PDB-8pni: Chorismate mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pni

タイトル

Chorismate mutase

要素

Monofunctional chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE / chorismate mutase / Pseudomonas aeruginosa / periplasmic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.21 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Khatanbaatar, T. / Bressan, L. / Wurth-Roderer, K. / Gabriele, C. / Kast, P. / Krengel, U.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pni.cif.gz	198.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pni.ent.gz	124 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pni_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pni_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8pni_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	8pni_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pnjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monofunctional chorismate mutase

B: Monofunctional chorismate mutase

ヘテロ分子

43.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.445, 48.445, 113.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Monofunctional chorismate mutase 分子量: 21398.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aroQ, PA5184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA12 / 参照: UniProt: Q9HU05, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1:3 volume ratio of 8 mg/mL protein in 20 mM Bis-Tris, pH 6.5 storage buffer and 0.2 M ammonium citrate dibasic 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→39.35 Å / Num. obs: 88399 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3688 / CC_1/2: 0.507 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.21→39.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 1.496 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	4283	4.847 %
R_work	0.1429	84084	-
all	0.144	-	-
obs	-	88367	97.353 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.135 Å²	0.067 Å²	0 Å²
2-	-	0.135 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.437 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.21→39.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2442	0	26	200	2668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.632	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.559	1.549	6246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.62	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.036	10	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.381	10	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.322	10	154
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	552
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	705
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.066	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.064	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.818	1.984	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.811	273.814	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.406	2.935	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.404	3.155	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.383	2.654	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.39	2.652	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.408	3.782	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.406	3.783	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.465		3409
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.475		3371
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	22.211	3	2895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.21-1.241	0.256	288	0.263	5163	X-RAY DIFFRACTION	81.0196
1.241-1.275	0.26	294	0.244	5943	X-RAY DIFFRACTION	95.4399
1.275-1.312	0.231	284	0.21	5931	X-RAY DIFFRACTION	97.6894
1.312-1.353	0.221	338	0.184	5701	X-RAY DIFFRACTION	97.9086
1.353-1.397	0.218	284	0.171	5604	X-RAY DIFFRACTION	98.1497
1.397-1.446	0.21	252	0.155	5416	X-RAY DIFFRACTION	98.3515
1.446-1.5	0.179	246	0.128	5280	X-RAY DIFFRACTION	98.4851
1.5-1.562	0.166	216	0.11	5115	X-RAY DIFFRACTION	98.7405
1.562-1.631	0.151	262	0.105	4815	X-RAY DIFFRACTION	99.0248
1.631-1.71	0.152	240	0.107	4672	X-RAY DIFFRACTION	99.0722
1.71-1.803	0.139	218	0.104	4411	X-RAY DIFFRACTION	99.2921
1.803-1.912	0.164	210	0.118	4199	X-RAY DIFFRACTION	99.481
1.912-2.044	0.174	200	0.131	3977	X-RAY DIFFRACTION	99.6184
2.044-2.207	0.163	191	0.136	3687	X-RAY DIFFRACTION	99.7172
2.207-2.417	0.172	160	0.125	3413	X-RAY DIFFRACTION	99.8603
2.417-2.701	0.169	186	0.129	3030	X-RAY DIFFRACTION	99.9379
2.701-3.116	0.154	132	0.141	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.9295
3.116-3.81	0.158	132	0.142	2277	X-RAY DIFFRACTION	99.9585
3.81-5.363	0.15	98	0.149	1770	X-RAY DIFFRACTION	100
5.363-39.35	0.206	52	0.225	978	X-RAY DIFFRACTION	99.7096

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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