PDB-8pld: Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pld

タイトル

Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 14.

要素

Thioredoxin glutathione reductase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Bi-functional / Oxidoreductase / Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Ribeiro, L. / Montoya, B.O. / Moreira-Filho, J.T. / Bowyer, S. / Verma, A. / Neves, B.J. / Owens, R.J. / Andrade, C.H. / Silva-Jr, F.P. / Furnham, N.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Fragment library screening by X-ray crystallography and binding site analysis on thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni.
著者: de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. / Owens, R.J. / Furnham, N. / Silva-Jr, F.P.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pld.cif.gz	314.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pld.ent.gz	201.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pld.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pld_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pld_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8pld_validation.xml.gz	48.2 KB	表示
CIF形式データ	8pld_validation.cif.gz	71.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/8pld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/8pld	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pddC 8pl0C 8pl1C 8pl2C 8pl3C 8pl4C 8pl5C 8pl6C 8pl7C 8pl8C 8pl9C 8plaC 8plbC 8plcC 8pleC 8plfC 8plgC 8plhC 8pliC 8pljC 8plkC 8pllC 8plmC 8plnC 8ploC 8plpC 8plqC 8plrC 8plsC 8pltC 8pluC 8plvC 8plwC 8plxC 8plyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thioredoxin glutathione reductase

B: Thioredoxin glutathione reductase

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.110, 103.200, 133.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Thioredoxin glutathione reductase 分子量: 64923.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: TGR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q962Y6, EC: 1.6.4.5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-T9Q / N-Benzyl-2-methoxyacetamide / 2-methoxy-~{N}-(phenylmethyl)ethanamide / N-ベンジル-2-メトキシアセトアミド分子量: 179.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M PIPES pH 7.0 and 22.5 % v/v PEG Smear Medium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→33.83 Å / Num. obs: 143472 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.19 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.49
反射シェル	解像度: 1.85→1.916 Å / Num. unique obs: 14328 / CC_1/2: 0.512

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
DIMPLE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→33.83 Å / SU ML: 0.2163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 24.0576
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	7022	4.9 %
R_work	0.1968	136352	-
obs	0.1982	143374	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8995	0	158	766	9919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	9336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9148	12657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	1439
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.1403	1303

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.339	222	0.3002	4560	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.87-1.89	0.2961	223	0.2857	4545	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.89-1.92	0.3024	204	0.2616	4574	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.92-1.94	0.2843	245	0.2559	4589	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.94-1.97	0.2683	230	0.2439	4459	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.97-1.99	0.2659	209	0.2311	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.99-2.02	0.2628	215	0.2205	4584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.05	0.232	215	0.224	4538	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.05-2.08	0.2558	227	0.2147	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.08-2.12	0.2386	219	0.2137	4512	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.12-2.15	0.2592	235	0.2089	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.15-2.19	0.2347	227	0.2114	4525	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.19-2.24	0.2525	231	0.2085	4554	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.24-2.28	0.2338	226	0.1993	4522	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.28-2.33	0.2486	237	0.1951	4508	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.33-2.38	0.2191	234	0.1969	4602	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.38-2.44	0.2619	219	0.1957	4514	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.44-2.51	0.2403	253	0.2039	4550	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.51-2.58	0.2342	247	0.2075	4546	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.58-2.67	0.2622	230	0.2095	4527	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.67-2.76	0.2263	240	0.2045	4541	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.76-2.87	0.2369	242	0.2065	4546	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.87-3	0.2478	266	0.2103	4513	X-RAY DIFFRACTION	99.6
3-3.16	0.2361	230	0.2082	4531	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.16-3.36	0.2217	233	0.2042	4569	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.36-3.62	0.2191	269	0.1897	4500	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.62-3.98	0.1872	259	0.1734	4536	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.98-4.56	0.1832	248	0.1535	4553	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.56-5.74	0.1696	285	0.1566	4555	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.74-33.83	0.1811	202	0.1637	4593	X-RAY DIFFRACTION	97.62

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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