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- PDB-8pko: The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pko
タイトルThe ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer).
要素
  • Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase
  • Protein disulfide-isomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mannosidase / disulfide isomerase / glycoprotein degradation / erad / misfolding
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / protein glycosylation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to endoplasmic reticulum stress / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein folding / carbohydrate metabolic process / endoplasmic reticulum lumen ...mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / protein disulfide-isomerase / protein disulfide isomerase activity / protein glycosylation / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to endoplasmic reticulum stress / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein folding / carbohydrate metabolic process / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ER degradation-enhancing alpha-mannosidase-like protein 1/2/3 / Glycoside hydrolase family 47 / Seven-hairpin glycosidases / Glycosyl hydrolase family 47 / Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Thioredoxin / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Thioredoxin, conserved site ...ER degradation-enhancing alpha-mannosidase-like protein 1/2/3 / Glycoside hydrolase family 47 / Seven-hairpin glycosidases / Glycosyl hydrolase family 47 / Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Thioredoxin / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / THIOSULFATE / alpha-1,2-Mannosidase / Protein disulfide-isomerase / Serpin
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Roversi, P. / Hitchman, C.J. / Lia, A. / Bayo, Y.
資金援助 英国, イタリア, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
Italian National Research Council (CNR)Plant_EDEM イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer).
著者: Roversi, P. / Hitchman, C.J. / Lia, A. / Bayo, Y.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase
B: Protein disulfide-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,02510
ポリマ－198,0042
非ポリマー3,0218
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase


分子量: 142162.812 Da / 分子数: 1 / 変異: N-term truncation and GFP fusion / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium ...詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: GFP, CTHT_0058730 / プラスミド: CtEDEM_pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P42212, UniProt: G0SCX7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: タンパク質 Protein disulfide-isomerase


分子量: 55841.367 Da / 分子数: 1 / 変異: Deletion of Cterminal HDEL / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0067360 / プラスミド: CtEDEM_pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G0SGS2, protein disulfide-isomerase

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糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 5分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) and Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)COMPLEXCoexpressed by transient co-transfection of two plasmids#1-#20RECOMBINANT
2Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)COMPLEXCtEDEM expressed as a N-term GFP fusion, truncated at the N-term and with hexahistidine tag at the Cterm#11RECOMBINANT
3Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)COMPLEXCtPDI expressed as a Cterm truncation with no KDEL and a hexahistidine tag at the Cterm.#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.22 MDaYES
210.170 MDaYES
310.055 MDaYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置
21Thermochaetoides thermophila (菌類)209285
32Thermochaetoides thermophila (菌類)209285ER
33Thermochaetoides thermophila (菌類)209285
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293FCtEDEM-pHLsec and CtPDI-pHLsec
32Homo sapiens (ヒト)9606HEK293FCtEDEM_pHLsec
33Homo sapiens (ヒト)9606HEK293FCtEDEM-pHLsec and CtPDI-pHLsec
緩衝液pH: 7
詳細: Micro SEC buffer: 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMMESC6H13NO4S1
31 mMcalcium chlorideCaCl21
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 40 uL of a protein sample with an OD_280 of 0.88 were injected onto a Cytiva Superdex 200 Increase 3.2/300 size-exclusion chromatography column, equilibrated in 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, ...詳細: 40 uL of a protein sample with an OD_280 of 0.88 were injected onto a Cytiva Superdex 200 Increase 3.2/300 size-exclusion chromatography column, equilibrated in 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2, collecting 50 uL fractions.
試料支持詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds) ...詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds). For GO coating, graphene oxide solution (Sigma) at 0.2 mg/ml was spun at 300 g for 30 s to remove large aggregates. 3 uL was added to the grids for 1 minute, before blotting with Whatman No1 filter paper and washing three times with 20 uL drops of ultrapure water.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Blotting time 3 s, waiting time 30 s Sample volume 3 uL, blot force 10

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1400000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 4 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01611709
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95515933
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3571555
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0611791
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072060

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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