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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pjz | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed SAKe6EEtal protein | ||||||||||||
要素 | SAKe6EEtal | ||||||||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / computational / design / scaffold / propeller / Kelch | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wouters, S.M.L. | ||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Computational design of the SAKe scaffold proteins 著者: Wouters, S.M.L. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pjz.cif.gz | 238.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pjz.ent.gz | 182.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8pjz_validation.pdf.gz | 427.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8pjz_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8pjz_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8pjz_validation.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32398.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.95 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 45% (v/v) MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→40.87 Å / Num. obs: 71635 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 16.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 205437 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Num. measured all: 10201 / Num. unique obs: 3476 / CC1/2: 0.756 / Rpim(I) all: 0.3 / Rrim(I) all: 0.527 / Net I/σ(I) obs: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→31.07 Å / SU ML: 0.1566 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.3799 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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