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Yorodumi- PDB-8pqq: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8pqq | ||||||
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Title | Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 E88Q Mutant bound to Clofarabine | ||||||
Components | (Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase) x 2 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Complex / Transferase / Clofarabine | ||||||
Function / homology | deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase activity / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / Chem-CFB / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23 Å | ||||||
Authors | Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, M.C. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2024 Title: Snapshots of the Reaction Coordinate of a Thermophilic 2'-Deoxyribonucleoside/ribonucleoside Transferase. Authors: Tang, P. / Harding, C.J. / Dickson, A.L. / da Silva, R.G. / Harrison, D.J. / Czekster, C.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8pqq.cif.gz | 270 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8pqq.ent.gz | 220.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8pqq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8pqq_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8pqq_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 8pqq_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8pqq_validation.cif.gz | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/8pqq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8pqpC 8pqrC 8pqsC 8pqtC 8qc0C 8rh3C C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17819.359 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: E88Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (bacteria) Strain: PCC 7203 / Gene: Chro_1188 / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: K9TVX3 #2: Protein | | Mass: 17688.162 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E88Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Clofarabine Source: (gene. exp.) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (bacteria) Strain: PCC 7203 / Gene: Chro_1188 / Production host: Escherichia coli B (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: K9TVX3 #3: Chemical | ChemComp-CFB / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 20% w/v PEG 6000; 0.1 M Tris pH 8; 0.2 M Magnesium chloride hexhydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→117.76 Å / Num. obs: 49420 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.9 % / CC1/2: 0.885 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 3.741 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2448 / CC1/2: 0.343 / Rrim(I) all: 3.832 / % possible all: 99.51 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.23→58.933 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.23→58.933 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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