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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pjw | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed SAKe6FE protein | ||||||||||||
![]() | SAKe6FE | ||||||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / computational / design / scaffold / propeller / Kelch | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wouters, S.M.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Computational design of the SAKe scaffold proteins 著者: Wouters, S.M.L. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30959.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M AmSO4 , 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30%(w/v) PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→39.74 Å / Num. obs: 55648 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 15.17 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 300640 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.708 / Num. measured all: 14862 / Num. unique obs: 2764 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.336 / Rrim(I) all: 0.786 / Net I/σ(I) obs: 2.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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