PDB-8ptt: Human NUDT5 in complex with MRK-952

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ptt

タイトル

Human NUDT5 in complex with MRK-952

要素

ADP-sugar pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / D-ribose catabolic process / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Diaz-Saez, L. / Koekemoer, L. / Feyerherm, C. / Sloman, S. / Fischer, C. / Schneider, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Huber, K.V.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human NUDT5 in complex with MRK-952
著者: Diaz-Saez, L. / Koekemoer, L. / Feyerherm, C. / Sloman, S. / Fischer, C. / Schneider, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Huber, K.V.M.

履歴

登録	2023年7月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ptt.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ptt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ptt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ptt_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ptt_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8ptt_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	8ptt_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8ptt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/8ptt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-sugar pyrophosphatase

B: ADP-sugar pyrophosphatase

C: ADP-sugar pyrophosphatase

D: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

99.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-sugar pyrophosphatase

B: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.7 kDa, 2 ポリマー

2

C: ADP-sugar pyrophosphatase

D: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.245, 59.679, 81.171
Angle α, β, γ (deg.)	78.789, 81.715, 76.034
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked ...8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 5 / hNUDT5 / YSA1H 分子量: 24355.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5, NUDIX5, HSPC115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta 2 (DE3) 参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 8-oxo-dGDP phosphatase, ADP-D-ribose pyrophosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-F2V / 6-[(5~{R})-7-[3-chloranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl]-7-methyl-purine 分子量: 436.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀ClF₃N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Reservoir: 33% PEG 400, 0.2 M magnesium chloride, and 0.1 M tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→28.41 Å / Num. obs: 29822 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 33.048 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3405 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
xia2		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
REFMAC	5.8.0415	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→28.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 10.15 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.815 / ESU R Free: 0.302

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1433	4.805 %
R_work	0.178	28389	-
all	0.181	-	-
obs	-	29822	98.439 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.036 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.431 Å²	0.788 Å²	0.886 Å²
2-	-	-0.257 Å²	0.678 Å²
3-	-	-	-1.241 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6062	0	127	290	6479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.226	1.67	8786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.289	1.573	14112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.804	5.8	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.43	10	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.941	10	280
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.232	0.2	987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	307
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.663	4.037	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.662	4.037	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.856	7.248	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.855	7.248	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.625	4.24	3264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.625	4.24	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.825	7.696	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.825	7.696	4811
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.989	39.27	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.969	39.297	6711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.564	0.308	111	0.244	2087	X-RAY DIFFRACTION	98.4767
2.564-2.634	0.345	109	0.243	2008	X-RAY DIFFRACTION	97.7378
2.634-2.71	0.29	106	0.253	1971	X-RAY DIFFRACTION	97.7872
2.71-2.792	0.348	98	0.227	1912	X-RAY DIFFRACTION	98.6261
2.792-2.883	0.267	82	0.218	1882	X-RAY DIFFRACTION	98.2491
2.883-2.983	0.264	96	0.208	1759	X-RAY DIFFRACTION	97.8892
2.983-3.095	0.296	101	0.211	1774	X-RAY DIFFRACTION	99.1015
3.095-3.219	0.268	81	0.212	1650	X-RAY DIFFRACTION	98.6887
3.219-3.36	0.256	83	0.203	1597	X-RAY DIFFRACTION	98.1882
3.36-3.522	0.248	83	0.183	1578	X-RAY DIFFRACTION	98.4588
3.522-3.709	0.226	64	0.17	1438	X-RAY DIFFRACTION	99.2074
3.709-3.93	0.247	83	0.17	1394	X-RAY DIFFRACTION	98.7299
3.93-4.196	0.187	58	0.137	1310	X-RAY DIFFRACTION	99.1304
4.196-4.524	0.264	51	0.142	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.0881
4.524-4.943	0.181	60	0.134	1110	X-RAY DIFFRACTION	99.0686
4.943-5.506	0.23	40	0.144	1023	X-RAY DIFFRACTION	98.4259
5.506-6.318	0.223	34	0.175	908	X-RAY DIFFRACTION	98.5356
6.318-7.644	0.241	43	0.147	749	X-RAY DIFFRACTION	98.0198
7.644-10.44	0.156	29	0.126	609	X-RAY DIFFRACTION	99.0683
10.44-28.41	0.183	21	0.183	377	X-RAY DIFFRACTION	99.005

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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