PDB-8pol: Crystal structure of Plasmodium falciparum Sub1 protease

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pol

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum Sub1 protease

要素

Subtilisin-like protease 1

キーワード

HYDROLASE / Protease / Plasmodium falciparum / merozoite egress / pH-dependent dimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

merozoite dense granule / exoneme / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / symbiont-containing vacuolar space / symbiont-containing vacuole / subtilisin / membrane protein ectodomain proteolysis / serine-type peptidase activity / protein processing / serine-type endopeptidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Martinez, M. / Bouillon, A. / Haouz, A. / Barale, J.C. / Alzari, P.M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2024
タイトル: Prodomain-driven enzyme dimerization: a pH-dependent autoinhibition mechanism that controls Plasmodium Sub1 activity before merozoite egress.
著者: Martinez, M. / Bouillon, A. / Brule, S. / Raynal, B. / Haouz, A. / Alzari, P.M. / Barale, J.-.C.

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pol.cif.gz	468.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pol.ent.gz	321.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pol_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pol_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	8pol_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	8pol_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/8pol	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Subtilisin-like protease 1

B: Subtilisin-like protease 1

ヘテロ分子

156 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.576, 107.163, 137.682
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 37 through 40 or resid 42...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 37 through 40 or resid 42...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	37 - 40	37 - 40
d_1	2	LYS	LYS	THR	THR	A	A	42 - 148	42 - 148
d_1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	150 - 160	150 - 160
d_1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	162 - 185	162 - 185
d_1	5	GLU	GLU	ILE	ILE	A	A	187 - 531	187 - 531
d_1	6	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	533 - 629	533 - 629
d_1	7	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	631 - 668	631 - 668
d_1	8	CA	CA	CA	CA	A	C	701
d_1	9	CA	CA	CA	CA	A	D	702
d_1	10	CA	CA	CA	CA	A	E	703
d_2	1	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	37 - 40	37 - 40
d_2	2	LYS	LYS	THR	THR	B	B	42 - 148	42 - 148
d_2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	150 - 160	150 - 160
d_2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	162 - 185	162 - 185
d_2	5	GLU	GLU	ASP	ASP	B	B	187 - 217	187 - 217
d_2	6	PRO	PRO	ILE	ILE	B	B	330 - 531	330 - 531
d_2	7	LYS	LYS	LYS	LYS	B	B	533 - 629	533 - 629
d_2	8	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	631 - 668	631 - 668
d_2	9	CA	CA	CA	CA	B	I	701
d_2	10	CA	CA	CA	CA	B	J	702
d_2	11	CA	CA	CA	CA	B	K	703

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.560595051275, -0.0161776716599, 0.827932045174), (-0.032082878164, -0.998634184339, -0.0412365711304), (0.827468354328, -0.0496794606406, 0.559310355505)ベクター: ...

#1: タンパク質	Subtilisin-like protease 1 / PfSUB1 分子量: 77748.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: SUB1, PF3D7_0507500 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8I0V0, subtilisin
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 1.6 M NaH2PO4 / 0.4 M K2HPO4, 0.1 M phosphate-citrate, pH 5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.09→43.3 Å / Num. obs: 24055 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 71.49 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 3.09→3.3 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4147 / CC_1/2: 0.837 / R_pim(I) all: 0.317 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.09→43.25 Å / SU ML: 0.4357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.8721
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	1217	5.07 %
R_work	0.1701	22779	-
obs	0.173	23996	99.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09→43.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7523	0	33	0	7556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	7671
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6982	10367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0487	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.3235	1009

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.705132601497 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.09-3.21	0.3504	140	0.2862	2359	X-RAY DIFFRACTION	94.41
3.21-3.36	0.323	143	0.2302	2512	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.36-3.53	0.2778	132	0.213	2490	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.53-3.76	0.2942	129	0.2055	2522	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.76-4.04	0.2037	124	0.1434	2526	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.04-4.45	0.1782	144	0.1274	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.45-5.09	0.1666	143	0.1189	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.89
5.1-6.41	0.2254	136	0.1758	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.85
6.42-43.25	0.229	126	0.1736	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.23577084671	0.0829782597469	0.819100997187	0.899626841845	-0.222347380655	2.59763145503	-0.0707186051809	-0.0818818286631	0.195022520711	-0.0302205446348	-0.076430424535	0.0379207715274	-0.222787463509	0.189008335575	0.136501358915	0.739554135969	-0.0780828920819	-0.0100070164966	0.738405427626	-0.0549746892403	0.823447278655	47.01190132	-2.81719493924	2.62838698313
2	2.32464229614	1.01473568335	0.852700789343	1.1581395228	0.496544926537	2.35500114014	-0.0752876588965	-0.0250388717958	0.299006272977	-0.0347572997424	-0.153663631918	0.312904732771	-0.10973419136	-0.0814087381728	0.255035349835	0.542963253633	0.0171935935225	-0.0394490262253	0.514369557649	-0.0823821314891	0.755234759672	31.8129329421	-6.20482375482	-10.0784624389
3	3.28772772616	0.73420435164	0.984236177299	1.9850617969	0.697530110002	2.57437244462	0.228837363119	0.013115436924	-0.213200480161	0.081595696445	-0.177671287727	-0.115774883183	0.212629069816	0.123177060466	-0.065494289415	0.55933116747	0.00111497367295	-0.0456503860629	0.454826315235	-0.0494851406662	0.600532824009	40.4027742399	-20.6249588745	-9.86355118929
4	2.21331514586	0.640016784859	0.448762171763	1.04761000513	-0.136323315541	2.35433426297	0.144214054455	-0.640775781736	-0.373666748597	0.184345802066	-0.239634927326	-0.314645361024	0.0803193333467	0.305348380277	0.0419126568036	0.697373145251	-0.0853970296511	-0.038185712071	0.911159197312	0.209834778986	0.739370311726	72.2811660929	-0.0522246753826	-10.748627006
5	1.85209458023	-0.0718335749669	-0.0732959509251	1.56259332014	-0.653411050461	2.78076539304	0.0457848392811	-0.118466661578	-0.00425405035745	-0.246272522653	-0.124108837937	-0.0886104752816	0.250892371379	0.110406123702	0.0605108452794	0.58534375601	0.000695884772552	-0.00749338265147	0.45807183017	0.0952695096294	0.569232855171	70.1584852041	4.77191712545	-30.2877736645
6	2.56263316899	0.0266620123318	-0.330988958457	2.89515320584	-1.00926376301	3.14874530244	0.0397515439211	-0.289654423654	0.259897734011	0.17494330616	-0.134706600353	0.00230359480987	-0.373934084266	-0.0124634598636	0.0983942271478	0.571209064321	-0.0212327886413	-0.0325136809274	0.538457246906	0.00869681350215	0.591037358937	65.9246130509	18.9268559403	-22.155207758

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 37 through 203 )	A	A	37 - 203	1 - 128
2	2	chain 'A' and (resid 204 through 482 )	A	A	204 - 482	129 - 295
3	3	chain 'A' and (resid 483 through 668 )	A	A	483 - 668	296 - 477
4	4	chain 'B' and (resid 37 through 203 )	B	F	37 - 203	1 - 128
5	5	chain 'B' and (resid 204 through 482 )	B	F	204 - 482	129 - 297
6	6	chain 'B' and (resid 483 through 668 )	B	F	483 - 668	298 - 479

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