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万見
- PDB-8psz: Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state with addit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8psz
タイトルTilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state with additional mode B promoter (transcriptase conformation)
要素
  • 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
  • Polymerase acidic protein (PA-like)
  • Putative PB1
  • RNA-dependent RNA polymerase
  • Transcription-like product
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral polymerase
機能・相同性RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Chem-A0I / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Putative PB1 / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Tilapia lake virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Arragain, B. / Cusack, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of the minimal orthomyxovirus-like polymerase of Tilapia Lake Virus from the highly diverged Amnoonviridae family.
著者: Benoit Arragain / Martin Pelosse / Albert Thompson / Stephen Cusack /
要旨: Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ...Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ends and encode proteins with no known homologues, apart from the segment 1, which encodes an orthomyxo-like RNA-dependent-RNA polymerase core subunit. Here we show that segments 1-3 encode respectively the PB1, PB2 and PA-like subunits of an active heterotrimeric polymerase that maintains all domains found in the distantly related influenza polymerase, despite an unprecedented overall size reduction of 40%. Multiple high-resolution cryo-EM structures of TiLV polymerase in pre-initiation, initiation and active elongation states, show how it binds the vRNA and cRNA promoters and performs RNA synthesis, with both transcriptase and replicase configurations being characterised. However, the highly truncated endonuclease-like domain appears inactive and the putative cap-binding domain is autoinhibited, emphasising that many functional aspects of TiLV polymerase remain to be elucidated.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein (PA-like)
B: Putative PB1
C: RNA-dependent RNA polymerase
V: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
S: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
P: Transcription-like product
D: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,35413
ポリマ－203,6277
非ポリマー7276
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32980 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area60280 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein (PA-like)


分子量: 47780.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tilapia lake virus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A142I7Z3
#2: タンパク質 Putative PB1


分子量: 57179.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tilapia lake virus (ウイルス) / 遺伝子: PB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A1Y9SHW4
#3: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 53782.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tilapia lake virus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A7G3S745

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RNA鎖 , 2種, 4分子 VSDP

#4: RNA鎖 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)


分子量: 12736.518 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tilapia lake virus (ウイルス)
#5: RNA鎖 Transcription-like product


分子量: 6675.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tilapia lake virus (ウイルス)

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非ポリマー , 4種, 115分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-A0I / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid


分子量: 482.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17N4O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tilapia lake virus polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103012 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00912142
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.86216666
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.4322126
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371904
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031951

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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