ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.20.1_4487精密化 | Aimless | | データスケーリング | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→35.51 Å / SU ML: 0.2084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1529 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.233 | 1419 | 5.15 % |
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Rwork | 0.1972 | 26159 | - |
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obs | 0.199 | 27578 | 99.86 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.01 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→35.51 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1986 | 0 | 0 | 108 | 2094 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.0141 | 2031 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.3931 | 2771 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.2999 | 304 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.0149 | 364 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d21.6723 | 712 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.72-1.78 | 0.371 | 134 | 0.3014 | 2581 | X-RAY DIFFRACTION | 99.71 | 1.78-1.85 | 0.3101 | 148 | 0.238 | 2570 | X-RAY DIFFRACTION | 99.74 | 1.85-1.94 | 0.2838 | 141 | 0.2128 | 2568 | X-RAY DIFFRACTION | 99.85 | 1.94-2.04 | 0.2348 | 152 | 0.2047 | 2585 | X-RAY DIFFRACTION | 99.82 | 2.04-2.17 | 0.2567 | 143 | 0.1832 | 2599 | X-RAY DIFFRACTION | 99.96 | 2.17-2.33 | 0.2097 | 130 | 0.1863 | 2598 | X-RAY DIFFRACTION | 99.85 | 2.33-2.57 | 0.2483 | 132 | 0.205 | 2625 | X-RAY DIFFRACTION | 99.89 | 2.57-2.94 | 0.2669 | 139 | 0.1961 | 2633 | X-RAY DIFFRACTION | 99.96 | 2.94-3.7 | 0.208 | 149 | 0.1864 | 2650 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.71-35.51 | 0.2002 | 151 | 0.1889 | 2750 | X-RAY DIFFRACTION | 99.79 |
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