PDB-8pry: Crystal structure of Trypanosoma cruzi glycerol kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pry

タイトル

Crystal structure of Trypanosoma cruzi glycerol kinase

要素

glycerol kinase

キーワード

TRANSFERASE / Glycerol metabolism / Trypanosoma cruzi / Glycosomes.

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol catabolic process / triglyceride metabolic process / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Dubin, G.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi glycerol kinase in complex with glycerol
著者: Lipinski, O. / Sonani, R.R. / Dubin, G.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pry.cif.gz	797.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pry.ent.gz	662.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: glycerol kinase

B: glycerol kinase

C: glycerol kinase

D: glycerol kinase

ヘテロ分子

233 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: glycerol kinase

D: glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
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2

B: glycerol kinase

ヘテロ分子

C: glycerol kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.779, 89.321, 97.155
Angle α, β, γ (deg.)	117.35, 88.99, 93.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	glycerol kinase 分子量: 58270.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 遺伝子: C4B63_2g784 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2W444
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 200 mM Magnesium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→44.61 Å / Num. obs: 117172 / % possible obs: 93.84 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 2.07→2.11 Å / Num. unique obs: 4908 / CC_1/2: 0.518

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→44.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 17.018 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23753	5822	5 %	RANDOM
R_work	0.17598	-	-	-
obs	0.17899	111348	93.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.092 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.71 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0.9 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.07→44.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15975	0	0	403	16378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	16283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.298	1.637	22004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.776	1.56	35534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.376	5	2038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.627	5	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.397	10	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	18378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.672	2.595	8171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.667	2.595	8171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.981	3.879	10200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.981	3.88	10201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.725	2.937	8112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.725	2.937	8113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.451	4.246	11805
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.017	34.122	17945
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.011	34.029	17863
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	404	-
R_work	0.352	7046	-
obs	-	-	81.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9222	-0.2662	-0.075	0.9981	0.2827	1.1929	-0.0295	0.1428	0.0614	-0.1332	-0.0193	-0.0554	-0.1256	0.0494	0.0488	0.1703	-0.0075	0.0176	0.0615	-0.0364	0.0782	2.8866	-0.001	2.5689
2	0.5157	0.3523	0.1444	1.3525	0.2826	0.7967	0.0827	-0.0212	-0.0117	0.1771	-0.0698	-0.085	0.0329	0.031	-0.0128	0.1479	-0.018	0.0295	0.0247	-0.0358	0.0986	1.7206	8.1754	47.7576
3	1.483	0.7511	-0.2608	1.4675	-0.2759	0.8349	0.0326	-0.0586	0.0016	0.058	-0.0189	-0.0778	-0.0273	0.0663	-0.0136	0.1514	-0.0296	-0.0107	0.0412	-0.0551	0.1063	33.432	-30.3663	48.671
4	0.8046	-0.4159	-0.0981	2.0063	-0.5338	0.8349	-0.0436	-0.1104	-0.1248	0.0897	-0.0338	-0.1179	0.0258	0.0629	0.0774	0.2066	0.0016	0.0267	0.2197	-0.0503	0.1786	37.6939	-48.977	4.4418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 601
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 601

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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