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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prj | ||||||
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タイトル | The structure of v31Bagel8 | ||||||
![]() | v31Bagel8 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure of v13Bagel8 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34495.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 8% (w/v) PEG 4000, 0.8 M Lithium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→51.02 Å / Num. obs: 67618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 450665 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Num. measured all: 19576 / Num. unique obs: 3372 / CC1/2: 0.895 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.452 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 3.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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