ソフトウェア 名称 バージョン 分類 BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021) 精密化 PDB_EXTRACT3.28 データ抽出 AutoProcessデータ削減 AutoProcessデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.945→79 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.92 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.903 / SU R Cruickshank DPI : 0.162 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / SU R Blow DPI : 0.161 / SU Rfree Blow DPI : 0.142 / SU Rfree Cruickshank DPI : 0.144 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2515 5117 4.85 % RANDOM Rwork 0.2301 - - - obs 0.2312 105428 97.5 % -
原子変位パラメータ Biso max : 87.74 Å2 / Biso mean : 32.98 Å2 / Biso min : 17.88 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.0859 Å2 0 Å2 -1.8606 Å2 2- - -8.2099 Å2 0 Å2 3- - - 8.2958 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.28 Å精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.945→79 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 8395 0 40 533 8968 Biso mean - - 51.16 37.3 - 残基数 - - - - 1034
拘束条件 大きな表を表示 (6 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ 数 Restraint function Weight Dev ideal X-RAY DIFFRACTION t_dihedral_angle_d3074 SINUSOIDAL2 X-RAY DIFFRACTION t_trig_c_planesX-RAY DIFFRACTION t_gen_planes1431 HARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_it8631 HARMONIC10 X-RAY DIFFRACTION t_nbdX-RAY DIFFRACTION t_improper_torsionX-RAY DIFFRACTION t_pseud_angleX-RAY DIFFRACTION t_chiral_improper_torsion1148 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_sum_occupanciesX-RAY DIFFRACTION t_utility_distanceX-RAY DIFFRACTION t_utility_angleX-RAY DIFFRACTION t_utility_torsionX-RAY DIFFRACTION t_ideal_dist_contact7931 SEMIHARMONIC4 X-RAY DIFFRACTION t_bond_d8631 HARMONIC2 0.008 X-RAY DIFFRACTION t_angle_deg11642 HARMONIC2 0.95 X-RAY DIFFRACTION t_omega_torsion3.35 X-RAY DIFFRACTION t_other_torsion16.97
LS精密化 シェル 解像度 : 1.95→1.96 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 51 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.3648 85 4.03 % Rwork 0.3526 2024 - all 0.3531 2109 - obs - - 85.89 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.7544 -0.3616 -0.5414 0.2917 0.4129 0.5197 0.0274 0.0806 -0.0425 -0.0245 -0.0703 -0.0215 -0.0359 -0.045 0.0429 -0.0728 0.0211 0.0302 -0.0431 0.0099 -0.0095 -4.0966 22.7194 -37.6632 2 1.0264 0.5857 -0.1201 0.7093 0.0385 0.2546 0.0577 -0.0557 -0.0179 0.078 -0.0674 0.0074 0.0416 0.0594 0.0097 -0.0749 -0.0048 0.0052 -0.0757 0.0067 0.0132 -9.0157 24.8461 2.4945 3 0.7951 -0.4463 0.631 0.4037 -0.4889 0.6723 -0.0065 0.0817 0.0167 -0.0274 -0.037 0.0301 0.0022 0.0612 0.0435 -0.0841 -0.0045 -0.0048 -0.0011 0.0026 -0.0512 -34.0474 -15.1086 -29.6254 4 1.177 0.6821 -0.1953 0.8261 -0.0095 0.3882 0.0547 -0.0197 -0.0469 0.1207 -0.0449 -0.014 -0.0494 -0.0206 -0.0098 -0.0737 0.0012 0.0023 -0.0822 0.0028 -0.0012 -30.1175 -16.3193 9.6294
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 { A|* }A156 - 454 2 X-RAY DIFFRACTION 2 { B|* }B1 - 241 3 X-RAY DIFFRACTION 3 { C|* }C156 - 453 4 X-RAY DIFFRACTION 4 { D|* }D1 - 241