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- PDB-8pwd: Crystal structure of VDR in complex Des-C-Ring and Aromatic-D-Rin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pwd
タイトルCrystal structure of VDR in complex Des-C-Ring and Aromatic-D-Ring analog 3c
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Vitamin D3 receptor A
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / VDR / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic stem cell proliferation / locomotor rhythm / heart looping ...heart jogging / Vitamin D (calciferol) metabolism / SUMOylation of intracellular receptors / vitamin D binding / calcitriol binding / lithocholic acid binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic stem cell proliferation / locomotor rhythm / heart looping / aryl hydrocarbon receptor binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to hormone stimulus / calcium ion homeostasis / Recycling of bile acids and salts / intracellular receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / ossification / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / response to progesterone / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / : / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / nuclear body / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclear receptor coactivator 2 / Vitamin D3 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rochel, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE17-0009-01 フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Further Studies on the Highly Active Des-C-Ring and Aromatic-D-Ring Analogues of 1 alpha ,25-Dihydroxyvitamin D 3 (Calcitriol): Refinement of the Side Chain.
著者: Zarate-Ruiz, A. / Seoane, S. / Peluso-Iltis, C. / Peters, S. / Gregorio, C. / Guiberteau, T. / Maestro, M. / Perez-Fernandez, R. / Rochel, N. / Mourino, A.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1433
ポリマ－35,6412
非ポリマー5021
水32418
1
A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Vitamin D3 receptor A
B: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2866
ポリマ－71,2814
非ポリマー1,0052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area3880 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.633, 66.633, 265.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor A / VDR-A / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor A / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1-A


分子量: 34060.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: vdra, nr1i1a, vdr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9PTN2
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-FT9 / (1R,3S,5Z)-4-methylidene-5-[(E)-3-[3-[7,7,7-tris(fluoranyl)-6-oxidanyl-6-(trifluoromethyl)hept-3-ynyl]phenyl]pent-2-enylidene]cyclohexane-1,3-diol


分子量: 502.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NH4SO4 1.5M, BisTris 0.1M pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→24.17 Å / Num. obs: 9334 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 103.06 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.75
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 900 / CC1/2: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→24.17 Å / SU ML: 0.4596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.5023
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2742 907 9.73 %
Rwork0.2033 8414 -
obs0.2102 9321 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 112.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 35 18 2037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00842058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10282777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4789800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.970.41111450.33431339X-RAY DIFFRACTION99.87
2.98-3.20.371470.32371364X-RAY DIFFRACTION99.8
3.2-3.530.34181470.25391370X-RAY DIFFRACTION100
3.53-4.030.29531480.20281374X-RAY DIFFRACTION99.74
4.03-5.070.23561540.1711425X-RAY DIFFRACTION99.75
5.08-24.170.25761660.18981542X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.164987034840.4153532031911.342634471516.63406836296-1.067264120052.21412675518-1.275763993050.9594497716393.08336559372-0.5170991585660.9170227328441.41333918739-2.312302444731.06507535785-0.3529738981551.02886953111-0.2353847253340.07986727492040.891470685878-0.1869275999031.10880500784-39.483448973639.67070595496.60939474585
27.051186809531.80378042493-1.024376012742.561518987311.956525829964.354074166010.271929203731-0.387231802939-0.6889807090930.0334626926364-0.3222429062821.158363451050.895444494294-1.002707336271.068626550250.904886472326-0.1346542891860.01830624787581.09875465304-0.2172119038481.12358296788-36.499006799416.9688785779-13.6875551121
33.80065192998-1.76177572364-2.585832763369.29073009794.792805564357.049587442620.30668556075-0.232864150270.224476416916-1.05975456628-0.7653544528361.0466873378-0.923824537291-0.4232325065020.4119982468150.7197426610610.06557794362240.0002592150482790.931121701016-0.1337666329880.881789343614-30.423849293131.6599211425-7.97550529494
42.78922934973-1.59572563571-0.7382482485727.63339561129-1.131114383877.41049118745-0.00742847348185-0.7059032337460.09680244647590.753823384972-0.4328554619561.045618606280.758480516367-0.5365530105970.2806156357120.909577695886-0.06578992498550.1130188389240.899208328682-0.05515090656550.851109359296-31.52829835521.3361374338-3.09361047977
56.23316664145-1.273065916-2.941566607243.458755761451.360153054533.09067643394-0.503283954623-0.0566388456757-0.5253193583890.602914635391-1.696681663022.910537820363.83149170247-0.4492678892271.355558624582.037896120030.09783365405270.2670959267681.00194563561-0.1915234498871.30312021253-26.00777432278.75076348267-8.14815512871
65.73840270449-1.45099796934-0.9596377933824.074705612890.5881748210165.18119548001-0.442793014038-0.175578739094-0.2156789266160.4953275198470.02561585590270.4718326761420.4058121185770.4532613706160.2077218409731.24706275726-0.153004889666-0.03716972764131.02209192835-0.02170339510310.799423758445-27.768975676224.91314115025.20187508375
76.315430881323.96331070466-2.78561641042.21788290234-2.73280979252.696904971341.34227786148-0.8117823423941.526519323531.89604209898-0.5309872065670.62042062029-1.185806807480.715787159093-0.5200869419661.57428617312-0.3568311985590.1978545066771.59398525339-0.2360289783381.14139503838-29.978475279236.182364470414.173156347
85.41228957337-2.80034237465-2.856353545071.6205842607-0.129766676364.340874051690.108616871331-0.4656445683890.159840783740.47424347049-0.0291579873064-0.1035666778120.1506138622771.059045598620.1964096832440.975713445841-0.1600636258850.003244481073530.839232631106-0.05007639535660.981925139081-20.166156738421.8100869471-5.61036925583
99.01096842192-4.23173155229-7.253992355565.896032025345.150539223586.85272638073.960121611190.1221359290660.344120935623-2.13192815088-2.48764579808-0.314964409992-4.327451065610.911113604095-2.080665321851.74573900142-0.3264207583370.2448248599110.9652388297510.02604695488521.45526337528-25.215027184438.5902818277-15.4369432364
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 155 through 174 )AA155 - 1741 - 20
22chain 'A' and (resid 175 through 254 )AA175 - 25421 - 40
33chain 'A' and (resid 255 through 283 )AA255 - 28341 - 69
44chain 'A' and (resid 284 through 324 )AA284 - 32470 - 110
55chain 'A' and (resid 325 through 334 )AA325 - 334111 - 120
66chain 'A' and (resid 335 through 376 )AA335 - 376121 - 162
77chain 'A' and (resid 377 through 404 )AA377 - 404163 - 190
88chain 'A' and (resid 405 through 451 )AA405 - 451191 - 237
99chain 'B' and (resid 687 through 695 )BB687 - 6951 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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