PDB-8pnc: Transcription factor BARHL2 bound to TAAGT DNA sequence

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pnc

タイトル

Transcription factor BARHL2 bound to TAAGT DNA sequence

要素

(DNA) x 2
BarH-like 2 homeobox protein

キーワード

TRANSCRIPTION / homeobox transcription factor / BARHL2 / DNA-binding domain / protein-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transcription factor BARHL2 bound to different DNA sequences
著者: Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pnc.cif.gz	230 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pnc.ent.gz	179.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8pnc_validation.pdf.gz	486.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pnc_full_validation.pdf.gz	497.7 KB	表示
XML形式データ	8pnc_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	8pnc_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/8pnc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8pm5 8pm7 8pmc 8pmf 8pmn 8pmv 8pn4 8pna
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

B: DNA

A: BarH-like 2 homeobox protein

D: DNA

C: DNA

E: BarH-like 2 homeobox protein

F: DNA

G: DNA

H: BarH-like 2 homeobox protein

I: DNA

J: DNA

K: BarH-like 2 homeobox protein

L: DNA

59.5 kDa, 12 ポリマー
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1

B: DNA

A: BarH-like 2 homeobox protein

D: DNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: DNA

E: BarH-like 2 homeobox protein

F: DNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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3

G: DNA

H: BarH-like 2 homeobox protein

I: DNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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4

J: DNA

K: BarH-like 2 homeobox protein

L: DNA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.519, 123.711, 62.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	DC	DC	DT	DT	B	A	1 - 12	1 - 12
2	1	DC	DC	DT	DT	C	D	1 - 12	1 - 12
1	2	DC	DC	DT	DT	B	A	1 - 12	1 - 12
2	2	DC	DC	DT	DT	G	G	1 - 12	1 - 12
1	3	DC	DC	DT	DT	B	A	1 - 12	1 - 12
2	3	DC	DC	DT	DT	J	J	1 - 12	1 - 12
1	4	PRO	PRO	ALA	ALA	A	B	232 - 292	2 - 62
2	4	PRO	PRO	ALA	ALA	E	E	232 - 292	2 - 62
1	5	PRO	PRO	ARG	ARG	A	B	232 - 289	2 - 59
2	5	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	232 - 289	2 - 59
1	6	PRO	PRO	GLN	GLN	A	B	232 - 290	2 - 60
2	6	PRO	PRO	GLN	GLN	K	K	232 - 290	2 - 60
1	7	DA	DA	DG	DG	D	C	1 - 12	1 - 12
2	7	DA	DA	DG	DG	F	F	1 - 12	1 - 12
1	8	DA	DA	DG	DG	D	C	1 - 12	1 - 12
2	8	DA	DA	DG	DG	I	I	1 - 12	1 - 12
1	9	DA	DA	DG	DG	D	C	1 - 12	1 - 12
2	9	DA	DA	DG	DG	L	L	1 - 12	1 - 12
1	10	DC	DC	DT	DT	C	D	1 - 12	1 - 12
2	10	DC	DC	DT	DT	G	G	1 - 12	1 - 12
1	11	DC	DC	DT	DT	C	D	1 - 12	1 - 12
2	11	DC	DC	DT	DT	J	J	1 - 12	1 - 12
1	12	PRO	PRO	ARG	ARG	E	E	232 - 289	2 - 59
2	12	PRO	PRO	ARG	ARG	H	H	232 - 289	2 - 59
1	13	PRO	PRO	GLN	GLN	E	E	232 - 290	2 - 60
2	13	PRO	PRO	GLN	GLN	K	K	232 - 290	2 - 60
1	14	DA	DA	DG	DG	F	F	1 - 12	1 - 12
2	14	DA	DA	DG	DG	I	I	1 - 12	1 - 12
1	15	DA	DA	DG	DG	F	F	1 - 12	1 - 12
2	15	DA	DA	DG	DG	L	L	1 - 12	1 - 12
1	16	DC	DC	DT	DT	G	G	1 - 12	1 - 12
2	16	DC	DC	DT	DT	J	J	1 - 12	1 - 12
1	17	LYS	LYS	ARG	ARG	H	H	231 - 289	1 - 59
2	17	LYS	LYS	ARG	ARG	K	K	231 - 289	1 - 59
1	18	DA	DA	DG	DG	I	I	1 - 12	1 - 12
2	18	DA	DA	DG	DG	L	L	1 - 12	1 - 12

NCSアンサンブル:

#1: DNA鎖	DNA 分子量: 3693.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	BarH-like 2 homeobox protein 分子量: 7539.536 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pET20A-SBP / 詳細 (発現宿主): vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43
#3: DNA鎖	DNA 分子量: 3631.394 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate, sodium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→43.87 Å / Num. obs: 37375 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.083 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 194035 / Scaling rejects: 215

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.05-2.11	4.8	2.305	13664	2846	0.188	1.176	2.599	0.8	97.1
8.93-43.87	5.1	0.049	2389	469	0.994	0.023	0.055	28.1	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→39.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 15.007 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2672	1912	5.1 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.2337	35433	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.37 Å² / B_iso mean: 41.355 Å² / B_iso min: 20.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.07 Å²	0 Å²	-0.35 Å²
2-	-	1.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2085	1944	0	351	4380
B_iso mean	-	-	-	43.43	-
残基数	-	-	-	-	339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	4471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.397	1.707	6272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.183	1.584	7351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.041	5.636	741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.717	20.244	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.121	15	427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.324	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.204	0.239	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	961

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	1085	0.06
1	2	C	1085	0.06
2	1	B	1081	0.06
2	2	G	1081	0.06
3	1	B	1085	0.05
3	2	J	1085	0.05
4	1	A	2033	0.1
4	2	E	2033	0.1
5	1	A	1961	0.09
5	2	H	1961	0.09
6	1	A	2002	0.1
6	2	K	2002	0.1
7	1	D	1021	0.08
7	2	F	1021	0.08
8	1	D	1014	0.08
8	2	I	1014	0.08
9	1	D	1022	0.08
9	2	L	1022	0.08
10	1	C	1100	0.03
10	2	G	1100	0.03
11	1	C	1090	0.06
11	2	J	1090	0.06
12	1	E	1925	0.11
12	2	H	1925	0.11
13	1	E	1946	0.12
13	2	K	1946	0.12
14	1	F	1028	0.04
14	2	I	1028	0.04
15	1	F	1036	0.05
15	2	L	1036	0.05
16	1	G	1089	0.06
16	2	J	1089	0.06
17	1	H	1966	0.09
17	2	K	1966	0.09
18	1	I	1027	0.06
18	2	L	1027	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.102 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	145	-
R_work	0.366	2555	-
obs	-	-	96.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8123	-0.1783	0.3803	2.5981	0.9837	4.371	-0.0038	-0.068	0.0435	0.0786	-0.0361	-0.0703	0.3088	0.1531	0.0399	0.2343	0.0059	-0.0279	0.0221	0.0102	0.4065	6.197	-7.084	12.117
2	3.0758	-0.1848	0.2669	3.4613	0.0726	3.8352	0.1449	-0.3058	0.0338	0.3552	-0.0195	-0.0139	-0.052	0.1232	-0.1254	0.2196	-0.0696	0.0009	0.0581	0.0032	0.4591	9.334	4.806	16.799
3	4.8133	0.1784	0.8787	2.8533	0.7776	2.7809	-0.3723	0.8606	0.5228	-0.3237	0.2936	0.1448	-0.2718	-0.0317	0.0787	0.1032	-0.0795	0.0281	0.2076	0.0962	0.426	6.156	25.301	-17.319
4	4.2139	1.2114	0.457	4.1008	-0.1117	4.5745	0.015	0.0995	-0.026	0.1544	-0.0163	0.0404	0.1864	-0.0554	0.0013	0.0178	-0.0058	0.0383	0.0045	-0.0156	0.3859	5.295	15.999	-8.027
5	6.0717	1.1742	-2.4227	2.6506	0.5121	3.6473	-0.2999	-0.4924	-0.0133	0.2215	0.2136	0.0571	0.0451	-0.1486	0.0863	0.0796	0.0831	0.0149	0.1903	-0.0042	0.3704	25.504	27.711	10.698
6	4.4056	-0.6473	-0.3982	4.7484	-0.4126	4.4739	-0.0386	-0.019	0.1747	-0.1287	0.0707	0.1436	-0.208	-0.1585	-0.0321	0.0476	-0.0152	0.0434	0.0212	-0.0443	0.3826	24.697	37.005	1.816
7	3.9085	0.6235	-1.0372	3.5957	-1.0307	5.6091	0.0765	-0.0466	0.1201	0.0091	0.1585	0.2529	0.2349	-0.4206	-0.235	0.1356	-0.0586	-0.0497	0.1109	0.001	0.4819	-11.906	-4.048	-19.622
8	5.2056	0.56	0.3917	4.815	-0.7121	2.7363	0.0788	-0.0477	-0.4482	0.0314	-0.1062	-0.2871	0.2232	-0.0812	0.0274	0.1359	-0.0308	-0.0108	0.0118	0.0342	0.3911	-0.796	-7.806	-14.807

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	232 - 292
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 12
5	X-RAY DIFFRACTION	3	F	1 - 12
6	X-RAY DIFFRACTION	4	E	232 - 292
7	X-RAY DIFFRACTION	5	G	1 - 12
8	X-RAY DIFFRACTION	5	I	1 - 12
9	X-RAY DIFFRACTION	6	H	231 - 290
10	X-RAY DIFFRACTION	7	J	1 - 12
11	X-RAY DIFFRACTION	7	L	1 - 12
12	X-RAY DIFFRACTION	8	K	231 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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