PDB-8pnd: The ES3 intermediate of hydroxymethylbilane synthase R167Q variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pnd

タイトル

The ES3 intermediate of hydroxymethylbilane synthase R167Q variant

要素

Porphobilinogen deaminase

キーワード

TRANSFERASE / hydroxymethylbilane synthase / HMBS / porphobilinogen deaminase / PBGD / hydroxymethylbilane / porphobilinogen / haem biosynthesis / porphyria / acute intermittent porphyria

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Saeter, M.C. / Bustad, H.J. / Laitaoja, M. / Janis, J. / Martinez, A. / Aarsand, A.K. / Kallio, J.P.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: One ring closer to a closure: the crystal structure of the ES 3 hydroxymethylbilane synthase intermediate.
著者: Bustad, H.J. / Christie, M.S. / Laitaoja, M. / Aarsand, A.K. / Martinez, A. / Janis, J. / Kallio, J.P.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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検証レポート

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文書・詳細版	8pnd_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8pnd_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	8pnd_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7aaj 7aak
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Porphobilinogen deaminase

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

82.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry, gel filtration
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.600, 81.136, 192.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase 分子量: 39996.641 Da / 分子数: 2 / 変異: R167Q (on reference seq P08397) / 由来タイプ: 組換発現詳細: MGSSHHHHHHSSG = His-tag and linker GENLYFQG = TEV cleavage site MGSSHHHHHHSSGGENLYFQG can be annotated EXPRESSION TAG Numbering on structure starts from Met18 that is corresponding to ...詳細: MGSSHHHHHHSSG = His-tag and linker GENLYFQG = TEV cleavage site MGSSHHHHHHSSGGENLYFQG can be annotated EXPRESSION TAG Numbering on structure starts from Met18 that is corresponding to reference sequence P08397 R167Q mutation on the sequence P08397 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物	ChemComp-ZWW / 3-[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 1048.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₅₇N₅O₂₀ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, Ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03323 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.56 Å / Num. obs: 66997 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.91 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.04154 / R_pim(I) all: 0.01623 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / R_merge(I) obs: 1.492 / Num. unique obs: 6596 / CC_1/2: 0.627 / R_pim(I) all: 0.5688 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→43.56 Å / SU ML: 0.2362 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.9216
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2166	3421	5.11 %
R_work	0.1855	63564	-
obs	0.1872	66985	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5061	0	182	269	5512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	5359
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8165	7258
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	816
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.846	2086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.409	137	0.3626	2610	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-1.96	0.3303	139	0.3191	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.96-1.99	0.2767	142	0.2898	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.99-2.02	0.2716	137	0.2621	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.05	0.2813	145	0.2574	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2824	134	0.2534	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.09-2.13	0.2546	131	0.2464	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.17	0.27	134	0.2514	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.18-2.22	0.3023	146	0.2362	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.22-2.27	0.2488	124	0.2192	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.27-2.33	0.2575	130	0.2061	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.33-2.39	0.2386	142	0.2002	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.46	0.2673	128	0.2053	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.46-2.54	0.2715	111	0.2127	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.63	0.2551	130	0.2113	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.63-2.74	0.2643	158	0.2144	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.74-2.86	0.284	161	0.2265	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.86-3.02	0.2604	159	0.1968	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.2	0.2202	160	0.1923	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.2-3.45	0.2	170	0.1925	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.36
3.45-3.8	0.2035	143	0.1702	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.35	0.1874	135	0.1456	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.35-5.48	0.1748	148	0.1439	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.48-43.56	0.1896	177	0.1745	2841	X-RAY DIFFRACTION	99.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.74019663482	-0.0368605105508	-1.03908629205	3.56223405531	-1.16812843817	3.69323271189	-0.332226028469	0.197751428167	-0.242346361633	-0.180539014931	0.226939075761	-0.0372163633775	0.476682534309	0.320241351206	0.00489207412399	0.41253884969	0.0833063327024	-0.0283871244677	0.247140748668	-0.0894196568861	0.464674142382	16.4483386941	17.9255075229	239.199821433
2	8.24227159587	1.64031655927	-2.0552607524	3.22811236127	-1.2948420379	6.75647232384	0.259350763899	0.336555647938	0.44374215106	-0.2833690179	-0.190715206267	-0.304091078615	-0.0431153705515	1.00064922695	0.0781099667257	0.383085420181	0.103722249794	0.0267066898102	0.479423210055	-0.0727850012081	0.458364364309	18.5771952131	24.6340062769	231.942338215
3	1.38430469986	1.08055484128	0.387053179395	1.25614045524	1.23242910321	3.49817353875	-0.0147750781043	-0.122700012416	-0.0959811301272	0.0997646087186	0.120320695713	-0.00118584502542	0.207821763663	0.830162107014	-0.159632962223	0.336657682649	0.0860766297619	0.0106820954482	0.498865152842	-0.0485437444199	0.394172595446	21.5267123926	36.4953941427	249.207205678
4	2.00243102716	1.37724843051	0.257237520086	6.16347682606	1.07681790395	1.91136904491	-0.0582343103596	0.0699401185025	0.109566729611	0.0840274662321	0.106706980496	0.499878565267	-0.132839668344	0.0662924162628	-0.0374584538073	0.285902880588	0.0231780686957	0.0284744730187	0.217166921169	0.0310172363351	0.382436768707	4.09792162022	40.732325094	241.223467619
5	4.0241968142	-0.686465589979	-0.0300792567556	2.59305856975	-1.46962183958	1.11608171978	-0.0784171158949	0.0877841631709	0.765352831712	-0.459388934784	0.335230472276	0.000915212508467	-2.09218848923	0.351692636272	-0.172962451071	1.20044607891	0.0442664984352	0.0682461685064	0.510075550338	0.109232210811	0.565142461189	37.3762325743	22.4037840228	179.649433615
6	1.08586223357	-0.677076466157	1.71589597981	2.08473008503	-0.235135811828	8.26078776166	0.180642872489	0.161741866515	0.195741288831	-0.292742249278	-0.00908205292851	-0.207461982573	-0.869087332374	-0.0490330587647	-0.0728213794622	0.473081668075	0.0892149189054	0.110408879138	0.472072853269	0.151360174471	0.484077861066	38.5248720023	16.8113356087	202.293270517
7	0.887163302304	-0.0233739828953	1.18699967975	1.63052516835	1.00358727455	7.81436347021	0.171613606554	-0.225274006537	0.118560538013	-0.0626403830856	-0.113404702448	0.335418837187	-0.751215599494	-1.85157638548	-0.0797511654197	0.595356041917	0.372714349372	0.0693703141738	1.10650876106	0.224164015873	0.594408743925	21.9444902672	17.3933908587	196.418598231
8	2.53912690247	-0.212441532547	-0.889529600048	4.13574389481	-0.641292796748	1.80711747995	-0.116708762091	0.184680506635	-0.0467147188082	-0.639569177304	-0.0199600811503	0.738291324828	-0.605041855793	-2.34061997807	-0.030705325748	0.689808296125	0.644888649704	-0.0279850098476	1.71366201032	0.255767104676	0.7475426501	15.8920079933	19.944558978	192.525093507

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 45 )	A	A	18 - 45	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 86 )	A	A	46 - 86	29 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 87 through 228 )	A	A	87 - 228	59 - 200
4	4	chain 'A' and (resid 229 through 357 )	A	A	229 - 357	201 - 329
5	5	chain 'B' and (resid 18 through 99 )	B	F	18 - 99	1 - 68
6	6	chain 'B' and (resid 100 through 228 )	B	F	100 - 228	69 - 197
7	7	chain 'B' and (resid 229 through 295 )	B	F	229 - 295	198 - 264
8	8	chain 'B' and (resid 296 through 357 )	B	F	296 - 357	265 - 326

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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