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- PDB-8pry: Crystal structure of Trypanosoma cruzi glycerol kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pry
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi glycerol kinase
要素glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / Glycerol metabolism / Trypanosoma cruzi / Glycosomes.
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Dubin, G.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2020/39/B/NZ1/01551 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of glycerol kinase from Trypanosoma cruzi, a potential molecular target in Chagas disease.
著者: Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Dubin, G.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol kinase
B: glycerol kinase
C: glycerol kinase
D: glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,4498
ポリマ－233,0814
非ポリマー3684
水7,260403
1
A: glycerol kinase
D: glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7254
ポリマ－116,5402
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area37830 Å2
2
B: glycerol kinase
ヘテロ分子

C: glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7254
ポリマ－116,5402
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area37030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.779, 89.321, 97.155
Angle α, β, γ (deg.)117.35, 88.99, 93.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
glycerol kinase


分子量: 58270.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_2g784 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2W444
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 200 mM Magnesium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→44.61 Å / Num. obs: 117172 / % possible obs: 93.84 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 4908 / CC1/2: 0.518

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 17.018 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23753 5822 5 %RANDOM
Rwork0.17598 ---
obs0.17899 111348 93.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.71 Å2-0.18 Å2
2---0.6 Å20.9 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.07→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15975 0 0 403 16378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01216283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01615284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2981.63722004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7761.5635534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.37652038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.6275112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.397102904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0218378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6722.5958171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6672.5958171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9813.87910200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9813.8810201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7252.9378112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7252.9378113
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.4514.24611805
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.01734.12217945
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.01134.02917863
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 404 -
Rwork0.352 7046 -
obs--81.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9222-0.2662-0.0750.99810.28271.1929-0.02950.14280.0614-0.1332-0.0193-0.0554-0.12560.04940.04880.1703-0.00750.01760.0615-0.03640.07822.8866-0.0012.5689
20.51570.35230.14441.35250.28260.79670.0827-0.0212-0.01170.1771-0.0698-0.0850.03290.031-0.01280.1479-0.0180.02950.0247-0.03580.09861.72068.175447.7576
31.4830.7511-0.26081.4675-0.27590.83490.0326-0.05860.00160.058-0.0189-0.0778-0.02730.0663-0.01360.1514-0.0296-0.01070.0412-0.05510.106333.432-30.366348.671
40.8046-0.4159-0.09812.0063-0.53380.8349-0.0436-0.1104-0.12480.0897-0.0338-0.11790.02580.06290.07740.20660.00160.02670.2197-0.05030.178637.6939-48.9774.4418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 601
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 601
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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