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- EMDB-17749: The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17749
タイトルThe ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer).
マップデータCryosparc class, 150,000 particles, iteration 4
試料
  • 複合体: Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) and Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
    • 複合体: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)
      • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase
    • 複合体: Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
      • タンパク質・ペプチド: Protein disulfide-isomerase
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: THIOSULFATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: water
キーワードmannosidase / disulfide isomerase / glycoprotein degradation / erad / misfolding / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / endoplasmic reticulum mannose trimming / protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum quality control compartment / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / protein glycosylation / protein disulfide isomerase activity / ERAD pathway / response to endoplasmic reticulum stress / bioluminescence ...mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase activity / endoplasmic reticulum mannose trimming / protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum quality control compartment / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / protein glycosylation / protein disulfide isomerase activity / ERAD pathway / response to endoplasmic reticulum stress / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein folding / carbohydrate metabolic process / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ER degradation-enhancing alpha-mannosidase-like protein 1/2/3 / Glycoside hydrolase family 47 / Seven-hairpin glycosidases / Glycosyl hydrolase family 47 / Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Thioredoxin / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Thioredoxin, conserved site ...ER degradation-enhancing alpha-mannosidase-like protein 1/2/3 / Glycoside hydrolase family 47 / Seven-hairpin glycosidases / Glycosyl hydrolase family 47 / Protein disulphide isomerase / Thioredoxin-like domain / Disulphide isomerase / Thioredoxin / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Green fluorescent protein, GFP / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-1,2-Mannosidase / Protein disulfide-isomerase / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Roversi P / Hitchman CJ / Lia A / Bayo Y
資金援助 英国, イタリア, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
Italian National Research Council (CNR)Plant_EDEM イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The ERAD misfolded glycoprotein checkpoint complex from Chaetomium thermophilum (EDEM:PDI heterodimer).
著者: Roversi P / Hitchman CJ / Lia A / Bayo Y
履歴
登録2023年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17749.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryosparc class, 150,000 particles, iteration 4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.30968925 - 0.64553756
平均 (標準偏差)0.0002195782 (±0.017497346)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryosparc class, 150,000 particles, iteration 3

ファイルemd_17749_half_map_1.map
注釈Cryosparc class, 150,000 particles, iteration 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryosparc class, 150,000 particles, iteration 3

ファイルemd_17749_half_map_2.map
注釈Cryosparc class, 150,000 particles, iteration 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradat...

全体名称: Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) and Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
要素
  • 複合体: Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) and Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
    • 複合体: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)
      • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase
    • 複合体: Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
      • タンパク質・ペプチド: Protein disulfide-isomerase
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: THIOSULFATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradat...

超分子名称: Complex of Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM) and Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Coexpressed by transient co-transfection of two plasmids
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 55 KDa

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超分子 #2: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhanci...

超分子名称: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: CtEDEM expressed as a N-term GFP fusion, truncated at the N-term and with hexahistidine tag at the Cterm
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 細胞中の位置: ER

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超分子 #3: Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide iso...

超分子名称: Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: CtPDI expressed as a Cterm truncation with no KDEL and a hexahistidine tag at the Cterm.
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase

分子名称: Green fluorescent protein,alpha-1,2-Mannosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium ...詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM),Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing mannosidase (CtEDEM)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 142.162812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVSKGELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKQ HDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN G IKVNFKIR ...文字列:
MVSKGELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKQ HDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN G IKVNFKIR HNIEDGSVQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSALS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITLGMDELYK LE VLFQGPD RVRALRRETV EMFYYGFDNY MKVAFPEDEL RPVSCTPLTR DLKNPRNFEL NDVLGNYSLT LIDSLSTLAI LAS APAEDS GTGPKALRDF QDGVAALVEQ YGDGRPGPSG VGRRARGFDL DSKVQVFETV IRGVGGLLSA HLFAIGALPI TGYQ PLRQE DDLFNPPPIP WPNGFTYDGQ LLRLALDLAQ RLLPAFYTKT GLPYPRVNLR HGIPFYVNSP LHEDPPAKGT TEGPP EITE TCSAGAGSLV LEFTVLSRLT GDPRFEQAAK RAFWAVWYRK SQIGLIGAGV DAEQGHWIGT YSVIGAGADS FFEYAL KSH ILLSGHALPN QTHPSPLHKD VNWMDPNTLF EPLSDAENSA ESFLEAWHHA HAAIKRHLYS EREHPHYDNV NLWTGSL VS HWVDSLGAYY SGLLVLAGEV DEAIETNLLY AAIWTRYAAL PERWSLREKT VEGGLGWWPL RPEFIESTYH LYRATKDP W YLYVGEMVLR DITRRCWTPC GWAGLQNVLS GEKSDRMESF FLGETTKYMY LLFDDDHPLN KLDASFVFTT EGHPLILPK PKSARRSRNS PRSSQKALTV YQGEGFTNSC PPRPSITPLS GSVIAARDDI YHPARMVDLH LLTTSKHALD GGQMSGQHMA KSNYTLYPW TLPPELLPSN GTCAKVYQPH EVTLEFASNT QQVLGGSAFN FMLSGQNLER LSTDRIRVLS LSGLKITLQL V EEGEREWR VTKLNGIPLG RDEYVVINRA ILGDVSDPRF NLVRDPVIAK LQQLHQVNLL DDTTTEEHPD NLDTLDTASA ID LPQDQSS DSEVPDPANL SALLPDLSSF VKSLFARLSN LTSPSPDPSS NLPLNVVINQ TAILPTGIGA APLPPAASNS PSG APIPVF GPVPESLFPW KTIYAAGEAC AGPLPDSAPR ENQVILIRRG GCSFSDKLAN IPAFTPSEES LQLVVVVSDD EHEG QSGLV RPLLDEIQHT PGGMPRRHPI AMVMVGGGET VYQQLSVASA IGIQRRYYIE SSGVKVKNII VDDGDGGVDG GTKHH HHHH

UniProtKB: Green fluorescent protein, alpha-1,2-Mannosidase

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分子 #2: Protein disulfide-isomerase

分子名称: Protein disulfide-isomerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Chaetomium thermophilum Endoplasmic reticulum degradation enhancing protein disulfide isomerase (CtPDI)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein disulfide-isomerase
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 55.841367 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGSDVIQLK KDTFDDFIKS NDLVLAEFFA PWCGHCKALA PEYEEAATNL KDKNIKLVKV DCTEETELCQ EHGVEGYPTL KVFRGLDNV TPYKGQRKAA AITSYMIKQS LPAVSDVTKD TLEEFKKADK VVLVAYVDAS DKASAEVFKK VAEKLRDNYP F GSSSDAEL ...文字列:
ETGSDVIQLK KDTFDDFIKS NDLVLAEFFA PWCGHCKALA PEYEEAATNL KDKNIKLVKV DCTEETELCQ EHGVEGYPTL KVFRGLDNV TPYKGQRKAA AITSYMIKQS LPAVSDVTKD TLEEFKKADK VVLVAYVDAS DKASAEVFKK VAEKLRDNYP F GSSSDAEL AEAEGVKAPA IVLYKDFDEG KAVFTEKFDE EAIQKWAKVA ATPLIGEIGP ETYGEYMAAG IPLAYIFAET PE ERKELSE KLKPIAEATR GKINFGTIDA KAYGAHAGNL NLKTDKFPAF AIQETTKNQK FPYDQDKEIT HDSIKQFVDD YLA GKIEPS IKSEPIPEKQ EGPVTVVVAK TYNDIVLDDT KDVLIEFYAP WCGHCKALAP KYEELGRLYS NSEFKDRVVI AKID ATAND VPDDIMGFPT IKMYPAGAKD KPVTYSGNRS VEDMIKFVAE NGKYKALISE NEEENATAAS SSSETSATPT STAAS EETA ASETASAEEG KETAGTKHHH HHH

UniProtKB: Protein disulfide-isomerase

+
分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #6: THIOSULFATE

分子名称: THIOSULFATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: THJ
分子量理論値: 112.128 Da
Chemical component information

ChemComp-THJ:
THIOSULFATE

+
分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #8: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC6H13NO4SMES
1.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: Micro SEC buffer: 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.2 kPa
詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds) ...詳細: The Quantifoil Au300 R1.2/1.3 Holey Carbon grids were glow discharged using the EMS GloQube. For grids to be coated in GO, the Graphene Oxide setting was used (0.2m Bar, 40 mA for 180 seconds). For GO coating, graphene oxide solution (Sigma) at 0.2 mg/ml was spun at 300 g for 30 s to remove large aggregates. 3 uL was added to the grids for 1 minute, before blotting with Whatman No1 filter paper and washing three times with 20 uL drops of ultrapure water.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotting time 3 s, waiting time 30 s Sample volume 3 uL, blot force 10.
詳細40 uL of a protein sample with an OD_280 of 0.88 were injected onto a Cytiva Superdex 200 Increase 3.2/300 size-exclusion chromatography column, equilibrated in 150 mM NaCl, 20 mM MES pH 7.0, 1 mM CaCl2, collecting 50 uL fractions.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1400000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 150000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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