PDB-8pop: HK97 small terminase in complex with DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pop

タイトル

HK97 small terminase in complex with DNA

要素

(DNA (31-MER)) x 2
Terminase small subunit

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / small terminase / HK97 / bacteriophage / complex with DNA

機能・相同性

DNA / DNA (> 10) / Terminase, small subunit

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage HK97 (ファージ)

Byrnievirus HK97 (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chechik, M. / Greive, S.J. / Antson, A.A. / Jenkins, H.T.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structural basis for DNA recognition by a viral genome-packaging machine.
著者: Maria Chechik / Sandra J Greive / Alfred A Antson / Huw T Jenkins /

要旨: DNA recognition is critical for assembly of double-stranded DNA viruses, particularly for the initiation of packaging the viral genome into the capsid. The key component that recognizes viral DNA is ...

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update
改定 1.2	2024年8月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pop.cif.gz	241 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pop.ent.gz	183.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pop_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pop_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8pop_validation.xml.gz	35.5 KB	表示
CIF形式データ	8pop_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pop	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Terminase small subunit

B: Terminase small subunit

C: Terminase small subunit

D: Terminase small subunit

E: Terminase small subunit

F: Terminase small subunit

G: Terminase small subunit

H: Terminase small subunit

I: Terminase small subunit

J: DNA (31-MER)

K: DNA (31-MER)

186 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration x-ray structure

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
2	1	1	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
3	2	2	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
4	2	2	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
5	3	3	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
6	3	3	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
7	4	4	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
8	4	4	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
9	5	5	VAL	VAL	THR	THR	23 - 123	23 - 123
10	5	5	VAL	VAL	THR	THR	23 - 123	23 - 123
11	6	6	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
12	6	6	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
13	7	7	VAL	VAL	THR	THR	23 - 123	23 - 123
14	7	7	VAL	VAL	THR	THR	23 - 123	23 - 123
15	8	8	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
16	8	8	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
17	9	9	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
18	9	9	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
19	10	10	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
20	10	10	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
21	11	11	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
22	11	11	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
23	12	12	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
24	12	12	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
25	13	13	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
26	13	13	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
27	14	14	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
28	14	14	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
29	15	15	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
30	15	15	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
31	16	16	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
32	16	16	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
33	17	17	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
34	17	17	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
35	18	18	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
36	18	18	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
37	19	19	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
38	19	19	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
39	20	20	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
40	20	20	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
41	21	21	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
42	21	21	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
43	22	22	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
44	22	22	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
45	23	23	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
46	23	23	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
47	24	24	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
48	24	24	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
49	25	25	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
50	25	25	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
51	26	26	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
52	26	26	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
53	27	27	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
54	27	27	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
55	28	28	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
56	28	28	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
57	29	29	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
58	29	29	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
59	30	30	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
60	30	30	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
61	31	31	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
62	31	31	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
63	32	32	VAL	VAL	ASN	ASN	23 - 124	23 - 124
64	32	32	VAL	VAL	ASN	ASN	23 - 124	23 - 124
65	33	33	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
66	33	33	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
67	34	34	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
68	34	34	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
69	35	35	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
70	35	35	ASP	ASP	ASN	ASN	24 - 124	24 - 124
71	36	36	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123
72	36	36	ASP	ASP	THR	THR	24 - 123	24 - 123

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72

#1: タンパク質	Terminase small subunit 分子量: 18497.648 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage HK97 (ファージ) プラスミド: Champion pET SUMO 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9MBW4
#2: DNA鎖	DNA (31-MER) 分子量: 9600.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Byrnievirus HK97 (ウイルス)
#3: DNA鎖	DNA (31-MER) 分子量: 9457.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Byrnievirus HK97 (ウイルス)

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: HK97 small terminase in complex with DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	値 (°)	単位	実験値
1	1	0.185 MDa		NO
2	1	0.166 MDa		NO
3	1		MEGADALTONS	NO

由来(天然)

生物種:

Hendrixvirus (ウイルス)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
プラスミド: Champion pET SUMO

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	200 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	10 mM	magnesium chloride	MgCl₂	1
3	25 mM	Tris-HCl	C₄H₁₁NO₃.HCl	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: complex was purified on S200 10/30 column

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 53.6 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2767 詳細: Two datasets were collected from the same grid. 1st set: 682 images 2nd set: 2085 images
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	Topaz		粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4.1	CTF補正	CTF estimation
5	RELION	3.1	CTF補正	CTF correction
8	Coot	0.9.8	モデルフィッティング
10	RELION	3.1	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1	分類
13	RELION	3.1	３次元再構成
14	REFMAC	5.8.0411	モデル精密化	Servalcat/REFMAC

CTF補正

詳細: CTF correction in RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1144385 / 詳細: dataset 1:306866 dataset 2:837519

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76628 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

原子モデル構築

PDB-ID: 6z6e

6z6e

PDB chain-ID: A / Accession code: 6z6e / Chain residue range: 24-124 / Pdb chain residue range: 24-124 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

精密化

解像度: 3→114.133 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.896 / WR_factor R_work: 0.304 / SU B: 14.201 / SU ML: 0.25 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8472 / Average fsc work: 0.8472 / ESU R: 0.331 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.3043	103499	-
all	0.304	-	-
R_free	-	-	0 %
obs	-	-	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: NONE

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.647 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.006	0.012	9248
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d	0	0.016	8392
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.335	1.68	12636
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg	0.434	1.586	19326
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	5.856	5.241	1242
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	5.981	5	96
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.511	5	36
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	13.993	10	1519
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_6_deg	13.981	10	425
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.102	0.211	1470
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10097
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2012
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined	0.223	0.2	1918
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	7047
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined	0.187	0.2	4399
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	5098
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	100
ELECTRON MICROSCOPY	r_paralell_plane_angle_deg	2.262	0.6	49
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	8.971	7.476	3803
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other	8.969	7.475	3803
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	13.854	13.4	4738
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other	13.853	13.402	4739
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	13.625	9.926	5445
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other	13.625	9.926	5445
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it	22.869	17.482	7898
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other	22.868	17.482	7899
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_it	35.901	115.651	16057
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_other	35.901	115.663	16058
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	3045
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_2	0.078	0.05	3059
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_3	0.083	0.05	3053
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_4	0.091	0.05	3031
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_5	0.091	0.05	3059
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_6	0.081	0.05	3056
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_7	0.087	0.05	3078
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_8	0.094	0.05	3049
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_9	0.096	0.05	3039
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_10	0.1	0.05	3024
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_11	0.092	0.05	3034
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_12	0.097	0.05	3029
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_13	0.096	0.05	3033
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_14	0.093	0.05	3029
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_15	0.1	0.05	3034
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_16	0.077	0.05	3101
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_17	0.079	0.05	3079
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_18	0.081	0.05	3046
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_19	0.072	0.05	3107
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_20	0.078	0.05	3061
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_21	0.09	0.05	3094
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_22	0.09	0.05	3087
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_23	0.065	0.05	3084
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_24	0.08	0.05	3100
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_25	0.086	0.05	3054
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_26	0.086	0.05	3088
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_27	0.084	0.05	3054
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_28	0.087	0.05	3099
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_29	0.07	0.05	3071
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_30	0.094	0.05	3072
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_31	0.087	0.05	3071
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_32	0.099	0.05	3082
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_33	0.092	0.05	3047
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_34	0.084	0.05	3059
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_35	0.082	0.05	3092
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_36	0.089	0.05	3066

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09425	0.05009
1	2	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09425	0.05009
2	3	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07824	0.05009
2	4	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07824	0.05009
3	5	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0826	0.05009
3	6	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0826	0.05009
4	7	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09054	0.05009
4	8	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09054	0.05009
5	9	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09098	0.05009
5	10	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09098	0.05009
6	11	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08076	0.05009
6	12	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08076	0.05009
7	13	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08691	0.05009
7	14	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08691	0.05009
8	15	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09356	0.05009
8	16	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09356	0.05009
9	17	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09583	0.05009
9	18	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09583	0.05009
10	19	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0999	0.05009
10	20	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0999	0.05009
11	21	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09225	0.05009
11	22	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09225	0.05009
12	23	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0967	0.05009
12	24	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0967	0.05009
13	25	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09577	0.05009
13	26	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09577	0.05009
14	27	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09297	0.05009
14	28	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09297	0.05009
15	29	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09962	0.05009
15	30	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09962	0.05009
16	31	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07701	0.05009
16	32	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07701	0.05009
17	33	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07934	0.05009
17	34	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07934	0.05009
18	35	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08118	0.05009
18	36	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08118	0.05009
19	37	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07184	0.05009
19	38	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07184	0.05009
20	39	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07767	0.05009
20	40	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07767	0.05009
21	41	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08979	0.05009
21	42	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08979	0.05009
22	43	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09048	0.05009
22	44	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09048	0.05009
23	45	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.06462	0.0501
23	46	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.06462	0.0501
24	47	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07976	0.05009
24	48	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.07976	0.05009
25	49	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08554	0.05009
25	50	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08554	0.05009
26	51	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08644	0.05009
26	52	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08644	0.05009
27	53	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08354	0.0501
27	54	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08354	0.0501
28	55	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08733	0.05009
28	56	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08733	0.05009
29	57	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.06958	0.0501
29	58	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.06958	0.0501
30	59	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09365	0.05009
30	60	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09365	0.05009
31	61	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08687	0.0501
31	62	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08687	0.0501
32	63	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09882	0.05009
32	64	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09882	0.05009
33	65	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09152	0.0501
33	66	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.09152	0.0501
34	67	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08391	0.05009
34	68	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08391	0.05009
35	69	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08235	0.05009
35	70	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08235	0.05009
36	71	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08894	0.05009
36	72	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.08894	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection R_free: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	WR_factor R_work
3-3.078	0.731	7665	0.731	7665	0.557	0.731
3.078-3.162	0.472	7476	0.472	7476	0.687	0.472
3.162-3.254	0.387	7231	0.387	7231	0.801	0.387
3.254-3.354	0.347	7081	0.347	7081	0.849	0.347
3.354-3.464	0.327	6794	0.327	6794	0.851	0.327
3.464-3.585	0.31	6613	0.31	6613	0.867	0.31
3.585-3.72	0.286	6361	0.286	6361	0.884	0.286
3.72-3.872	0.277	6184	0.277	6184	0.896	0.277
3.872-4.044	0.269	5854	0.269	5854	0.91	0.269
4.044-4.241	0.262	5608	0.262	5608	0.914	0.262
4.241-4.47	0.268	5358	0.268	5358	0.919	0.268
4.47-4.741	0.271	5065	0.271	5065	0.934	0.271
4.741-5.068	0.263	4707	0.263	4707	0.935	0.263
5.068-5.473	0.249	4465	0.249	4465	0.925	0.249
5.473-5.994	0.282	4057	0.282	4057	0.894	0.282
5.994-6.699	0.326	3676	0.326	3676	0.852	0.326
6.699-7.731	0.306	3247	0.306	3247	0.865	0.306
7.731-9.457	0.275	2755	0.275	2755	0.904	0.275
9.457-13.329	0.242	2109	0.242	2109	0.928	0.242
13.329-114.133	0.43	1193	0.43	1193	0.964	0.43

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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