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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pli | ||||||||||||
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タイトル | Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 19. | ||||||||||||
![]() | Thioredoxin glutathione reductase | ||||||||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / Bi-functional / Oxidoreductase / Homodimer | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Ribeiro, L. / Montoya, B.O. / Moreira-Filho, J.T. / Bowyer, S. / Verma, A. / Neves, B.J. / Owens, R.J. / Andrade, C.H. / Silva-Jr, F.P. / Furnham, N. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fragment library screening by X-ray crystallography and binding site analysis on thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni. 著者: de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. / Owens, R.J. / Furnham, N. / Silva-Jr, F.P. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 325.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 208.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pddC ![]() 8pl0C ![]() 8pl1C ![]() 8pl2C ![]() 8pl3C ![]() 8pl4C ![]() 8pl5C ![]() 8pl6C ![]() 8pl7C ![]() 8pl8C ![]() 8pl9C ![]() 8plaC ![]() 8plbC ![]() 8plcC ![]() 8pldC ![]() 8pleC ![]() 8plfC ![]() 8plgC ![]() 8plhC ![]() 8pljC ![]() 8plkC ![]() 8pllC ![]() 8plmC ![]() 8plnC ![]() 8ploC ![]() 8plpC ![]() 8plqC ![]() 8plrC ![]() 8plsC ![]() 8pltC ![]() 8pluC ![]() 8plvC ![]() 8plwC ![]() 8plxC ![]() 8plyC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64923.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGR 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q962Y6, EC: 1.6.4.5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-WZY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M PIPES pH 7.0 and 22.5 % v/v PEG Smear Medium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92819 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→41.16 Å / Num. obs: 70758 / % possible obs: 96.99 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 33.36 Å2 / CC1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 10.57 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.413 Å / Num. unique obs: 6959 / CC1/2: 0.244 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→41.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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