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万見
- PDB-8pwk: human HINT1 in complex with compound AT8003 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwk
タイトルhuman HINT1 in complex with compound AT8003
要素Histidine triad nucleotide-binding protein 1
キーワードHYDROLASE / complex intermediate compound inhibitor / Adenosine 5'-monophosphoramidase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling ...purine ribonucleotide catabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of calcium-mediated signaling / protein kinase C binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cytoskeleton / hydrolase activity / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Adenosine 5'-monophosphoramidase HINT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Zimberger, C. / Canard, B. / Ferron, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-0005 フランス
引用
ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: The activation cascade of the broad-spectrum antiviral bemnifosbuvir characterized at atomic resolution.
著者: Chazot, A. / Zimberger, C. / Feracci, M. / Moussa, A. / Good, S. / Sommadossi, J.P. / Alvarez, K. / Ferron, F. / Canard, B.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The activation chain of the broad-spectrum antiviral bemnifosbuvir at atomic resolution
著者: Chazot, A. / Zimberger, C. / Feracci, M. / Moussa, A. / Good, S. / Sommadossi, J.P. / Alvarez, K. / Ferron, F. / Canard, B.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
B: Histidine triad nucleotide-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0634
ポリマ－27,6482
非ポリマー4152
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.961, 46.45, 63.771
Angle α, β, γ (deg.)90, 94.98, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad nucleotide-binding protein 1 / Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting ...Adenosine 5'-monophosphoramidase / Protein kinase C inhibitor 1 / Protein kinase C-interacting protein 1 / PKCI-1


分子量: 13823.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HINT1, HINT, PKCI1, PRKCNH1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P49773, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-I0H / [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-[2-azanyl-6-(methylamino)purin-9-yl]-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 392.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18FN6O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30-50% PEG 2K MME 0,1M Sodium cacodylate / PH範囲: 5.8-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→39.864 Å / Num. obs: 12964 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.095→2.132 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 657 / CC1/2: 0.904 / Rpim(I) all: 0.227 / Rrim(I) all: 0.592 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5 (20230222)データ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP11.9.02; 28.02.2022位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.095→39.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Blow DPI: 0.195 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.194
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2386 646 -RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1926 12960 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.0107 Å20 Å27.6366 Å2
2--9.2193 Å20 Å2
3---4.7914 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→39.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 27 128 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081845HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.952510HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d637SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes325HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1827HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion232SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1626SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.61
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.12 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3616 23 -
Rwork0.2181 --
obs0.2256 405 92.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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