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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pre | ||||||
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タイトル | The structure of nvBagel2 in the presence of Zn(II) | ||||||
要素 | Cell surface protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Protein design / symmetric / assembly / self-assembly / beta-propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of v13Bagel2 著者: Vandebroek, L. / Voet, A.R.D. / Lee, X.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pre.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pre.ent.gz | 16.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pre.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pre_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pre_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pre_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pre_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/8pre | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9050.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: DICTH_0179 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5YBJ6 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Zinc acetate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 10% v/v Isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→38.93 Å / Num. obs: 1682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 40000 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / Rmerge(I) obs: 1.088 / Num. measured all: 1929 / Num. unique obs: 79 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 1.111 / Net I/σ(I) obs: 4.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→38.93 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→38.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→38.93 Å
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