PDB-8pnj: Chorismate mutase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pnj

タイトル

Chorismate mutase

要素

chorismate mutase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase / bifunctional enzyme / shikimate pathway enzymes / metabolic enzymes / aromatic amino acid synthesis / protein crystal structure

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequoribacter fuscus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.355 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pnj.cif.gz	102.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pnj.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pnj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pniC 8cq4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: chorismate mutase

ヘテロ分子

48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.608, 105.344, 55.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.484, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	chorismate mutase 分子量: 47854.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequoribacter fuscus (バクテリア) 遺伝子: EYZ66_08225 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: UniProt: A0A7Z2NRM1

-
非ポリマー , 5種, 48分子

#2: 化合物	ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸分子量: 228.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1:1 volume ratio of 5 mg/ml protein in 20 mM TRIS-HCl, pH=8, 150 uM NaCl buffer and 0.1M BTP, pH=8.5 0.2M KSCN 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.336 Å / Num. obs: 20939 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 34.2 Å² / CC_1/2: 0.959 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1801 / CC_1/2: 0.475 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.355→46.336 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / WR_factor R_free: 0.284 / WR_factor R_work: 0.215 / SU B: 9.888 / SU ML: 0.228 / Average fsc free: 0.9393 / Average fsc work: 0.9666 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2842	979	4.68 %
R_work	0.2148	19940	-
all	0.218	-	-
obs	-	20919	97.234 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.122 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.155 Å²	-0 Å²	-0.058 Å²
2-	-	2.847 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.355→46.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3087	0	44	41	3172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	3422
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.644	4675
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.511	1.556	7286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.206	5	436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	17.852	9.828	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.804	10	592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.974	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	668
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.416	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.273	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.267	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.975	3.902	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.97	3.902	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.416	5.841	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.416	5.844	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.003	4.114	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.003	4.113	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.466	6.095	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.465	6.094	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.884	54.052	3770
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.883	54.045	3770

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.355-2.416	0.344	65	0.346	1256	0.346	1597	0.922	0.919	82.7176	0.346
2.416-2.482	0.354	80	0.31	1379	0.312	1502	0.91	0.939	97.1372	0.31
2.482-2.554	0.364	89	0.288	1408	0.293	1534	0.91	0.951	97.588	0.288
2.554-2.632	0.353	58	0.273	1383	0.277	1455	0.927	0.96	99.0378	0.273
2.632-2.718	0.289	65	0.205	1310	0.209	1396	0.946	0.974	98.4957	0.205
2.718-2.813	0.256	50	0.183	1313	0.186	1371	0.961	0.98	99.4165	0.183
2.813-2.919	0.282	63	0.174	1247	0.179	1326	0.951	0.982	98.7934	0.174
2.919-3.038	0.264	58	0.183	1203	0.187	1268	0.958	0.98	99.4479	0.183
3.038-3.172	0.267	62	0.187	1146	0.191	1208	0.955	0.98	100	0.187
3.172-3.326	0.271	43	0.202	1113	0.205	1165	0.958	0.977	99.2275	0.202
3.326-3.505	0.318	65	0.241	1044	0.246	1123	0.92	0.967	98.7533	0.241
3.505-3.716	0.301	50	0.215	985	0.219	1046	0.942	0.974	98.9484	0.215
3.716-3.971	0.302	36	0.226	938	0.23	990	0.933	0.966	98.3838	0.226
3.971-4.287	0.3	37	0.194	869	0.198	921	0.923	0.974	98.3713	0.194
4.287-4.692	0.253	38	0.166	779	0.17	839	0.962	0.981	97.3778	0.166
4.692-5.239	0.245	35	0.195	711	0.198	778	0.958	0.977	95.8869	0.195
5.239-6.036	0.259	26	0.244	643	0.244	684	0.948	0.966	97.807	0.244
6.036-7.362	0.3	30	0.221	536	0.226	579	0.957	0.973	97.7547	0.221
7.362-10.282	0.213	14	0.178	427	0.179	458	0.987	0.977	96.2882	0.178
10.282-46.336	0.159	15	0.258	250	0.252	272	0.986	0.959	97.4265	0.258

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