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- PDB-8pk6: INTS13 complex with ZNF655 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pk6
タイトルINTS13 complex with ZNF655
要素
  • Integrator complex subunit 13
  • Zinc finger protein 655
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Protein Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fertilization / snRNA processing / flagellated sperm motility / protein localization to nuclear envelope / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Generic Transcription Pathway / centrosome localization / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...regulation of fertilization / snRNA processing / flagellated sperm motility / protein localization to nuclear envelope / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Generic Transcription Pathway / centrosome localization / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell cycle regulator Mat89Bb / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 655 / Integrator complex subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Sabath, K. / Jonas, S.
資金援助 スイス, European Union, ドイツ, 6件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation141735 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
Swiss National Science Foundation205601 スイス
Other governmentMB22.00064 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)4918European Union
Other governmentPh.D. fellowship Kevin Sabath ドイツ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Basis of gene-specific transcription regulation by the Integrator complex.
著者: Sabath, K. / Nabih, A. / Arnold, C. / Moussa, R. / Domjan, D. / Zaugg, J.B. / Jonas, S.
履歴
登録2023年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 13
B: Zinc finger protein 655
C: Integrator complex subunit 13
D: Zinc finger protein 655
E: Integrator complex subunit 13
F: Zinc finger protein 655


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6476
ポリマ－93,6476
非ポリマー00
水00
1
A: Integrator complex subunit 13
B: Zinc finger protein 655


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2162
ポリマ－31,2162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12230 Å2
2
C: Integrator complex subunit 13
D: Zinc finger protein 655


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2162
ポリマ－31,2162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area13130 Å2
3
E: Integrator complex subunit 13
F: Zinc finger protein 655


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2162
ポリマ－31,2162
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)126.997, 188.103, 52.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSSERSER(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA2 - 78 - 13
12LYSLYSTYRTYR(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA9 - 1915 - 25
13SERSERSERSER(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA30 - 3936 - 45
14GLUGLUCYSCYS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA41 - 4347 - 49
178ILEILEILEILE(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA4551
15ASPASPPROPRO(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA48 - 5154 - 57
16LYSLYSTHRTHR(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA53 - 7259 - 78
17ASPASPALAALA(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA75 - 9581 - 101
18GLUGLUCYSCYS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA98 - 99104 - 105
19SERSERGLUGLU(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA101 - 122107 - 128
110THRTHRLEULEU(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA125 - 127131 - 133
111GLUGLUGLUGLU(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA129135
112GLYGLYVALVAL(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA135 - 152141 - 158
113METMETHISHIS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA154 - 164160 - 170
114ASNASNASNASN(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA167173
115LEULEULEULEU(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA169175
116ALAALAASNASN(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA171 - 172177 - 178
117HISHISGLNGLN(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA175 - 178181 - 184
118CYSCYSPROPRO(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA182 - 191188 - 197
119VALVALASPASP(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA198 - 200204 - 206
120SERSERSERSER(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA202208
121LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA204210
122LEULEUALAALA(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA206 - 219212 - 225
123LEULEULYSLYS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA223 - 226229 - 232
124ASNASNGLNGLN(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA228 - 232234 - 238
125HISHISHISHIS(chain 'A' and ((resid 2 through 3 and (name N...AA234240
226LYSLYSSERSER(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC2 - 78 - 13
227LYSLYSTYRTYR(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC9 - 1915 - 25
228SERSERSERSER(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC30 - 3936 - 45
229GLUGLUCYSCYS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC41 - 4347 - 49
230ILEILEILEILE(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC4551
231ASPASPPROPRO(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC48 - 5154 - 57
232LYSLYSTHRTHR(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC53 - 7259 - 78
233ASPASPALAALA(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC75 - 9581 - 101
234GLUGLUCYSCYS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC98 - 99104 - 105
235SERSERGLUGLU(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC101 - 122107 - 128
236THRTHRLEULEU(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC125 - 127131 - 133
237GLUGLUGLUGLU(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC129135
238GLYGLYVALVAL(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC135 - 152141 - 158
239METMETHISHIS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC154 - 164160 - 170
240ASNASNASNASN(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC167173
241LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC169175
242ALAALAASNASN(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC171 - 172177 - 178
243HISHISGLNGLN(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC175 - 178181 - 184
244CYSCYSPROPRO(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC182 - 191188 - 197
245VALVALASPASP(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC198 - 200204 - 206
246SERSERSERSER(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC202208
247LYSLYSLYSLYS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC204210
248LEULEUALAALA(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC206 - 219212 - 225
249LEULEULYSLYS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC223 - 226229 - 232
250ASNASNGLNGLN(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC228 - 232234 - 238
251HISHISHISHIS(chain 'C' and (resid 2 through 7 or resid 9...CC234240
352LYSLYSSERSER(chain 'E' and (resid 2 through 7 or resid 9...EE2 - 78 - 13
353LYSLYSTYRTYR(chain 'E' and (resid 2 through 7 or resid 9...EE9 - 1915 - 25
354SERSERSERSER(chain 'E' and (resid 2 through 7 or resid 9...EE30 - 3936 - 45
355GLUGLUCYSCYS(chain 'E' and (resid 2 through 7 or resid 9...EE41 - 4347 - 49
356ILEILEILEILE(chain 'E' and (resid 2 through 7 or resid 9...EE4551
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要素

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 13 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95


分子量: 27388.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVM9
#2: タンパク質・ペプチド Zinc finger protein 655 / Vav-interacting Krueppel-like protein


分子量: 3827.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF655, VIK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N720

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 100 mM MgCl2 and 8% (w/v) polyethylene glycol 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→48.72 Å / Num. obs: 21358 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 132.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.75
反射 シェル解像度: 3.22→3.33 Å / Num. unique obs: 2085 / CC1/2: 0.447

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.21→48.72 Å / SU ML: 0.6116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 49.0108
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3329 1095 5.14 %
Rwork0.2989 20189 -
obs0.3007 21284 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 192.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.21→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5874 0 0 0 5874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78918104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.08743634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.21-3.360.56071250.51852454X-RAY DIFFRACTION98.17
3.36-3.540.52571520.45342461X-RAY DIFFRACTION99.58
3.54-3.760.44081420.41732480X-RAY DIFFRACTION99.62
3.76-4.050.48271320.37772500X-RAY DIFFRACTION99.77
4.05-4.460.41781300.30442508X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-5.10.30061480.26752495X-RAY DIFFRACTION99.62
5.1-6.430.36061280.3432575X-RAY DIFFRACTION99.78
6.43-48.720.24851380.23452716X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.252655640341.672434126531.523827475424.94955904588-0.3995131964214.03801167251-0.5352538846870.5066364521160.71736006217-0.0927441554874-0.09783676692010.401277977687-0.271769618866-0.0193262448399-0.2179546525880.908472999409-0.287130872020.04868863285540.8872230588620.2469714779750.8736113089755.8501107989526.97164800848.50835424988
23.17522620266-0.218040193738-1.445259514444.653614339880.7449372068123.24958418455-0.687461591166-0.489698422539-0.137731932877-0.9117589209880.641699615730.9332960329980.321959163851-0.181589021194-1.113710158730.545556553907-0.797483090571-0.2309917464571.258283279740.3085056342170.749931786934-7.1114056311713.034522078713.3032225557
34.368673355661.12640798278-1.718373584187.01317601779-2.32144164515.30384404828-0.0119286444697-0.0528059849888-0.6372971752750.862494105366-0.556910318196-0.7962849264440.6876993261980.6991211258150.1490505995312.312103366950.16293443815-0.3236844693961.105443432450.2304515922611.3160146431324.79263944862.3445799518321.0521178485
44.19809996051.21177103735-2.14443316523.73843791333-1.918277559271.754287193510.702194542101-1.27950198447-1.521509751510.456629401853-0.43960283696-3.007770537661.2910726420.3989954598390.1547225175561.05930535691-0.273473334341-0.5588359698291.80064306049-0.3124504448722.4047597085537.025522876717.22743180526.6602528317
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 236)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 93 through 115)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 236)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 95 through 115)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 236)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 93 through 117)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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