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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pvt | |||||||||
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タイトル | Manganese-dependent transcriptional repressor DR2539 complexed with cadmium (SAD 7 keV) | |||||||||
要素 | Iron dependent repressor, putative | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcriptional regulator | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Mota, C. / De Sanctis, D. | |||||||||
資金援助 | ポルトガル, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2024 タイトル: Metal ion activation and DNA recognition by the Deinococcus radiodurans manganese sensor DR2539. 著者: Mota, C. / Webster, M. / Saidi, M. / Kapp, U. / Zubieta, C. / Giachin, G. / Manso, J.A. / de Sanctis, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pvt.cif.gz | 79.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pvt.ent.gz | 48.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/8pvt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pvzC 8pw0C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15921.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: DR_2539 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RRF3 #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0; 1.2 M sodium acetate; 0.05 M Cadmium sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.7712 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.7712 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→43.6 Å / Num. obs: 12916 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 38.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / Num. unique obs: 1752 / CC1/2: 0.869 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→43.59 Å / SU ML: 0.327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.68 / 位相誤差: 25.6713 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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