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- PDB-8ptq: COMPLEX CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ptq
タイトルCOMPLEX CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT HUMAN MONOGLYCERIDE LIPASE WITH COMPOUND 5l
要素Monoglyceride lipase
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / SERINE ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonic acid metabolic process / regulation of sensory perception of pain / lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / regulation of inflammatory response / inflammatory response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EJI / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Butini, S. / Grether, U. / Benz, J. / Leibrock, L. / Maramai, S. / Papa, A. / Carullo, G. / Federico, S. / Grillo, A. / Di Guglielmo, B. ...Butini, S. / Grether, U. / Benz, J. / Leibrock, L. / Maramai, S. / Papa, A. / Carullo, G. / Federico, S. / Grillo, A. / Di Guglielmo, B. / Lamponi, S. / Gemma, S. / Campiani, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Potent and Selective Monoacylglycerol Lipase Inhibitors. SARs, Structural Analysis, and Biological Characterization.
著者: Butini, S. / Grether, U. / Jung, K.M. / Ligresti, A. / Allara, M. / Postmus, A.G.J. / Maramai, S. / Brogi, S. / Papa, A. / Carullo, G. / Sykes, D. / Veprintsev, D. / Federico, S. / Grillo, A. ...著者: Butini, S. / Grether, U. / Jung, K.M. / Ligresti, A. / Allara, M. / Postmus, A.G.J. / Maramai, S. / Brogi, S. / Papa, A. / Carullo, G. / Sykes, D. / Veprintsev, D. / Federico, S. / Grillo, A. / Di Guglielmo, B. / Ramunno, A. / Stevens, A.F. / Heer, D. / Lamponi, S. / Gemma, S. / Benz, J. / Di Marzo, V. / van der Stelt, M. / Piomelli, D. / Campiani, G.
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0004
ポリマ－35,4661
非ポリマー5353
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area11960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)90.958, 126.448, 60.271
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-608-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Monoglyceride lipase / MGL / HU-K5 / Lysophospholipase homolog / Lysophospholipase-like / Monoacylglycerol lipase / MAGL


分子量: 35465.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99685, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-EJI / methyl 4-[(2~{S},3~{R})-3-(4-fluorophenyl)-1-(1-methanoylpiperidin-4-yl)-4-oxidanylidene-azetidin-2-yl]benzoate


分子量: 410.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23FN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 6 to 13% PEG MME 5K, 12% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→46.69 Å / Num. obs: 50732 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.55 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 8555 / CC1/2: 0.698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→46.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.078
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 2694 -RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1963 50664 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1761 Å20 Å20 Å2
2--4.7767 Å20 Å2
3---1.3995 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 38 242 2452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012328HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.013175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d819SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2328HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2363SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.44
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 58 -
Rwork0.4383 --
obs0.4358 1014 99.9 %
精密化 TLSOrigin x: -28.1697 Å / Origin y: -20.0468 Å / Origin z: -0.5162 Å
111213212223313233
T0.0735 Å2-0.0059 Å2-0.0052 Å2--0.075 Å2-0.0026 Å2---0.0308 Å2
L0 °2-0.3085 °2-0.0915 °2-1.4653 °2-0.1024 °2--0.5621 °2
S-0.003 Å °-0.0303 Å °0.0348 Å °-0.0303 Å °-0.0394 Å °0.007 Å °0.0348 Å °0.007 Å °0.0425 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 295
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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