PDB-8pdd: Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni at 1.25A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pdd

タイトル

Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni at 1.25A resolution.

要素

Thioredoxin glutathione reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Bi-functional / Oxidoreductase / Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Ribeiro, L. / Montoya, B.O. / Moreira-Filho, J.T. / Bowyer, S. / Verma, A. / Neves, B.J. / Owens, R.J. / Andrade, C.H. / Silva-Jr, F.P. / Furnham, N.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Fragment library screening by X-ray crystallography and binding site analysis on thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni.
著者: de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. / Owens, R.J. / Furnham, N. / Silva-Jr, F.P.

履歴

登録	2023年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pdd.cif.gz	660.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pdd.ent.gz	448.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/8pdd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pl0C 8pl1C 8pl2C 8pl3C 8pl4C 8pl5C 8pl6C 8pl7C 8pl8C 8pl9C 8plaC 8plbC 8plcC 8pldC 8pleC 8plfC 8plgC 8plhC 8pliC 8pljC 8plkC 8pllC 8plmC 8plnC 8ploC 8plpC 8plqC 8plrC 8plsC 8pltC 8pluC 8plvC 8plwC 8plxC 8plyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin glutathione reductase

B: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.900, 102.400, 131.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Thioredoxin glutathione reductase 分子量: 64923.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: TGR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q962Y6, EC: 1.6.4.5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M tris pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, 15 % w/v polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→61.85 Å / Num. obs: 450219 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.51 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.71
反射シェル	解像度: 1.25→1.295 Å / Num. unique obs: 44965 / CC_1/2: 0.544

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
xia2		データ削減
autoSHARP		位相決定
REFMAC	5.8.0158	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.25→61.85 Å / SU ML: 0.1171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.4029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1627	22369	4.97 %
R_work	0.1429	427850	-
obs	0.1439	450219	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→61.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9006	0	199	1396	10601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	9946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8993	13588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0877	1535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	1725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.9466	1457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.26	0.2819	756	0.2607	14358	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.26-1.28	0.266	785	0.2452	14041	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.28-1.29	0.2562	665	0.2337	14360	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.29-1.31	0.2357	716	0.2189	14273	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.31-1.33	0.2264	708	0.1993	14249	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.33-1.35	0.2138	759	0.1931	14227	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.35-1.37	0.2156	720	0.1849	14205	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.37-1.39	0.1999	694	0.1745	14337	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.39-1.41	0.1849	813	0.1648	14183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.1778	750	0.1541	14171	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.43-1.46	0.1732	718	0.1474	14224	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.46-1.48	0.1714	764	0.1428	14234	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.48-1.51	0.1629	774	0.1384	14280	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.51-1.54	0.1504	741	0.1296	14200	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.57	0.1565	736	0.126	14310	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.57-1.61	0.1456	755	0.1208	14181	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.61-1.65	0.1466	754	0.1172	14243	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.1477	760	0.1191	14235	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.7-1.75	0.1409	741	0.1171	14233	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.8	0.1495	705	0.1249	14345	X-RAY DIFFRACTION	99.99
1.8-1.87	0.1529	788	0.1265	14236	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.152	774	0.1319	14222	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.94-2.03	0.1506	773	0.1277	14262	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.03-2.14	0.1521	760	0.1317	14306	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.27	0.1509	714	0.1356	14274	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.27-2.45	0.1544	788	0.1411	14213	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.69	0.1721	747	0.1508	14351	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.69-3.08	0.1626	752	0.1488	14290	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.08-3.88	0.158	725	0.1386	14370	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.88-61.85	0.1554	734	0.1398	14437	X-RAY DIFFRACTION	99.2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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