PDB-8pk5: INTS13-INTS14 complex with ZNF609

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pk5

タイトル

INTS13-INTS14 complex with ZNF609

要素

Integrator complex subunit 13
Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Protein Complex / RNA BINDING / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of myoblast proliferation / regulation of fertilization / snRNA 3'-end processing / snRNA processing / protein localization to nuclear envelope / positive regulation of neuron migration / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / flagellated sperm motility / integrator complex / centrosome localization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sabath, K. / Jonas, S.

資金援助

スイス, European Union, 6件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	141735	スイス
Swiss National Science Foundation	182880	スイス
Swiss National Science Foundation	205601	スイス
Other government	MB22.00064
European Molecular Biology Organization (EMBO)	4918	European Union
Other government	PhD scholarship Kevin Sabath

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Basis of gene-specific transcription regulation by the Integrator complex.
著者: Sabath, K. / Nabih, A. / Arnold, C. / Moussa, R. / Domjan, D. / Zaugg, J.B. / Jonas, S.

履歴

登録	2023年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pk5.cif.gz	504.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pk5.ent.gz	346.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pk5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pk6C 6sn1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Integrator complex subunit 13

B: Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609

ヘテロ分子

141 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	189.065, 115.629, 147.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Integrator complex subunit 13 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95 分子量: 81586.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVM9
#2: タンパク質	Integrator complex subunit 14,Zinc finger protein 609 / von Willebrand factor A domain-containing protein 9 分子量: 59612.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Sequence of INTS14 is C-terminally extended by a short SGS linker followed by the binding site of ZNF609 (25-41),Sequence of INTS14 is C-terminally extended by a short SGS linker followed by ...詳細: Sequence of INTS14 is C-terminally extended by a short SGS linker followed by the binding site of ZNF609 (25-41),Sequence of INTS14 is C-terminally extended by a short SGS linker followed by the binding site of ZNF609 (25-41) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS14, C15orf44, VWA9, ZNF609, KIAA0295 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SY0, UniProt: O15014
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.84 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Hepes-NaOH pH 6.5 0.9 M Na-Malonate 0.25 % (v/v) Jeffamine ED-2003

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→47.94 Å / Num. obs: 112597 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 70.71 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.57
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 11101 / CC_1/2: 0.145

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6SN1

6sn1

解像度: 2.5→47.94 Å / SU ML: 0.4681 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6824
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	5579	4.96 %
R_work	0.1901	106982	-
obs	0.1913	112561	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7967	0	1	49	8017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	8132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9995	11051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0062	1429
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.2563	4963

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.4291	191	0.4307	3456	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.53-2.56	0.4102	186	0.4165	3555	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.56-2.59	0.3908	194	0.4026	3508	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.59-2.62	0.3754	189	0.3865	3519	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.62-2.65	0.3688	186	0.364	3489	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.65-2.69	0.36	198	0.3613	3579	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.69-2.73	0.3662	193	0.3486	3468	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.73-2.77	0.338	201	0.3289	3522	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.77-2.81	0.3615	188	0.3107	3526	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.81-2.86	0.3204	189	0.3083	3533	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.86-2.91	0.3001	202	0.298	3514	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.91-2.96	0.2878	185	0.2878	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.02	0.3075	179	0.285	3548	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.08	0.3366	177	0.277	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.3291	166	0.2775	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.22	0.291	168	0.2528	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.3	0.2591	178	0.2237	3568	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.3-3.39	0.2441	168	0.2148	3552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.49	0.2271	183	0.1968	3563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.6	0.2204	189	0.188	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6-3.73	0.1993	165	0.1774	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.88	0.2137	191	0.1653	3561	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.88-4.06	0.1674	179	0.1499	3569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.27	0.1526	160	0.1297	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.54	0.1469	180	0.1154	3587	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-4.89	0.1336	194	0.1193	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.38	0.1682	206	0.1367	3611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.38-6.16	0.1969	196	0.1726	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
6.16-7.75	0.2057	187	0.1772	3680	X-RAY DIFFRACTION	100
7.75-47.94	0.1731	211	0.162	3814	X-RAY DIFFRACTION	99.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.90710566646	-0.776237091224	0.684555245531	3.09317162186	-0.326816875415	2.21901138652	0.0740981689252	0.173356081893	0.125382497642	-0.8240307064	0.0544150351949	-0.318733741432	-0.578310667383	0.147098800507	-0.0950117238358	1.75817566033	-0.156446814438	0.309042720777	0.629182087601	-0.0480611118061	0.694998378333	143.259368569	30.9450591894	85.2657391799
2	4.60626067782	-3.43599868247	-0.761168747927	6.16609835228	1.99693147726	2.38152758989	-0.21741609068	-0.360273408936	-0.273881964572	-0.809533350328	0.191450456389	-0.698983105341	0.467175007841	0.463165020066	-0.0564079967354	1.00110219332	-0.0183667784551	0.297430758184	0.647154808837	-0.0247035514625	0.699609512873	151.942258237	15.680053635	112.24311549
3	3.20504378663	1.30927162772	-1.65841285442	2.43665357983	-0.841197039086	1.84492687883	-0.283021816346	0.237782396312	-0.109544044125	-0.55386382115	0.218212263888	0.28125400326	0.228968934856	-0.320773463773	0.136420141572	0.454148863688	0.0443612547013	-0.0685491846042	0.504464491097	-0.0028442721427	0.553803492902	123.087082129	15.6446297756	130.585379565
4	5.639863566	0.77763977959	-0.194296863677	6.12961306659	-2.08470467723	8.42982905848	-0.292829395043	-0.580006332284	-0.111169478722	0.246924281403	0.00520950144358	0.547127568419	0.0230218157036	-0.331656680973	0.252844845729	0.246394259247	0.0143287284536	0.105991125449	0.689662039218	-0.0261149971908	0.854153889307	102.913356882	4.80710283777	144.930223162
5	2.34765760672	2.96629773903	1.12649065753	5.37942518761	1.42548342417	1.11825059345	-0.297513461198	0.0802263183474	0.216116737305	-0.703316735234	0.253297604218	-0.0256134392016	-0.203649455452	0.243510106876	0.0380616065959	0.468044053719	-0.0138077969749	0.0132472115131	0.610011863458	-0.0035707900319	0.501013405398	145.064742772	46.8768989576	136.01448566
6	3.92917832004	0.840496546909	-1.01071739708	4.56781266686	-0.323006831452	7.25504625706	-0.204009443845	-0.0607190839771	-0.0301586491547	-0.391468143561	0.114783495369	-0.0623752857403	-0.0405667550487	0.216331745898	0.0517441056079	0.325324288965	0.0286033444238	-0.0791511353963	0.414599926736	0.0264931524788	0.469790473587	129.131108296	20.9518317499	129.244628109
7	1.34927769716	-0.201580863784	-0.371566641956	5.03859196946	3.32479512126	4.20313886523	0.0953278056109	0.0206672078321	-0.257877195262	-0.237766415077	0.0377025422677	-0.155397020198	0.450962737353	0.0910607524537	-0.126235954521	1.84117296316	-0.0100834330367	0.248812362456	0.739177033071	-0.0117254084606	0.709694635125	145.924810766	-1.17262323408	83.4995476813
8	6.50892218034	0.419674484711	0.511228954789	9.55502953303	0.675534503774	2.00656402815	0.423573829683	0.802899685115	-0.836077291563	-0.763552481396	0.630793217836	-0.560375497516	0.793653127795	1.70698424037	-1.20695208029	1.45805567454	0.177204043125	0.378134687207	1.27809567912	-0.155496474017	1.32492806917	155.606816256	-0.280960856848	107.431330552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 255 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 256 through 372 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 373 through 487 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 488 through 564 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 262 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 263 through 394 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 395 through 513 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 525 through 537 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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