PDB-8pjw: Crystal structure of the computationally designed SAKe6FE protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pjw

タイトル

Crystal structure of the computationally designed SAKe6FE protein

要素

SAKe6FE

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / computational / design / scaffold / propeller / Kelch

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Wouters, S.M.L.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computational design of the SAKe scaffold proteins
著者: Wouters, S.M.L. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pjw.cif.gz	233.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pjw.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pjqC 8pjsC 8pjtC 8pjuC 8pjvC 8pjxC 8pjyC 8pjzC 8pkrC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAKe6FE

B: SAKe6FE

61.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAKe6FE

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SAKe6FE

登録者が定義した集合体
31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.703, 65.603, 78.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.900, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	SAKe6FE 分子量: 30959.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M AmSO4 , 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30%(w/v) PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→39.74 Å / Num. obs: 55648 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.17 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 300640
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Num. measured all: 14862 / Num. unique obs: 2764 / CC_1/2: 0.798 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 0.786 / Net I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→33.65 Å / SU ML: 0.2125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.0273
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	2740	4.93 %
R_work	0.1764	52877	-
obs	0.1778	55617	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4222	0	0	372	4594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0124	4364
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5524	5977
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.3521	658
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0147	785
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.7087	1460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.68	0.3692	135	0.2911	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.68-1.71	0.302	140	0.2619	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.71-1.74	0.2978	128	0.2466	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.74-1.78	0.2864	147	0.2242	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.78-1.82	0.2697	132	0.1994	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.82-1.86	0.236	130	0.1827	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.9	0.2296	158	0.1795	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.9-1.96	0.1925	154	0.1709	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.96-2.01	0.225	124	0.1684	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.08	0.2041	121	0.1674	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.15	0.2	143	0.1713	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.15-2.24	0.2132	123	0.1786	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.34	0.208	123	0.1733	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.34-2.46	0.2235	141	0.1889	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.46-2.62	0.1942	122	0.1879	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.62-2.82	0.2284	135	0.189	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.82-3.1	0.177	142	0.1745	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.1-3.55	0.186	152	0.1618	2637	X-RAY DIFFRACTION	99.08
3.55-4.47	0.146	126	0.1384	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.48-33.65	0.186	164	0.1702	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.34

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)