux, J. / Grimoire, Y. / Tomaszczyk, M. / Launay, A. / Fata, K. / Marrakchi, H. / Burlet-Schiltz, O. / Mourey, L. / Ducoux-Petit, M. / Bardou, F. / Bon, C. / Quemard, A.
履歴
登録2023年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0336 protein Rv0504c
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5072
ポリマ－35,5072
非ポリマー00
水34219
1
A: UPF0336 protein Rv0504c
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB

A: UPF0336 protein Rv0504c
B: (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0144
ポリマ－71,0144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area7480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.646, 96.646, 143.921
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 UPF0336 protein Rv0504c


分子量: 20557.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: Rv0504c, MTCY20G9.31c / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFK3
#2: タンパク質 (3R)-hydroxyacyl-ACP dehydratase subunit HadB


分子量: 14949.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: hadB, Rv0636 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I6WYY7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0,1 M NaCacodylate pH 6,5, 40% MPD and 5% PEG 8k

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.892→83.698 Å / Num. obs: 14207 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 43.4800802836 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.892→2.216 Å / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 1.247 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 711 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 1.112 / % possible all: 75.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE1.9_1692+SVNデータ収集
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
autoPROCdata processing
STARANISO2.3.24データスケーリング
Coot0.9.8.7モデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASERversion 2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.00196723217→54.5657301655 Å / SU ML: 0.256068176251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36415165716 / 位相誤差: 40.5265965416
Rfactor反射数%反射
Rfree0.290455304595 1415 10.0056569085 %
Rwork0.246052592853 12727 -
obs0.250484525568 14142 51.5303891561 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.9591451609 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00196723217→54.5657301655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2147 0 0 19 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003649141356362196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7620808240452985
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0300435654885341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361342669357386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1916183076790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.002-2.07350.375710817763130.391992127802117X-RAY DIFFRACTION4.88721804511
2.0735-2.15650.437231579345280.392470480148245X-RAY DIFFRACTION10.182767624
2.1565-2.25470.435848212516400.389983071532374X-RAY DIFFRACTION15.3903345725
2.2547-2.37360.373546911733580.359818992033520X-RAY DIFFRACTION21.47102526
2.3736-2.52230.382101122822860.362583448042764X-RAY DIFFRACTION31.6220238095
2.5223-2.7170.4227707451221260.3348106640691131X-RAY DIFFRACTION46.07771261
2.717-2.99040.3514985220422110.3102025270421903X-RAY DIFFRACTION77.4642726273
2.9904-3.42310.3319329116562740.2815499762172466X-RAY DIFFRACTION99.8178506375
3.4231-4.31250.2819424585772800.2277662142372524X-RAY DIFFRACTION99.9287241625
4.3125-54.5650.2420396455372990.2061790102142683X-RAY DIFFRACTION99.9329758713
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.7855928553 Å / Origin y: -29.578603308 Å / Origin z: -0.0178486222433 Å
111213212223313233
T0.785776184368 Å20.0457011959001 Å20.167324679815 Å2-0.00984809727043 Å2-0.00803037259527 Å2--0.236170173003 Å2
L2.66645610299 °20.702353771311 °2-0.17542642647 °2-2.75708225044 °2-1.93253722589 °2--4.59920182567 °2
S0.243422948439 Å °0.0520188202958 Å °-0.0433880225489 Å °-0.286701677716 Å °-0.0707924584903 Å °-0.243665352729 Å °-1.42250754602 Å °-0.26144632568 Å °-0.118541899999 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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