+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pro | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The structure of nvBagel2 binding the P8W48O184 polyoxometalate | ||||||
![]() | Cell surface protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of v13Bagel2 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8637.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B5YBJ6 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-IR0 / 分子量: 12016.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O184P8W48 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 15% (w/v) PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972423 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→38.78 Å / Num. obs: 18885 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Num. measured all: 3383 / Num. unique obs: 525 / CC1/2: 0.954 / Rpim(I) all: 0.345 / Rrim(I) all: 0.878 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 3.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.78 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|