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- PDB-8pw0: Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pw0
タイトルManganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with manganese and bound to dr1709 promotor
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*T)-3')
  • Iron dependent repressor, putative
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily ...FeoA domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Manganese transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mota, C. / De Sanctis, D.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BEST/51724/2011 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia35797UH ポルトガル
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Metal ion activation and DNA recognition by the Deinococcus radiodurans manganese sensor DR2539.
著者: Mota, C. / Webster, M. / Saidi, M. / Kapp, U. / Zubieta, C. / Giachin, G. / Manso, J.A. / de Sanctis, D.
履歴
登録2023年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron dependent repressor, putative
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6957
ポリマ－22,3832
非ポリマー3125
水1,65792
1
A: Iron dependent repressor, putative
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子

A: Iron dependent repressor, putative
B: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,39014
ポリマ－44,7664
非ポリマー62410
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.710, 67.710, 158.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Iron dependent repressor, putative


分子量: 15921.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DR_2539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRF3
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6461.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8K 26% (w/v); Imidazole 0.1 M pH 7.8; NaCl 0.2 M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.88 Å / Num. obs: 19507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 47.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Num. unique obs: 2768 / CC1/2: 0.678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→47.88 Å / SU ML: 0.2956 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 24.6276
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1855 5.2 %
Rwork0.1826 33798 -
obs0.1849 19456 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 733 10 92 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082034
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09532940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.058564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.260.3581660.31642618X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.330.30691400.28032585X-RAY DIFFRACTION99.93
2.33-2.40.31131810.2672543X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.490.27851180.26842623X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.33581270.28232594X-RAY DIFFRACTION99.85
2.59-2.70.27851540.24112607X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.850.26651460.22892592X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.020.25221170.22672627X-RAY DIFFRACTION99.93
3.03-3.260.26991340.20842593X-RAY DIFFRACTION99.82
3.26-3.590.23371650.1672590X-RAY DIFFRACTION99.89
3.59-4.10.18561300.14932603X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.170.16171250.12872622X-RAY DIFFRACTION100
5.17-47.880.18911520.14552601X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 165.387361857 Å / Origin y: 26.3545742634 Å / Origin z: 191.345649293 Å
111213212223313233
T0.238204876802 Å2-0.0132983928193 Å20.00342548619065 Å2-0.155579791082 Å2-0.028347693085 Å2--0.162669862333 Å2
L1.78111648742 °20.635906344063 °20.042292027238 °2-1.00841893823 °2-0.450559812934 °2--0.954909746576 °2
S-0.183081649289 Å °0.0707509238441 Å °0.0444132483434 Å °0.0515982719658 Å °0.161429862191 Å °-0.0676875349643 Å °-0.0682763056795 Å °0.0892425271579 Å °-0.0174428194597 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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