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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pw0 | |||||||||
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タイトル | Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with manganese and bound to dr1709 promotor | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcriptional regulator | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Mota, C. / De Sanctis, D. | |||||||||
資金援助 | ポルトガル, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Metal ion activation and DNA recognition by the Deinococcus radiodurans manganese sensor DR2539. 著者: Mota, C. / Webster, M. / Saidi, M. / Kapp, U. / Zubieta, C. / Giachin, G. / Manso, J.A. / de Sanctis, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pw0.cif.gz | 138.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pw0.ent.gz | 88.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pw0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/8pw0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pvtC 8pvzC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15921.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: DR_2539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRF3 | ||||||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6461.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 8K 26% (w/v); Imidazole 0.1 M pH 7.8; NaCl 0.2 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 19507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / Num. unique obs: 2768 / CC1/2: 0.678 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.88 Å / SU ML: 0.2956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.6276 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 165.387361857 Å / Origin y: 26.3545742634 Å / Origin z: 191.345649293 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |