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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8prf | ||||||
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タイトル | The structure of nvBagel5 | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of v13Bagel2 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8prf.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8prf.ent.gz | 17.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8prf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8prf_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8prf_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8prf_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8prf_validation.cif.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8prf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.2M ZnAcetate, 0.1M Imidazole pH8.0, 25% 1-2 propanol, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50.02 Å / Num. obs: 2374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 34.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.286 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.291 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 25.1 / Num. measured all: 81171 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.9 % / Rmerge(I) obs: 0.603 / Num. measured all: 12335 / Num. unique obs: 334 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.611 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 12.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→39.73 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.79 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→39.73 Å
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