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- PDB-8pwu: PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwu
タイトルPfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255
要素
  • Reticulocyte-binding protein homolog 5
  • monoclonal antibody MAD10-255
キーワードCELL CYCLE / Plasmodium falciparum / malaria / monoclonal antibody / growth-inhibition / blood stage / erythrocyte invasion
機能・相同性
機能・相同性情報


rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Rh5 coiled-coil domain / Rh5 coiled-coil domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte-binding protein homolog 5
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.148 Å
データ登録者Farrell, B. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust220797/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PfRH5 bound to monoclonal antibody MAD10-255
著者: Farrell, B. / Higgins, M.K.
履歴
登録2023年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reticulocyte-binding protein homolog 5
B: monoclonal antibody MAD10-255
C: Reticulocyte-binding protein homolog 5
D: monoclonal antibody MAD10-255
E: Reticulocyte-binding protein homolog 5
F: monoclonal antibody MAD10-255
G: Reticulocyte-binding protein homolog 5
H: monoclonal antibody MAD10-255
I: Reticulocyte-binding protein homolog 5
J: monoclonal antibody MAD10-255
K: Reticulocyte-binding protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,51311
ポリマ－380,51311
非ポリマー00
水00
1
A: Reticulocyte-binding protein homolog 5
B: monoclonal antibody MAD10-255


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9102
ポリマ－67,9102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Reticulocyte-binding protein homolog 5
D: monoclonal antibody MAD10-255


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9102
ポリマ－67,9102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Reticulocyte-binding protein homolog 5
F: monoclonal antibody MAD10-255


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9102
ポリマ－67,9102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Reticulocyte-binding protein homolog 5
H: monoclonal antibody MAD10-255


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9102
ポリマ－67,9102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Reticulocyte-binding protein homolog 5
J: monoclonal antibody MAD10-255


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9102
ポリマ－67,9102
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Reticulocyte-binding protein homolog 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9621
ポリマ－40,9621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.309, 134.522, 198.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Reticulocyte-binding protein homolog 5 / PfRH5


分子量: 40962.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: RH5, PFD1145c, PF3D7_0424100
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IFM5
#2: 抗体
monoclonal antibody MAD10-255


分子量: 26947.756 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium sulphate, 0.3 M sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.8, 2% w/v g-PGA (Na+ form, LM), 3% w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.148→87.45 Å / Num. obs: 104997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / Num. unique obs: 5215 / CC1/2: 0.264

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.148→87.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 1.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.873 / SU Rfree Blow DPI: 0.374 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.391
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2636 5254 5.01 %RANDOM
Rwork0.2419 ---
obs0.2431 104799 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 243.69 Å2 / Biso mean: 136.72 Å2 / Biso min: 68.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--18.7298 Å20 Å2-9.0908 Å2
2--2.2727 Å20 Å2
3---16.4571 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.148→87.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23343 0 0 0 23343
残基数----2848
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8506SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3946HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23899HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3200SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19583SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d23899HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg32253HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.08
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3973 108 5.15 %
Rwork0.3753 1988 -
all0.3764 2096 -
obs--94.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37820.0430.40031.36430.23623.73520.1705-0.20280.2040.3632-0.18850.268-0.0753-0.08410.0181-0.1541-0.2112-0.00580.0002-0.19910.1624-34.76179.456123.2473
22.7643-0.1399-0.40242.63930.28672.20590.26640.08090.4661-0.3055-0.3376-0.1276-0.64980.10330.0712-0.0902-0.0682-0.071-0.4319-0.0330.4569-21.90530.2572-8.998
30.54150.21620.20840.69870.32862.53590.0290.22910.2671-0.4253-0.0892-0.1226-0.1923-0.15420.06010.15820.2872-0.1489-0.00680.07330.0277-35.4527.0028-53.7845
41.4787-0.51850.20064.4735-1.05612.34960.29620.1829-0.1467-0.0686-0.26890.4733-0.193-0.4369-0.0273-0.31470.1826-0.2813-0.1104-0.1660.2937-60.60078.691-21.7712
50.70380.1053-0.23970.636-0.11482.98260.07560.1976-0.1498-0.463-0.16270.08930.35540.10030.08710.29230.3094-0.095-0.1192-0.0777-0.0032-21.9606-14.8745-53.1529
61.6713-1.0052-0.03565.29080.85431.76660.34270.14080.1873-0.1116-0.34-0.55660.23190.27-0.0027-0.33410.18250.05-0.15940.18660.3312.8781-14.2953-21.2328
70.2053-0.1516-0.20381.60410.02632.87850.1386-0.1603-0.09210.4798-0.1361-0.29270.2088-0.0683-0.0024-0.046-0.2512-0.2656-0.00340.13530.1271-23.1808-13.5623.5696
82.8786-0.52960.55392.7974-0.35482.65780.28440.0612-0.5276-0.294-0.28110.18860.7023-0.1863-0.0033-0.0351-0.1241-0.1818-0.4391-0.00770.3992-35.8817-35.7083-7.6092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A158 - 506
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 241
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C158 - 506
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E158 - 505
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G158 - 504
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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