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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pp8 | |||||||||
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タイトル | Human inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase A (IP3K) catalytic domain in complex with L-scyllo-inositol 1,2,4-trisphosphate/AMP-PNP/Mn | |||||||||
要素 | Inositol-trisphosphate 3-kinase A | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Inositol polyphosphate / InsP / inositol kinase / IP3K / calcium / InsP3 / IP3 / IPK / IP3 3-K | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol phosphate biosynthetic process / postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance ...inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol tetrakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol phosphate biosynthetic process / postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cellular response to calcium ion / regulation of synaptic plasticity / small GTPase binding / response to calcium ion / actin cytoskeleton organization / dendritic spine / cytoskeleton / calmodulin binding / phosphorylation / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.59 Å | |||||||||
データ登録者 | Marquez-Monino, M.A. / Gonzalez, B. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Substrate promiscuity of inositol 1,4,5-trisphosphate kinase driven by structurally-modified ligands and active site plasticity. 著者: Marquez-Monino, M.A. / Ortega-Garcia, R. / Whitfield, H. / Riley, A.M. / Infantes, L. / Garrett, S.W. / Shipton, M.L. / Brearley, C.A. / Potter, B.V.L. / Gonzalez, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pp8.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pp8.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pp8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pp8_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pp8_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8pp8_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pp8_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/8pp8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pp9C 8ppaC 8ppbC 8ppcC 8ppdC 8ppeC 8ppfC 8ppgC 8pphC 8ppiC 8ppjC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 31877.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Catalytic domain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITPKA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: P23677, inositol-trisphosphate 3-kinase |
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-非ポリマー , 5種, 434分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 420.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 % / 解説: Cube / Trapezoidal |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.81 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.1 M NaCl. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 17 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM ammonium sulfate and 2 mM DTT. ...詳細: 0.81 M sodium citrate, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.1 M NaCl. Protein:precipitant ratio 1:1. Protein concentration: 17 mg/ml. Protein buffer: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM ammonium sulfate and 2 mM DTT. Soaking 2h with 1.5 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5, 5 mM ligand, 3 mM AMP-PNP and 3 mM MnCl2. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.999871 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日 / 詳細: KB mirrors, rectangular beam shape |
放射 | モノクロメーター: Channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999871 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→95.59 Å / Num. obs: 90163 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 29.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.015 / Net I/σ(I): 21.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4163 / CC1/2: 0.59 / Rpim(I) all: 0.447 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.59→95.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.982 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.629 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.59→95.59 Å
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拘束条件 |
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