PDB-8prj: The structure of v31Bagel8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8prj

タイトル

The structure of v31Bagel8

要素

v31Bagel8

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of v13Bagel8
著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8prj.cif.gz	155.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8prj.ent.gz	121.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8prj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8prj_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8prj_full_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示
XML形式データ	8prj_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8prj_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8prcC 8prlC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: v31Bagel8

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.254, 72.612, 55.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-710- HOH
2	1	A-751- HOH
3	1	A-1100- HOH
4	1	A-1102- HOH

#1: タンパク質	v31Bagel8 分子量: 34495.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 8% (w/v) PEG 4000, 0.8 M Lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→51.02 Å / Num. obs: 67618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 450665
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.411 / Num. measured all: 19576 / Num. unique obs: 3372 / CC_1/2: 0.895 / R_pim(I) all: 0.185 / R_rim(I) all: 0.452 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→51.02 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1673	3370	4.99 %
R_work	0.1352	-	-
obs	0.1368	67591	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→51.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2449	0	2	606	3057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.284	400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	525

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2499	154	0.1825	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.42-1.44	0.208	130	0.1607	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.44-1.46	0.1979	132	0.1512	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.1956	145	0.1363	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2197	136	0.1372	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.54	0.1799	122	0.1256	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.1608	129	0.1277	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.6	0.178	151	0.1269	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.64	0.2116	138	0.1292	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.68	0.1514	134	0.1193	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.72	0.1602	147	0.1215	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.76	0.1682	130	0.1292	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.82	0.1806	138	0.1397	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.87	0.1776	158	0.1345	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.1715	163	0.1278	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.02	0.1662	161	0.1264	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.11	0.1518	149	0.1291	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.22	0.1644	132	0.131	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.36	0.1407	137	0.1329	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.54	0.1687	134	0.137	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.8	0.1852	134	0.1493	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.2	0.1833	143	0.1404	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-4.04	0.1442	133	0.1284	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-51.02	0.1437	140	0.142	2743	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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