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- PDB-8pki: Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pki
タイトルCryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5
要素
  • (DNA) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B type 1-C/E/G
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nucleosome / nuclear receptor / NR5A2
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine ...Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Condensation of Prophase Chromosomes / HDACs deacetylate histones / pancreas morphogenesis / PRC2 methylates histones and DNA / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / calcineurin-mediated signaling / PKMTs methylate histone lysines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / acinar cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of chromosome condensation / tissue development / Barr body / regulation of centromere complex assembly / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Estrogen-dependent gene expression / muscle cell differentiation / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / bile acid metabolic process / embryo development ending in birth or egg hatching / oocyte maturation / oogenesis / homeostatic process / nucleus organization / chromosome, centromeric region / spermatid development / subtelomeric heterochromatin formation / single fertilization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / positive regulation of viral genome replication / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / embryo implantation / hormone-mediated signaling pathway / innate immune response in mucosa / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / SUMOylation of intracellular receptors / multicellular organism growth / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / osteoblast differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / structural constituent of chromatin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / nuclear receptor activity / male gonad development / nucleosome / sequence-specific double-stranded DNA binding / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome / regulation of cell population proliferation / antibacterial humoral response / positive regulation of cell growth / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / sequence-specific DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to Gram-positive bacterium / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...Nuclear hormone receptor family 5 / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2A / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Histone H4 / Histone H3.3 / Histone H2B type 1-C/E/G
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Kobayashi, W. / Sappler, A. / Bollschweiler, D. / Kummecke, M. / Basquin, J. / Arslantas, E. / Ruangroengkulrith, S. / Hornberger, R. / Duderstadt, K. / Tachibana, K.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)ERC-CoG-818556 TotipotentZygotChromEuropean Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Nucleosome-bound NR5A2 structure reveals pioneer factor mechanism by DNA minor groove anchor competition.
著者: Wataru Kobayashi / Anna H Sappler / Daniel Bollschweiler / Maximilian Kümmecke / Jérôme Basquin / Eda Nur Arslantas / Siwat Ruangroengkulrith / Renate Hornberger / Karl Duderstadt / Kikuë Tachibana /
要旨: Gene expression during natural and induced reprogramming is controlled by pioneer transcription factors that initiate transcription from closed chromatin. Nr5a2 is a key pioneer factor that regulates ...Gene expression during natural and induced reprogramming is controlled by pioneer transcription factors that initiate transcription from closed chromatin. Nr5a2 is a key pioneer factor that regulates zygotic genome activation in totipotent embryos, pluripotency in embryonic stem cells and metabolism in adult tissues, but the mechanism of its pioneer activity remains poorly understood. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of human NR5A2 bound to a nucleosome. The structure shows that the conserved carboxy-terminal extension (CTE) loop of the NR5A2 DNA-binding domain competes with a DNA minor groove anchor of the nucleosome and releases entry-exit site DNA. Mutational analysis showed that NR5A2 D159 of the CTE is dispensable for DNA binding but required for stable nucleosome association and persistent DNA 'unwrapping'. These findings suggest that NR5A2 belongs to an emerging class of pioneer factors that can use DNA minor groove anchor competition to destabilize nucleosomes and facilitate gene expression during reprogramming.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.3
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B type 1-C/E/G
E: Histone H3.3
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B type 1-C/E/G
I: DNA
J: DNA
K: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,23012
ポリマ－215,16411
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK

#1: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15360.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H3-3a, H3.3a, H3f3a, H3-3b, H3.3b, H3f3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84244
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: H4c1, Hist1h4a, H4c2, H4-53, Hist1h4b, H4c3, H4-12, Hist1h4c, H4c4, Hist1h4d, H4c6, Hist1h4f, H4c8, Hist1h4h, H4c9, Hist1h4i, H4c11, Hist1h4j, H4c12, Hist1h4k, Hist1h4m, H4c14, Hist2h4, ...遺伝子: H4c1, Hist1h4a, H4c2, H4-53, Hist1h4b, H4c3, H4-12, Hist1h4c, H4c4, Hist1h4d, H4c6, Hist1h4f, H4c8, Hist1h4h, H4c9, Hist1h4i, H4c11, Hist1h4j, H4c12, Hist1h4k, Hist1h4m, H4c14, Hist2h4, Hist2h4a, H4c16, H4f16, Hist4h4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62806
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 14165.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hist1h2ad / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RVF0
#4: タンパク質 Histone H2B type 1-C/E/G


分子量: 13937.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: H2bc4, Hist1h2bc, H2bc6, Hist1h2be, H2bc8, Hist1h2bg
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZWY9
#7: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor ...Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 10989.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2, B1F, CPF, FTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00482

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA


分子量: 46968.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 DNA


分子量: 47489.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the nucleosome containing NR5A2 motif at SHL+5.5
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 65.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 653440 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 110.27 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003212725
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.541118369
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03112090
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00381381
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.48863667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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