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万見
- PDB-8pt1: ERK2 covelently bound to RU76 cyclohexenone based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pt1
タイトルERK2 covelently bound to RU76 cyclohexenone based inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAPK kinase / MAPK / inhibitor / covalent / ERK2 / Michael acceptor warhead
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / ERBB signaling pathway / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / phosphatase binding / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / NCAM signaling for neurite out-growth / cellular response to amino acid starvation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / ESR-mediated signaling / thymus development / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / response to nicotine / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR1 signaling / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Oncogene Induced Senescence / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / long-term synaptic potentiation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sok, P. / Poti, A. / Remenyi, A. / Gogl, G.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)KKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Targeting a key protein-protein interaction surface on mitogen-activated protein kinases by a precision-guided warhead scaffold.
著者: Poti, A.L. / Balint, D. / Alexa, A. / Sok, P. / Ozsvath, K. / Albert, K. / Turczel, G. / Magyari, S. / Ember, O. / Papp, K. / Kiraly, S.B. / Imre, T. / Nemeth, K. / Kurtan, T. / Gogl, G. / ...著者: Poti, A.L. / Balint, D. / Alexa, A. / Sok, P. / Ozsvath, K. / Albert, K. / Turczel, G. / Magyari, S. / Ember, O. / Papp, K. / Kiraly, S.B. / Imre, T. / Nemeth, K. / Kurtan, T. / Gogl, G. / Varga, S. / Soos, T. / Remenyi, A.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5573
ポリマ－41,7471
非ポリマー8112
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area920 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.580, 77.150, 123.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41746.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The dephosphorylated inactive ERK2 kinase with RU76 covalent inhibitor at the docking groove
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-E2A / ~{O}1-methyl ~{O}3-(phenylmethyl) (1~{S},3~{R})-1-methyl-4-oxidanylidene-cyclohexane-1,3-dicarboxylate


分子量: 304.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 % / 解説: rhomboid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.25 Å / Num. obs: 37729 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 13.44
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.8-1.851.26127130.781.3161
1.85-1.91.08826980.8251.1341
1.9-1.950.85626020.8860.8931
1.95-2.010.67824990.9390.7071
2.01-2.080.51425050.9460.5361
2.08-2.150.41923560.9740.4371
2.15-2.230.34423090.980.3581
2.23-2.320.28522310.9840.2971
2.32-2.430.24721270.9910.2571
2.43-2.550.20120310.9920.211
2.55-2.680.17519410.9940.1821
2.68-2.850.14218630.9950.1481
2.85-3.040.11517450.9970.121
3.04-3.290.0916230.9980.0941
3.29-3.60.06915050.9990.0721
3.6-4.020.05713770.9980.0591
4.02-4.650.0512260.9990.0531
4.65-5.690.05210450.9980.0551
5.69-8.050.0528380.9990.0541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→48.25 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ideal bond length restraints were used for the CYS-RU76 covalent bond
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1817 4.82 %
Rwork0.1791 --
obs0.1805 37703 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2823 0 53 214 3090
拘束条件タイプ: bond length CYS161-RU67 / Dev ideal target: 1.69
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.30121130.27272707X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.90.29311400.25372726X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.960.23251310.22262710X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.030.24711290.22022725X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.120.24831310.1992716X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.210.23121400.19312758X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.330.2231450.1852748X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.470.22171410.18032728X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.670.20061310.18082777X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.930.20961410.18592757X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.360.19911630.17532767X-RAY DIFFRACTION100
3.36-4.230.18841600.15252807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.39232.33270.87083.45621.88963.0470.16350.02710.0936-0.0225-0.36950.3768-0.2714-0.56010.17550.17510.04240.0010.2994-0.03410.2359-21.9808-12.67493.4297
24.122-2.7587-2.35322.66172.31157.04190.1197-0.3630.24740.24840.2101-0.27-0.63050.5778-0.33120.2706-0.09990.0520.3252-0.06490.3312-9.2113-5.153814.5288
30.6322-0.2708-0.31912.0872-0.87695.20650.0507-0.0474-0.02210.1072-0.0688-0.09110.25690.1850.01540.18270-0.00850.2377-0.03670.2667-15.3015-18.934617.3337
45.809-1.35770.55271.9238-1.40484.07410.0933-0.15490.9290.993-0.2077-0.1762-0.64530.8073-0.0030.4119-0.1461-0.04830.3748-0.03590.3197-8.3886-10.93922.8428
53.11233.90962.95254.78223.60752.8454-0.05580.66571.4811-1.01410.39960.0102-0.9371.3247-0.36841.0247-0.08630.18310.6776-0.02671.2721-18.0884-1.471226.5248
65.0275-1.15370.03492.36081.69745.2236-0.06930.01470.48360.26880.1792-0.1814-0.27190.5703-0.10150.3952-0.0584-0.02650.2947-0.00310.2416-15.1431-12.219433.5622
74.2481-2.1632.47416.59353.99978.583-0.1175-0.12890.3299-0.1048-0.04110.192-0.8384-0.16540.18790.4589-0.0360.06440.26-0.02390.3181-24.7752-9.114138.5895
81.2694-0.89930.92675.75091.48332.4603-0.4051-0.18180.21190.51070.4052-0.1973-0.13170.30110.07270.64130.0083-0.02390.4021-0.0380.3201-17.1591-9.923647.2464
92.6738-0.5746-1.18872.98610.23154.5715-0.0185-0.2704-0.13190.5758-0.0121-0.38610.51850.9580.01370.42350.0927-0.0930.45490.01160.29-8.6304-24.879835.1288
105.3717-5.48184.23015.3945-4.37283.3219-0.06270.0973-0.51170.0713-0.4301-1.1746-0.50311.33120.53440.555-0.1380.16980.8015-0.03630.8234-0.9892-2.336517.9648
112.7383-0.36521.02725.73550.77583.2470.11240.23270.1476-0.52020.3681-0.782-0.86360.7159-0.49090.3354-0.1060.14130.3141-0.04850.3663-5.5318-2.03683.9099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 162 through 181 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 182 through 191 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 192 through 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 224 through 244 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 245 through 283 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 284 through 326 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 327 through 339 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 340 through 359 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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