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- PDB-8pmw: HEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pmw
タイトルHEV gt3 P domain in complex with glycan-sensitive nAb p60.1
要素
  • Capsid protein
  • scFv_p60.1
キーワードVIRAL PROTEIN / HEV / P domain / non-glycosylated / glycan-sensitive / neutralizing antibody (nAb)
機能・相同性: / : / Structural protein 2 second domain / Structural protein 2 C-terminal domain / viral capsid / host cell cytoplasm / ACETATE ION / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Ssebyatika, G. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Volkswagen Foundation9A888 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A novel class of broadly neutralizing hepatitis E virus-specific human antibodies
著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / ...著者: Ssebyatika, G. / Dinkelborg, K. / Stroeh, L.J. / Hinte, F. / Corneillie, L. / Hueffner, L. / Guzman, E.M. / Nankya, P.L. / Plueckebaum, N. / Prallet, S. / Mehnert, A.K. / Verhoye, L. / Juergens, C. / Steinmann, E. / Wedemeyer, H. / Viejo-Borbolla, A. / Dao Thi, L.V. / Pietschmann, T. / Luetgehetmann, M. / Meuleman, P. / Dandri, M. / Krey, T. / Behrendt, P.
履歴
登録2023年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv_p60.1
B: scFv_p60.1
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: scFv_p60.1
H: scFv_p60.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,59514
ポリマ－198,1678
非ポリマー4286
水5,549308
1
A: scFv_p60.1
B: scFv_p60.1
C: Capsid protein
E: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2987
ポリマ－99,0834
非ポリマー2143
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Capsid protein
F: Capsid protein
G: scFv_p60.1
H: scFv_p60.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2987
ポリマ－99,0834
非ポリマー2143
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.81, 159.26, 205.67
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体
scFv_p60.1


分子量: 26673.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: タンパク質
Capsid protein


分子量: 22868.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
プラスミド: pMT / 細胞株 (発現宿主): Schneider's S2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A6C0PR31
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2M (NH4)2SO4 and 0.1M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→48.44 Å / Num. obs: 86313 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 13.23 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 1.98→2.051 Å / Num. unique obs: 8192 / CC1/2: 0.778

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→48.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 4316 -RANDOM
Rwork0.2063 ---
obs0.2073 86311 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6854 Å20 Å20 Å2
2---6.2891 Å20 Å2
3---1.6038 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8164 0 26 308 8498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088394HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9611483HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2681SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1402HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8394HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1151SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6910SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.16
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3635 86 -
Rwork0.3567 --
obs0.357 1727 79.92 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4839-2.19632.3513.5198-5.802912.1358-0.08870.1374-0.92710.1374-0.30390.3364-0.92710.33640.39260.0599-0.1060.0342-0.04470.0358-0.05642.8495-29.1927-41.1297
20.8477-0.25431.4660.6031-1.34614.63860.0962-0.0068-0.0552-0.0068-0.18360.2375-0.05520.23750.0874-0.00260.03050.0476-0.01020.02-0.06050.5026-36.9599-42.7195
30.7078-0.5039-0.19690.74850.02253.1549-0.0557-0.0676-0.1453-0.06760.0612-0.1358-0.1453-0.1358-0.0055-0.00690.01690.0359-0.04770.0163-0.0382-8.3141-37.2016-39.8393
41.0958-0.17321.56970.4524-1.29114.56720.06560.0502-0.34140.05020.0226-0.1277-0.3414-0.1277-0.08820.01550.04110.0376-0.03420.0176-0.0651-6.5095-32.9505-40.6405
51.0208-0.2735-1.0540-0.65171.94420.16610.3541-1.02930.3541-0.06460.0267-1.02930.0267-0.10150.1013-0.00210.041-0.0992-0.0053-0.0623-3.3695-27.0928-41.1634
64.14131.2221-3.79924.2326-5.40630.39580.15660.0981-0.83040.0981-0.5126-0.4419-0.8304-0.44190.3560.11920.1743-0.0548-0.09870.0068-0.1281-17.1931-24.0776-22.7181
70.46340.47590.07842.8828-0.40131.9011-0.1495-0.1023-0.426-0.1023-0.14-0.0224-0.426-0.02240.28950.07570.0479-0.0406-0.0453-0.0061-0.0958-10.5707-27.5516-20.1195
80.1624-1.23910.2332.5245-2.57615.5482-0.1960.3755-0.40110.3755-0.05150.2464-0.40110.24640.24740.0011-0.0007-0.0319-0.0538-0.01-0.0398-3.8282-34.3046-17.8431
92.86392.3061-1.11532.5006-0.82962.21760.07090.3748-0.83710.3748-0.33850.082-0.83710.0820.26760.1407-0.0526-0.1051-0.10240.006-0.0782-6.9512-24.1929-15.8206
100.2517-1.50010.56261.22711.00761.7157-0.1588-0.1069-0.3298-0.10690.01430.0169-0.32980.01690.14450.05650.01420.0013-0.05730.0207-0.0545-10.8687-29.1435-26.587
110.8861-0.15360.34062.7401-1.50161.269-0.0581-0.2260.2637-0.2260.0979-0.11690.2637-0.1169-0.0398-0.0164-0.0312-0.01630.0174-0.011-0.0607-18.1759-71.5276-33.669
122.14-0.06331.00313.96560.3347.8675-0.0291-0.2250.2773-0.225-0.0423-0.56010.2773-0.56010.0714-0.0757-0.0912-0.0363-0.076-0.01270.0049-24.3556-78.6451-31.8857
131.5513-2.64372.89877.4474-4.28214.0228-0.23670.3564-0.15320.35640.5165-0.2597-0.1532-0.2597-0.2797-0.1349-0.01570.0140.03740.00460.0811-31.4541-69.6995-26.2513
141.5140.8818-0.0681.1068-0.09770-0.0749-0.08930.0027-0.08930.1256-0.11070.0027-0.1107-0.0507-0.0429-0.0196-0.03560.02550.0281-0.0102-19.485-62.27-31.7184
152.15530.9886-0.86921.1242-0.84121.5738-0.0289-0.06330.1281-0.06330.1087-0.04140.1281-0.0414-0.0798-0.0432-0.0119-0.0299-0.0135-0.0115-0.0494-19.1484-63.96-32.9017
161.23791.5773-0.46282.8112-1.69170.3116-0.03990.04650.19820.04650.09280.05640.19820.0564-0.05290.04890.0004-0.0348-0.0158-0.0204-0.0333-7.6263-68.565815.8821
170.30130.42760.11561.7003-0.5560.7812-0.0075-0.06260.1344-0.06260.10660.08680.13440.0868-0.0991-0.02140.0219-0.0228-0.0176-0.0243-0.026-0.8652-54.72467.7737
180.72851.0286-0.58041.6982-1.04421.9036-0.0073-0.09430.0556-0.09430.1462-0.20340.0556-0.2034-0.1389-0.0331-0.0005-0.0569-0.0239-0.0193-0.0287-12.7467-59.60235.9847
190.5825-0.03150.17271.21220.19490.08680.01370.10730.07120.10730.0254-0.01140.0712-0.0114-0.03910.00760.0076-0.02-0.0219-0.0031-0.0475-0.6264-52.24812.792
203.22112.5768-5.820801.62594.0301-0.17490.15220.00060.15220.0129-0.27620.0006-0.27620.16190.06770.013-0.0095-0.08590.0068-0.0572-11.6904-57.336418.5466
210.66440.0851-0.33532.25350.5870.7291-0.04770.17870.11590.17870.02440.04920.11590.04920.0233-0.01950.0281-0.006-0.0176-0.0036-0.03750.6562-66.2109-19.7926
227.9493-1.3510.07181.68622.42061.2681-0.0820.266-0.30330.2660.12830.018-0.30330.018-0.0463-0.05160.0776-0.0085-0.04280.0159-0.00449.4675-70.2614-17.6764
230.90280.1659-0.126811.28134.63911.9509-0.047-0.356-0.0868-0.3560.10490.2108-0.08680.2108-0.0579-0.08670.02060.02150.02040.0202-0.011511.4786-59.9611-26.3081
241.24620.0375-0.25751.0629-0.26010.59180.0195-0.01340.0561-0.01340.005-0.01210.0561-0.0121-0.0245-0.0265-0.0009-0.0016-0.02820.0007-0.0301-2.256-58.6011-22.8693
250.268-0.1295-0.40971.42620.68742.2060.01630.12170.09740.1217-0.0166-0.04560.0974-0.04560.0003-0.0197-0.0004-0.003-0.01930.0029-0.0398-5.1856-58.6094-20.3353
260-1.3334-0.024.14691.39380.41570.13630.35080.08780.3508-0.087-0.10560.0878-0.1056-0.04930.0972-0.0089-0.0444-0.01650.004-0.0533-0.7517-68.1932.9299
270.6838-0.37540.25651.2955-0.13991.48540.00570.3056-0.07340.3056-0.0562-0.0345-0.0734-0.03450.05060.0752-0.0203-0.0229-0.0282-0.0236-0.1559-0.9113-52.715437.5208
2800.61770.66473.48320.64222.75010.02450.52860.12110.5286-0.08870.26050.12110.26050.06420.0899-0.0529-0.1249-0.05240.0418-0.11379.4194-62.603940.1305
290.8255-0.4590.22910.3999-1.1061.60660.0280.2568-0.1690.2568-0.04660.0042-0.1690.00420.01860.1037-0.0309-0.0379-0.0761-0.0214-0.08771.2008-52.596632.3605
300.5986-0.24770.54160.5714-0.45230.5982-0.01160.2293-0.15640.2293-0.0187-0.018-0.1564-0.0180.03030.0851-0.0063-0.0322-0.0287-0.0178-0.08242.9234-50.904432.2124
319.51422.18451.13877.60910.67095.4591-0.2088-0.0945-0.8123-0.09450.29140.5267-0.81230.5267-0.0825-0.0723-0.1170.03970.0214-0.08980.022812.8598-18.645811.9925
322.4948-0.72950.23462.3396-0.29391.61790.1256-0.1996-0.1653-0.19960.04490.0332-0.16530.0332-0.1705-0.038-0.00620.0479-0.0111-0.00770.01159.1696-23.5386.8608
333.8779-2.8937-0.34484.49621.32520.83720.1819-0.5156-0.0596-0.51560.0086-0.035-0.0596-0.035-0.1906-0.0594-0.01180.02770.0172-0.0019-0.03635.4501-31.37454.7098
341.078-0.3679-0.54130.7894-0.31671.41680.12250.0028-0.04660.0028-0.0125-0.1218-0.0466-0.1218-0.1101-0.0681-0.00280.02690.00030.0083-0.00427.2123-25.50464.3101
350.4177-1.3915-2.386701.92947.13940.1881-0.0062-0.4559-0.0062-0.00610.1746-0.45590.1746-0.1819-0.0802-0.01170.0445-0.09670.02030.08556.7511-14.70878.986
361.4943-1.0979-1.05272.53462.55232.328-0.0957-0.0742-0.0149-0.0742-0.0282-0.1337-0.0149-0.13370.1239-0.10270.02450.00080.00430.00410.0132-14.6914-23.809915.5843
378.5579-1.6346-4.1070-1.65011.21770.21580.4474-0.05520.44740.06290.0606-0.05520.0606-0.2786-0.06570.025-0.0050.0187-0.08550.0262-1.1415-17.621619.2061
381.5823-0.4094-0.05091.0870.86023.4532-0.20510.22860.27560.22860.1840.12020.27560.12020.0211-0.05150.07140.0350.02120.0293-0.0348-7.6121-29.516224.3379
391.4124-1.041-0.63741.4871.4661.3563-0.0819-0.02650.0334-0.02650.08390.01790.03340.0179-0.002-0.08730.00690.0009-0.00670.00740.0077-9.2159-23.663617.6645
401.18713.19753.55772.04563.42850.95290.0216-0.3648-0.3052-0.3648-0.11360.2582-0.30520.25820.0921-0.03590.0042-0.0169-0.0174-0.03880.0611-12.5232-12.21919.4933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 13}A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2{A|14 - 33}A14 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3{A|34 - 73}A34 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4{A|74 - 95}A74 - 95
5X-RAY DIFFRACTION5{A|96 - 108}A96 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6{B|1 - 12}B1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION7{B|13 - 44}B13 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8{B|45 - 66}B45 - 66
9X-RAY DIFFRACTION9{B|67 - 96}B67 - 96
10X-RAY DIFFRACTION10{B|97 - 121}B97 - 120
11X-RAY DIFFRACTION11{C|467 - 520}C467 - 520
12X-RAY DIFFRACTION12{C|521 - 536}C521 - 536
13X-RAY DIFFRACTION13{C|537 - 544}C537 - 544
14X-RAY DIFFRACTION14{C|545 - 589}C545 - 589
15X-RAY DIFFRACTION15{C|590 - 622}C590 - 622
16X-RAY DIFFRACTION16{D|467 - 491}D467 - 491
17X-RAY DIFFRACTION17{D|492 - 520}D492 - 520
18X-RAY DIFFRACTION18{D|521 - 549}D521 - 549
19X-RAY DIFFRACTION19{D|550 - 609}D550 - 609
20X-RAY DIFFRACTION20{D|610 - 618}D610 - 618
21X-RAY DIFFRACTION21{E|467 - 520}E467 - 520
22X-RAY DIFFRACTION22{E|521 - 532}E521 - 532
23X-RAY DIFFRACTION23{E|533 - 548}E533 - 548
24X-RAY DIFFRACTION24{E|549 - 594}E549 - 594
25X-RAY DIFFRACTION25{E|595 - 618}E595 - 617
26X-RAY DIFFRACTION26{F|467 - 491}F467 - 491
27X-RAY DIFFRACTION27{F|492 - 524}F492 - 524
28X-RAY DIFFRACTION28{F|525 - 544}F525 - 544
29X-RAY DIFFRACTION29{F|545 - 567}F545 - 567
30X-RAY DIFFRACTION30{F|568 - 622}F568 - 622
31X-RAY DIFFRACTION31{G|1 - 12}G1 - 12
32X-RAY DIFFRACTION32{G|13 - 44}G13 - 44
33X-RAY DIFFRACTION33{G|45 - 59}G45 - 59
34X-RAY DIFFRACTION34{G|60 - 110}G60 - 110
35X-RAY DIFFRACTION35{G|111 - 121}G111 - 119
36X-RAY DIFFRACTION36{H|1 - 35}H1 - 35
37X-RAY DIFFRACTION37{H|36 - 45}H36 - 45
38X-RAY DIFFRACTION38{H|46 - 68}H46 - 68
39X-RAY DIFFRACTION39{H|69 - 98}H69 - 98
40X-RAY DIFFRACTION40{H|99 - 108}H99 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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