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- PDB-8pkr: Crystal structure of PknD-345, a repeat fragment from the M. tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pkr
タイトルCrystal structure of PknD-345, a repeat fragment from the M. tuberculosis PknD beta-propeller
要素non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / fragment / scaffold / beta propeller / globular / PknD
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of primary metabolic process / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity ...regulation of primary metabolic process / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein kinase PknD, NHL repeat domain / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Protein kinase PknD, NHL repeat domain / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Wouters, S.M.L.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S89918N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G0F9316N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)G051917N ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computational design of the SAKe scaffold proteins
著者: Wouters, S.M.L. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: non-specific serine/threonine protein kinase
B: non-specific serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3703
ポリマ－27,2782
非ポリマー921
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.701, 83.241, 83.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 13638.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pknD_1, pknD_2, ERS007657_00042, ERS007663_00011, ERS007665_00696, ERS007720_00884, SAMEA2683035_02262
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045HV41, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.02 M Calcium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 26% (v/v) MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.74999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.74999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→41.73 Å / Num. obs: 142745 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 8.87 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 26.9 / Num. measured all: 1871882
反射 シェル解像度: 0.95→0.97 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Num. measured all: 92378 / Num. unique obs: 6894 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.342 / Rrim(I) all: 1.271 / Net I/σ(I) obs: 2.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.95→30.45 Å / SU ML: 0.0724 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.8557
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1372 7091 4.97 %
Rwork0.1279 135549 -
obs0.1284 142640 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→30.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1827 0 6 235 2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12872811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0997339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2115717
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.95-0.960.2212300.2234442X-RAY DIFFRACTION97.43
0.96-0.970.20852210.20594376X-RAY DIFFRACTION97.48
0.97-0.980.21372240.19014405X-RAY DIFFRACTION97.74
0.98-10.19642390.17924412X-RAY DIFFRACTION97.92
1-1.010.17592740.16184349X-RAY DIFFRACTION98.03
1.01-1.020.16432410.14244459X-RAY DIFFRACTION97.92
1.02-1.040.14172570.13414384X-RAY DIFFRACTION98.18
1.04-1.050.14082260.12954503X-RAY DIFFRACTION98.3
1.05-1.070.13842310.12464403X-RAY DIFFRACTION98.14
1.07-1.090.12642560.12344432X-RAY DIFFRACTION98.72
1.09-1.110.13572160.11584478X-RAY DIFFRACTION98.65
1.11-1.130.11052580.10534475X-RAY DIFFRACTION98.54
1.13-1.150.12582610.10264407X-RAY DIFFRACTION98.86
1.15-1.170.11062420.09744511X-RAY DIFFRACTION98.98
1.17-1.20.09712670.09874437X-RAY DIFFRACTION98.93
1.2-1.220.10711940.09694555X-RAY DIFFRACTION99.21
1.22-1.260.11552570.0984472X-RAY DIFFRACTION99.35
1.26-1.290.12072310.09994514X-RAY DIFFRACTION99.25
1.29-1.330.11072270.10424524X-RAY DIFFRACTION99.21
1.33-1.370.11262480.10614559X-RAY DIFFRACTION99.63
1.37-1.420.13492320.10484554X-RAY DIFFRACTION99.75
1.42-1.480.11842300.10864556X-RAY DIFFRACTION99.81
1.48-1.540.14752070.1084596X-RAY DIFFRACTION99.9
1.54-1.620.12661930.11114626X-RAY DIFFRACTION99.94
1.62-1.730.12562140.11874639X-RAY DIFFRACTION99.98
1.73-1.860.12092640.1254550X-RAY DIFFRACTION100
1.86-2.050.11432250.12194672X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.340.13122330.12674656X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.950.14772600.13944685X-RAY DIFFRACTION100
2.95-30.450.17092330.15664918X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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