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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prg | ||||||
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タイトル | The structure of nvBagel6 | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of v13Bagel2 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8prg.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8prg.ent.gz | 17.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8prg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8prg_validation.pdf.gz | 415.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8prg_full_validation.pdf.gz | 415.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8prg_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8prg_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dictyoglomus thermophilum (バクテリア) 株: ATCC 35947 / DSM 3960 / H-6-12 / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 0.17 M Ammonium sulfate, 0.085 M Sodium acetate pH 4.6, 25.5 %(w/v) PEG 2000 MME, 15 %(v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873128 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→38.52 Å / Num. obs: 3356 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.303 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 1.069 / Num. measured all: 5094 / Num. unique obs: 326 / CC1/2: 0.864 / Rpim(I) all: 0.277 / Rrim(I) all: 1.106 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I) obs: 5.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→38.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 8.453 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.35→38.52 Å
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拘束条件 |
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