PDB-8pjv: Crystal structure of the computationally designed SAKe6DR protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8pjv

タイトル

Crystal structure of the computationally designed SAKe6DR protein

要素

SAKe6DR

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / computational / design / scaffold / propeller / Kelch

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Wouters, S.M.L.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Computational design of the SAKe scaffold proteins
著者: Wouters, S.M.L. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8pjv.cif.gz	176 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8pjv.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8pjv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8pjv_validation.pdf.gz	418.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8pjv_full_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示
XML形式データ	8pjv_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8pjv_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/8pjv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pjqC 8pjsC 8pjtC 8pjuC 8pjwC 8pjxC 8pjyC 8pjzC 8pkrC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAKe6DR

33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.932, 87.949, 78.373
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-637- HOH
2	1	A-656- HOH

#1: タンパク質	SAKe6DR 分子量: 33563.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.72 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.18 M Magnesium chloride, 0.09 M HEPES sodium salt pH 7.5, 27% (v/v) PEG 400, 10% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→46.57 Å / Num. obs: 96205 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 847426
反射シェル	解像度: 1.14→1.16 Å / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.521 / Num. measured all: 27777 / Num. unique obs: 4463 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.223 / R_rim(I) all: 0.569 / Net I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.14→46.57 Å / SU ML: 0.0995 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.174	4745	4.94 %
R_work	0.1577	91384	-
obs	0.1585	96129	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.14→46.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2148	0	0	315	2463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	2239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2882	3070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1011	331
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0247	412
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4889	771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.14-1.15	0.2664	137	0.2274	2846	X-RAY DIFFRACTION	92.35
1.15-1.17	0.2475	153	0.2142	2984	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.17-1.18	0.2292	159	0.202	2961	X-RAY DIFFRACTION	98.92
1.18-1.2	0.1855	162	0.1925	3000	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.2-1.21	0.1963	148	0.1616	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.21-1.23	0.1823	152	0.1575	3013	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.23-1.25	0.2099	164	0.1566	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.25-1.26	0.1866	153	0.1513	3014	X-RAY DIFFRACTION	99.25
1.26-1.28	0.1735	150	0.1473	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.28-1.3	0.159	152	0.1448	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.3-1.33	0.1645	153	0.1486	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.33-1.35	0.1723	151	0.1503	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.35-1.38	0.1766	131	0.1544	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.38-1.41	0.1871	152	0.1521	3028	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.41-1.44	0.1868	149	0.1507	3068	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.44-1.47	0.1637	155	0.1428	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.51	0.1696	160	0.1448	3081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.55	0.179	165	0.1336	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.55-1.59	0.1459	163	0.1309	3027	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.59-1.64	0.1825	173	0.1421	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.7	0.1709	169	0.1444	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.77	0.1577	188	0.1473	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.77-1.85	0.1776	170	0.1496	3049	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.1559	165	0.1459	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.1698	157	0.1393	3070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.1571	168	0.1446	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.23-2.46	0.1737	164	0.1542	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.81	0.1641	145	0.164	3143	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.81-3.54	0.192	159	0.1602	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.54-46.57	0.1707	178	0.1787	3244	X-RAY DIFFRACTION	99.62

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関連情報:EMDBヘッダ

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