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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8plv | ||||||||||||
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タイトル | Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 32. | ||||||||||||
要素 | Thioredoxin glutathione reductase | ||||||||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / Bi-functional / Oxidoreductase / Homodimer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ribeiro, L. / Montoya, B.O. / Moreira-Filho, J.T. / Bowyer, S. / Verma, A. / Neves, B.J. / Owens, R.J. / Andrade, C.H. / Silva-Jr, F.P. / Furnham, N. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024 タイトル: Fragment library screening by X-ray crystallography and binding site analysis on thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni. 著者: de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. / Owens, R.J. / Furnham, N. / Silva-Jr, F.P. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8plv.cif.gz | 312 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8plv.ent.gz | 200.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8plv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8plv_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8plv_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8plv_validation.xml.gz | 48.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8plv_validation.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/8plv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/8plv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pddC 8pl0C 8pl1C 8pl2C 8pl3C 8pl4C 8pl5C 8pl6C 8pl7C 8pl8C 8pl9C 8plaC 8plbC 8plcC 8pldC 8pleC 8plfC 8plgC 8plhC 8pliC 8pljC 8plkC 8pllC 8plmC 8plnC 8ploC 8plpC 8plqC 8plrC 8plsC 8pltC 8pluC 8plwC 8plxC 8plyC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64923.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: TGR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q962Y6, EC: 1.6.4.5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M PIPES pH 7.0 and 22.5 % v/v PEG Smear Medium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.46→34.58 Å / Num. obs: 59309 / % possible obs: 95.21 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 37.79 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.41 |
反射 シェル | 解像度: 2.46→2.548 Å / Num. unique obs: 5753 / CC1/2: 0.242 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→34.58 Å / SU ML: 0.3743 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.7129 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→34.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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