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万見

- PDB-8pw1: Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pw1

タイトル

Structure of human UCHL1 in complex with CG341 inhibitor

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

キーワード

HYDROLASE / DUB / Deubiquitinase / UCHL1 / UCH-L1 / Ubiquitin / nitrile / covalent / cyanopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

axon target recognition / male germ cell proliferation / alpha-2A adrenergic receptor binding / muscle cell development / neuron projection terminus / adult walking behavior / neuromuscular process / eating behavior / axonal transport of mitochondrion / protein deubiquitination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Grethe, C. / Gersch, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: N-Cyanopiperazines as Specific Covalent Inhibitors of the Deubiquitinating Enzyme UCHL1.
著者: Schmidt, M. / Grethe, C. / Recknagel, S. / Kipka, G.M. / Klink, N. / Gersch, M.

履歴

登録	2023年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pw1.cif.gz	1000.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pw1.ent.gz	702.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pw1_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pw1_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8pw1_validation.xml.gz	77.2 KB	表示
CIF形式データ	8pw1_validation.cif.gz	102.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pw1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ppwC 8pq0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

256 kDa, 10 ポリマー
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A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.6 kDa, 1 ポリマー
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B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

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D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

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E: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

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25.6 kDa, 1 ポリマー
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F: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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G: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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H: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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I: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

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J: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.629, 77.753, 126.465
Angle α, β, γ (deg.)	94.090, 104.060, 113.800
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 / UCH-L1 / Neuron cytoplasmic protein 9.5 / PGP 9.5 / PGP9.5 / Ubiquitin thioesterase L1 分子量: 25153.643 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UCHL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09936, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-GKO / (2~{S})-4-(iminomethyl)-1-methyl-~{N}-[1-[4-(pent-4-ynylcarbamoyl)phenyl]imidazol-4-yl]piperazine-2-carboxamide 分子量: 421.495 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₇N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.49 M ammonium sulfate, 85 mM trisodium citrate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→51.61 Å / Num. obs: 115147 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 11238 / CC_1/2: 0.884 / R_rim(I) all: 1.036

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2	3.10.0	データ削減
DIALS	3.1	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→51.61 Å / SU ML: 0.3596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.9145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2712	5769	5.01 %
R_work	0.2273	109270	-
obs	0.2295	115039	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16024	0	310	227	16561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	16652
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4944	22584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0397	2545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6019	5778

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.22	0.4105	197	0.3718	3516	X-RAY DIFFRACTION	94.14
2.23-2.25	0.3973	187	0.3612	3528	X-RAY DIFFRACTION	95.09
2.25-2.28	0.4141	211	0.3563	3569	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.28-2.31	0.3702	207	0.3554	3606	X-RAY DIFFRACTION	96.97
2.31-2.34	0.374	188	0.3321	3606	X-RAY DIFFRACTION	97.48
2.34-2.37	0.3529	199	0.3239	3607	X-RAY DIFFRACTION	97.39
2.37-2.4	0.3716	171	0.3269	3661	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.4-2.44	0.3518	187	0.316	3641	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.44-2.48	0.3522	180	0.311	3639	X-RAY DIFFRACTION	97.52
2.48-2.52	0.3474	183	0.3172	3653	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.52-2.56	0.3449	201	0.3133	3567	X-RAY DIFFRACTION	97.62
2.56-2.61	0.3787	188	0.3407	3647	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.61-2.66	0.3616	189	0.3342	3651	X-RAY DIFFRACTION	97.96
2.66-2.71	0.3898	204	0.3186	3601	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.71-2.77	0.384	183	0.3129	3693	X-RAY DIFFRACTION	98.03
2.77-2.84	0.3575	174	0.3061	3629	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.84-2.91	0.3234	188	0.2944	3695	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.91-2.99	0.3546	195	0.2927	3644	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.99-3.07	0.3393	201	0.2944	3652	X-RAY DIFFRACTION	98.67
3.07-3.17	0.3219	194	0.2848	3673	X-RAY DIFFRACTION	98.42
3.17-3.29	0.3327	189	0.2803	3629	X-RAY DIFFRACTION	98.73
3.29-3.42	0.3027	217	0.2517	3697	X-RAY DIFFRACTION	98.69
3.42-3.57	0.269	226	0.2124	3622	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.57-3.76	0.2683	184	0.2019	3673	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.76-4	0.1986	183	0.1889	3691	X-RAY DIFFRACTION	98.98
4-4.31	0.2278	184	0.1743	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.09
4.31-4.74	0.1985	170	0.1604	3685	X-RAY DIFFRACTION	99.28
4.74-5.42	0.1959	203	0.1734	3680	X-RAY DIFFRACTION	99.39
5.42-6.83	0.2472	180	0.2078	3719	X-RAY DIFFRACTION	99.39
6.83-51.61	0.2237	206	0.1755	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9396346271	-5.03581941327	3.86738737273	6.26966905367	-0.750799229995	8.29653012413	-0.0313924609997	0.305269001643	0.087914155694	0.246396377019	-0.252701999586	-0.0168673558742	-0.676402931849	0.0977896174495	0.291802283356	0.619728093683	-0.313192860258	0.025627355997	0.547878438896	-0.0549496382626	0.316149018692	11.0683320844	1.38325786616	-44.4886156512
2	8.31584887861	3.76433730254	-4.66575263724	7.25158584509	-3.02912839868	4.6708580992	0.180849445592	0.0275611930349	-0.14922722714	0.252415490988	-0.244958785729	0.769038642957	-0.534990196077	-0.181617844812	0.124161377392	0.477253636173	-0.0923498405312	-0.00118868211846	0.563648543586	-0.147976858089	0.337032463705	-5.10125263912	-2.4253674227	-47.6371273856
3	5.15688282798	-0.333046517873	-0.657902985573	3.62926202046	-3.36452261383	3.76977206526	0.104673049132	0.448417645448	-1.1059763926	0.0418402741691	-0.31508086801	0.644809638203	0.0713071800704	-0.936226944644	-0.0128526451624	0.355105964964	-0.16668443186	0.0219487347249	0.726308941946	-0.17049772226	0.578291462621	1.05443791545	-15.4782980475	-46.8871313653
4	4.27104301259	-0.127403796718	0.69736886875	5.32342216279	-0.922309454766	4.17104687955	0.105644716905	0.603916120546	-0.396419136673	-0.257373244125	0.00218960961719	-0.107797956735	0.00308462141838	0.504514408375	-0.109283736939	0.440590436207	-0.128657345887	0.00663793625811	0.640235602554	-0.177804929987	0.367013925943	13.2149476058	-13.7770040422	-47.5567758516
5	7.14021772842	-4.43178377791	3.15282890445	5.40042570755	0.136900992108	4.0197280934	-0.824514976331	-0.329105036227	-0.103741607562	1.49732799679	0.206205976848	0.627764710078	-1.0025930283	-0.501244413142	0.590596735597	0.772292041584	-0.0897310699519	-0.0201584395538	0.647515840396	-0.0230933885606	0.354577309382	10.9021632271	-2.7001173573	-32.5502400088
6	4.57224509187	-1.344478452	2.42688303785	6.10918201821	1.05286333861	4.91221595398	0.10980155408	0.722019434316	-0.346522665822	-0.607986277041	-0.389514729268	0.44661302728	-0.208194808385	0.0476910538142	0.219896928076	0.427441540253	-0.121709355623	-0.0336638929119	0.551088924957	-0.115971881664	0.384242165468	-3.20487255553	-5.3203690758	-52.6652184147
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49	2.03128862643	1.66498200073	-0.671744323146	3.14484202433	-0.57966115383	3.12610989193	1.80827623358	-1.44200921713	1.07110113563	1.68725630835	-0.607852706829	1.01505491687	-1.59184597951	0.672840751556	0.67520273909	1.72838229227	-0.581436010285	0.788722423113	0.958977783689	-0.715276603504	0.72025381623	35.5601068165	-42.3775901982	-37.2839620121
50	1.55002734743	0.709276408544	0.0856533080885	0.318922518733	-0.0317547467596	0.0279951743432	1.13683359288	-0.980333694238	1.077386403	1.01118530857	-0.635182986356	0.800750133019	-0.88392142463	0.380505131805	-0.323415251584	1.44099771292	-0.333988405469	0.605799841658	0.786420996774	-0.433614655261	0.921539222738	31.2713715771	-45.7530627941	-37.9330778637
51	0.113357179729	0.191415309048	-0.613923006194	9.0329056995	0.772256283151	3.63555851963	0.330495318499	-0.446902300725	0.377083235221	0.760398942385	-0.849550713251	1.04415892354	-1.10095381782	-0.132108903647	0.545962969633	1.16788175679	-0.16159280774	0.307919737823	0.85073199016	-0.128560073021	0.467925779189	29.1882459914	-55.935512946	-39.442330272

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )	A	A	1 - 35	1 - 35
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 69 )	A	A	36 - 69	36 - 69
3	3	chain 'A' and (resid 70 through 89 )	A	A	70 - 89	70 - 89
4	4	chain 'A' and (resid 90 through 136 )	A	A	90 - 136	90 - 136
5	5	chain 'A' and (resid 137 through 159 )	A	A	137 - 159	137 - 159
6	6	chain 'A' and (resid 160 through 207 )	A	A	160 - 207	160 - 207
7	7	chain 'A' and (resid 208 through 223 )	A	A	208 - 223	208 - 223
8	8	chain 'B' and (resid 2 through 45 )	B	C	2 - 45	1 - 44
9	9	chain 'B' and (resid 46 through 70 )	B	C	46 - 70	45 - 69
10	10	chain 'B' and (resid 71 through 89 )	B	C	71 - 89	70 - 88
11	11	chain 'B' and (resid 90 through 175 )	B	C	90 - 175	89 - 172
12	12	chain 'B' and (resid 176 through 207 )	B	C	176 - 207	173 - 204
13	13	chain 'B' and (resid 208 through 222 )	B	C	208 - 222	205 - 219
14	14	chain 'C' and (resid 3 through 35 )	C	E	3 - 35	1 - 33
15	15	chain 'C' and (resid 36 through 56 )	C	E	36 - 56	34 - 54
16	16	chain 'C' and (resid 57 through 70 )	C	E	57 - 70	55 - 68
17	17	chain 'C' and (resid 71 through 147 )	C	E	71 - 147	69 - 145
18	18	chain 'C' and (resid 148 through 159 )	C	E	148 - 159	146 - 157
19	19	chain 'C' and (resid 160 through 192 )	C	E	160 - 192	158 - 190
20	20	chain 'C' and (resid 193 through 222 )	C	E	193 - 222	191 - 220
21	21	chain 'D' and (resid 2 through 45 )	D	G	2 - 45	1 - 44
22	22	chain 'D' and (resid 46 through 69 )	D	G	46 - 69	45 - 68
23	23	chain 'D' and (resid 70 through 136 )	D	G	70 - 136	69 - 135
24	24	chain 'D' and (resid 137 through 222 )	D	G	137 - 222	136 - 216
25	25	chain 'E' and (resid 1 through 31 )	E	I	1 - 31	1 - 31
26	26	chain 'E' and (resid 32 through 125 )	E	I	32 - 125	32 - 125
27	27	chain 'E' and (resid 126 through 168 )	E	I	126 - 168	126 - 165
28	28	chain 'E' and (resid 169 through 222 )	E	I	169 - 222	166 - 219
29	29	chain 'F' and (resid 1 through 45 )	F	K	1 - 45	1 - 45
30	30	chain 'F' and (resid 46 through 102 )	F	K	46 - 102	46 - 102
31	31	chain 'F' and (resid 103 through 149 )	F	K	103 - 149	103 - 149
32	32	chain 'F' and (resid 150 through 222 )	F	K	150 - 222	150 - 217
33	33	chain 'G' and (resid 2 through 35 )	G	M	2 - 35	1 - 34
34	34	chain 'G' and (resid 36 through 125 )	G	M	36 - 125	35 - 123
35	35	chain 'G' and (resid 126 through 159 )	G	M	126 - 159	124 - 157
36	36	chain 'G' and (resid 160 through 221 )	G	M	160 - 221	158 - 219
37	37	chain 'H' and (resid 3 through 69 )	H	O	3 - 69	1 - 67
38	38	chain 'H' and (resid 70 through 89 )	H	O	70 - 89	68 - 87
39	39	chain 'H' and (resid 90 through 136 )	H	O	90 - 136	88 - 134
40	40	chain 'H' and (resid 137 through 189 )	H	O	137 - 189	135 - 184
41	41	chain 'H' and (resid 190 through 222 )	H	O	190 - 222	185 - 217
42	42	chain 'I' and (resid 2 through 26 )	I	Q	2 - 26	1 - 25
43	43	chain 'I' and (resid 27 through 56 )	I	Q	27 - 56	26 - 55
44	44	chain 'I' and (resid 57 through 112 )	I	Q	57 - 112	56 - 111
45	45	chain 'I' and (resid 113 through 149 )	I	Q	113 - 149	112 - 148
46	46	chain 'I' and (resid 150 through 168 )	I	Q	150 - 168	149 - 164
47	47	chain 'I' and (resid 169 through 221 )	I	Q	169 - 221	165 - 217
48	48	chain 'J' and (resid 0 through 19 )	J	S	0 - 19	1 - 20
49	49	chain 'J' and (resid 20 through 136 )	J	S	20 - 136	21 - 137
50	50	chain 'J' and (resid 137 through 207 )	J	S	137 - 207	138 - 204
51	51	chain 'J' and (resid 208 through 222 )	J	S	208 - 222	205 - 219

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