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- PDB-8pkp: Cryo-EM structure of the apo Anaphase-promoting complex/cyclosome... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkp
タイトルCryo-EM structure of the apo Anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) at 3.2 Angstrom resolution
要素
  • (Anaphase-promoting complex subunit ...) x 11
  • (Cell division cycle protein ...) x 3
キーワードCELL CYCLE / APC/C / cyclosome / Cdc20 / Cdh1 / ubiquitination / Emi1 / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle ...positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / regulation of exit from mitosis / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of axon extension / heterochromatin / protein K48-linked ubiquitination / intercellular bridge / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / regulation of mitotic cell cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / kinetochore / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / spindle / neuron projection development / ubiquitin-protein transferase activity / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein ubiquitination / cell division / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / : / APC4, WD40 domain C-terminal half / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / TPR repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / : / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 ...Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hoefler, A. / Yu, J. / Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Boland, A. / Barford, D.
資金援助 スイス, 英国, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_185235 スイス
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of apo-APC/C and APC/C complexes provide insights into APC/C regulation.
著者: Anna Höfler / Jun Yu / Jing Yang / Ziguo Zhang / Leifu Chang / Stephen H McLaughlin / Geoffrey W Grime / Elspeth F Garman / Andreas Boland / David Barford /
要旨: APC/C is a multi-subunit complex that functions as a master regulator of cell division. It controls progression through the cell cycle by timely marking mitotic cyclins and other cell cycle ...APC/C is a multi-subunit complex that functions as a master regulator of cell division. It controls progression through the cell cycle by timely marking mitotic cyclins and other cell cycle regulatory proteins for degradation. The APC/C itself is regulated by the sequential action of its coactivator subunits CDC20 and CDH1, post-translational modifications, and its inhibitory binding partners EMI1 and the mitotic checkpoint complex. In this study, we took advantage of developments in cryo-electron microscopy to determine the structures of human APC/C and apo-APC/C at 2.9 Å and 3.2 Å resolution, respectively, providing insights into the regulation of APC/C activity. The high-resolution maps allow the unambiguous assignment of an α-helix to the N-terminus of CDH1 (CDH1) in the APC/C ternary complex. We also identify a zinc-binding module in APC2 that confers structural stability to the complex, and we confirm the presence of zinc ions experimentally. Finally, due to the higher resolution and well defined density of these maps, we are able to build, aided by AlphaFold predictions, several intrinsically disordered regions in different APC/C subunits that likely play a role in proper APC/C assembly and regulation of its activity.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年8月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / em_software / entity / pdbx_contact_author / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update ..._em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_sheet_order.range_id_1 / _struct_sheet_order.range_id_2 / _struct_sheet_order.sheet_id
解説: Atoms with unrealistic or zero occupancies / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.22025年1月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaphase-promoting complex subunit 1
D: Anaphase-promoting complex subunit 15
G: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
H: Anaphase-promoting complex subunit 16
J: Cell division cycle protein 27 homolog
K: Cell division cycle protein 16 homolog
L: Anaphase-promoting complex subunit 10
M: Anaphase-promoting complex subunit 13
O: Anaphase-promoting complex subunit 5
P: Cell division cycle protein 27 homolog
Q: Cell division cycle protein 16 homolog
U: Cell division cycle protein 23 homolog
V: Cell division cycle protein 23 homolog
W: Anaphase-promoting complex subunit CDC26
Y: Anaphase-promoting complex subunit 7
Z: Anaphase-promoting complex subunit 7
I: Anaphase-promoting complex subunit 4
N: Anaphase-promoting complex subunit 2
C: Anaphase-promoting complex subunit 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,166,02923
ポリマ－1,165,76719
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable, mass spectrometry, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ADGWHLMOYZINC

#1: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 1 / APC1 / Cyclosome subunit 1 / Mitotic checkpoint regulator / Testis-specific gene 24 protein


分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4
#2: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 15 / APC15


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#3: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 12 / APC12 / Cell division cycle protein 26 homolog


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#4: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 16 / APC16 / Cyclosome subunit 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#7: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 10 / APC10 / Cyclosome subunit 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#8: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 13 / APC13 / Cyclosome subunit 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18
#9: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 5 / APC5 / Cyclosome subunit 5


分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#11: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 7 / APC7 / Cyclosome subunit 7


分子量: 63204.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3
#12: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 4 / APC4 / Cyclosome subunit 4


分子量: 93014.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#13: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6
#14: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 11 / APC11 / Cyclosome subunit 11 / Hepatocellular carcinoma-associated RING finger protein


分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5

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Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 JPKQUV

#5: タンパク質 Cell division cycle protein 27 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 3 / APC3 / CDC27 homolog / CDC27Hs / H-NUC


分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#6: タンパク質 Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 6 / APC6 / CDC16 homolog / CDC16Hs / Cyclosome subunit 6


分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042
#10: タンパク質 Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 8 / APC8 / Cyclosome subunit 8


分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2

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非ポリマー , 1種, 4分子

#15: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apo Anaphase-promoting complex (APC/C) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHepes1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 8297
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.14.2粒子像選択Topaz extract with trained models
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.14.2CTF補正Patch CTF was used to estimate CTF
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9PHENIX1.16-3549モデル精密化
10Coot0.9モデル精密化
11cryoSPARC2.14.2初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.14.2最終オイラー角割当
13RELION3.1 beta分類
14cryoSPARC2.14.2３次元再構成Non-uniform refinement was used
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1800000 / 詳細: The particles were automatically selected
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174356 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 82 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5G05

5g05


Accession code: 5G05 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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