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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prm | ||||||
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タイトル | The structure of nvBagel2 binding the P8W48O184 polyoxometalate | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of v13Bagel2 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8prm.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8prm.ent.gz | 62.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8prm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (strain ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12) (バクテリア) 株: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 #2: 化合物 | ChemComp-IR0 / | 分子量: 12016.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O184P8W48 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 5% (w/v) PEG 6000 (final pH 8.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97242 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.11 Å / Num. obs: 30774 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Num. measured all: 18768 / Num. unique obs: 1382 / CC1/2: 0.951 / Rpim(I) all: 0.236 / Rrim(I) all: 0.87 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 3.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→39.91 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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